无芒隐子草全基因组水平内含子长度多态性（ILP）分子标记的开发和应用

发布时间：2024-03-29 20:30

　　无芒隐子草(Cleistogenes songorica)属于禾本科隐子草属,是荒漠草地旱生种,为荒漠草原的建群种和优势种。它具有饲用价值高、耐寒、耐旱等优良特性,可作为饲草、草坪草和生态草。目前,在无芒隐子草中还没有大规模开发分子标记的报道,限制了无芒隐子草分子生物学研究与育种工作。本研究在全基因组水平开发了高效的无芒隐子草内含子长度多态性(Intron Length Polymorphism,ILP)分子标记,并验证了无芒隐子草ILP(Cs_ILP)标记在其他物种中的通用性,为无芒隐子草的分子标记辅助育种、居群遗传学研究等工作奠定基础。主要研究结果如下:1.从无芒隐子草全基因组中检索出220,165个内含子,其中有181,681个内含子可以注释到27,314个基因,并定位到无芒隐子草的20对染色体上。对这些基因进行了生物信息学分析,有20,503个基因被注释到了GO数据库,9,604个基因被注释到KEGG数据库。根据检索出的内含子序列,设计了91,170对Cs_ILP标记引物。共有84,635个Cs_ILP标记可以定位到染...

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【部分图文】：

图2-1CsILP分子标记的开发和利用技术路线

兰州大学硕士研究生学位论文无芒隐子草全基因组水平内含子长度多态性（ILP）分子标记的开发和应用（1）根据无芒隐子草基因组数据鉴定含有内含子的基因信息，进行生物信息学分析。根据内含子信息设计Cs_ILP标记，并从中初步挑选高效标记；（2）利用高效Cs_ILP标记对隐子草居....

图3-1CsILP标记引物设计流程图

图3-1Cs_ILP标记引物设计流程图Fig.3-1ThedesignflowchartofCs_ILPmarkerprimers3.2.3生物信息学分析根据无芒隐子草全基因组数据，将本实验中用于设计无芒隐子草ILP引物的基因及内含子进行生物信息学分析。....

图3-2部分隐子草基因组DNA在2%的琼脂糖凝胶电泳结果

论文用“ggplot2内的11，计算结果用无根进化树状图表示析结果，隐子草基因组净，蛋白质污染少。DNA0的平均值为无芒隐子草全基因组水平内含子长度多态性（IL”软件包绘制主成分分析二维图种植物中的转移率。使用NTSYSpc，计算结果用无根进化树状图表示（RohlDNA在....

图3-3无芒隐子草染色体上已开发的CsILP标记区域的位置分布图

图3-3无芒隐子草染色体上已开发的Cs_ILP标记区域的位置分布图Fig.3-3DistributionofthedevelopedCs_ILPmarkersontheC.songoricachromosomes为了评估ILP引物相关基因的潜在功能，....

本文编号：3941260