利用籼稻种质资源关联分析水稻苗期耐亚铁毒、锌毒和铝毒胁迫的QTL

发布时间：2024-04-02 04:52

　　土壤重金属污染严重影响水稻产量以及人民生活健康,因此,发掘耐重金属毒害的基因具有重要意义。本研究以国际水稻研究所(IRRI)收集的222份籼稻微核心种质资源为材料,结合700K高密度芯片进行水稻苗期耐亚铁毒、锌毒和铝毒的关联分析,并挑选极端抗、感材料进行转录组分析。同时将对铝毒表现极端抗、感的两个材料构建F₂群体进行BSA分析,从基因组和转录组水平上对水稻苗期耐亚铁毒、锌毒和铝毒的分子遗传机制进行初步解析,为分子标记辅助选择改良水稻对亚铁毒、锌毒和铝毒的抗性提供有利等位基因和优良供体。主要研究结果如下:1.222份种质资源的群体结构分析本研究中所用的222份籼稻种质资源可以分为两个亚群,去除11份材料后,剩余的211份材料不存在明显的群体结构。去除稀有位点MAF(<5%)后,从700K SNP中筛选到395 553个SNP,平均覆盖水稻基因组的97.6%,两个相邻标记的最大距离平均为943 bp。该群体的LD遗传距离大约为200 kb。2.水稻苗期耐亚铁毒、锌毒和铝毒的QTL定位及候选基因挖掘在亚铁毒和锌毒试验中,分别定位到14个耐亚铁毒的QTL和16个耐锌...

【文章页数】：117 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图1.2全基因组关联分析的基本技术路线

RDL4在铝胁迫诱导下可以促进柠檬酸的分泌从而螯合根部etal.,2011)。关联分析研究进展联分析分析(Genome-wideAssociationStudy,GWAS)是利用高通量核苷酸多态性)以及这些SNP与目标性状的相关性。简单地因组范围上的应用，从全基....

图1.32000-2016年用GWAS方法研究水稻的文章数量Figure1.3ThenumberofpublishedpaperofGWASinricefrom2000to2016

S在水稻中的研究进展学术搜索关键词“GWASinrice”，可以看出从2000年到2016年间利用文数量呈指数形式增长(图1.3)。在水稻应用GWAS方法进行研究的第010年Huang发表在NatureGenetics的文章。该研究利用360....

图1.4BSA法定位候选基因的基本流程

表达、翻译以及调控网络等生物学上的变化，因此需要进一步结合分子生物学、细胞学和遗传学对候选基因进行功能分析，以阐明其具体的生物学意义(Heideletal.,2011)。1.6BSA法挖掘候选基因1.6.1混合群体分离分析法混合群体分离分析法(BulkSegre....

图2.2211份材料的群体结构分析结果

PIT的PCA3D分析结果显示，222份材料可以明显分为两个亚群(图2.1a)，为减关联分析影响，我们去除了11份材料，剩余211份材料用于后续分析(图2.1b)。图2.1222份材料(a)和211份材料(b)的PCA3D图.1PCA3....

本文编号：3945848