大豆细胞质雄性不育系及其同型保持系的转录组分析

发布时间：2024-04-22 00:17

　　通过分析大豆细胞质雄性不育系及其同型保持系盛花期花苞的转录组数据,以期阐明大豆细胞质雄性不育发生机制,为大豆细胞质雄性不育在不育化制种中的利用提供理论依据。以细胞质雄性不育系JLCMS116A及其同型保持系JLCMS116B为材料,对两种材料盛花期花苞进行碳水化合物、可溶性蛋白、内源激素和转录组测序进行分析研究。所有材料的转录组数据共产生40.53Gb的序列数据,共得到1866个基因,在不育系和保持系之间共筛选出229个差异基因。1.GO注释分析显示229个差异基因中的157个(68.6%)被注释到42个功能分类中,包括19个生物学分类(BP)、12个细胞组分分类(CC)和11个分子功能分类(MF)。2.KEGG富集显示,不育系和保持系间的DEGs显著富集的通路有戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化通路(ko00040)、淀粉和蔗糖代谢(ko00500)、植物病原互作(ko04626)、鞘脂代谢(ko00600)和醚脂代谢(ko00565),其中戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化通路(ko00040)、淀粉和蔗糖代谢(ko00500)、鞘脂代谢(ko00600)和醚脂代谢(ko00565)与育性有关。3...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１转录组测序流程图??Ｆｉｇｕｒｅ?１?ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??２．４转录组测序数据质控与ｒｅｓｄｓ比对及功能富集分析??

１０?大豆细胞质雄性不育系ＪＬＣＭＳ１１６Ａ及其保持系ＪＬＣＭＳ１１６Ｂ的转录组分析???一??ｉ??图１转录组测序流程图??Ｆｉｇｕｒｅ?１?ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ??２．４转录组测序数据质控与ｒｅｓｄｓ比对及功能富集分析?....

图２?ＦＰＫＭ密度分布对比图??Ｆｉｇｕｒｅ２?ＦＰＫＭ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ?ｏｆ?ａｌｌ?ｓａｍｐｌｅｓ??

据和所占据的比??值；（６）?Ｒｅａｄｓ?Ｍａｐ?ｔｏ?Ｖ：反映到供参基因组上面＋链位置的数据和所占据的比值；（７）?Ｒｅａｄｓ?Ｍａｐ?ｔｏ??反映到供参基因组上面－链位置的数据和所占据的比值。??３．４．２样品基因表达量总体分布??利用转录组数据检测基因表达具有较高的灵敏度，....

图３?ＦＰＫＭ箱线图??ＦｉｇｕｒｅＢ?ＦＰＫＭ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｌｌ?ｇｒｏｕｐｓ??注：图中横坐标代表不同的样品；纵坐标表示样品表达量ＦＰＫＭ的对数值

?白?Ｃ－１１６Ａ－５??＆?＿?Ｃ－１１６Ａ－６??三?ＩＩ?串?Ｃ－１１６Ｂ－４??蒼－２－?Ｉ?＾?Ｃ－１?１６Ｂ－５??｜?ｉ?Ｉ?｜?Ｉ?Ｌ￣￣?ｉ?０－１?１６Ｂ－６??丨?５??參霉?■黧?參攀??．?？?？?＿?？?？??ｍ??？?？?：??－６?—?？?？???....

图５差异表达火山图??Ｆｉｇｕｒｅ５?Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ?ｏｆ?ＤＥＧｓ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｏｍｐａｒｅｄ?ｇｒｏｕｐｓ??

ｅｎ?ｔｗｏ?ｓａｍｐｌｅｓ??３．４．４差异表达基因统计??火山图也可直观的表达组间的ＤＥＧｓ情况。这些基因的差异表达可能是导致??两个材料出现育性差异的原因，因此后续需对这些ＤＥＧｓ进行了更深入的分析。???Ｖｏｌｃａｎｏ?ｐｌｏｔ???２０?－??１５?－??ｆｐ?Ｓｉｇｎ....

本文编号：3961657