刺五加转录组分析及FPS启动子的克隆与功能研究

发布时间：2024-11-20 20:47

　　为建立刺五加转录组数据库、获得三萜皂苷高含量组(B)与低含量组(M)刺五加间差异性表达基因以及法尼基焦磷酸合酶基因(FPS)全长,采用Illumina Hi Seq 4000测序平台的二代测序技术、生物信息学方法、PCR和热不对称交错PCR(TAIL-PCR)技术进行研究,并取得了以下主要结果:1)刺五加转录组共有8.34 Gb,77087条Unigenes,总长52940804 nt,平均长度为687 nt,N50长度为1207 nt。与7个基因数据库进行比对,有29348条Unigenes获得注释信息,其中与葡萄的同源性最高;归于55个GO分类和24个COG分类;涉及到116个KEGG标准代谢途径。预测出59098条CDSs、5028个SSRs以及162831个SNPs。2)筛选出差异性表达基因530条,上调基因有223条,下调基因307条。与GO、COG和KEGG进行比对,共有434条基因获得注释。3)FPS全长为7952 bp,A/T含量64.29%。FPS转录起始位点为G,位于起始密码子ATG上游117 bp处,含有12个外显子和11个内含子。启动子中有120个顺式作用元件,分...

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图1四环三萜皂苷化学结构

基；母核的17位上有1个有8个碳原子组成的侧链（图1）。图1四环三萜皂苷化学结构Fig.1Thechemicalstructureoftetracyclictriterpenoidsaponins五环三萜皂苷类是中药材中比较常见的生物活性物质，根据苷....

图2五环三萜皂苷化学结构

图2五环三萜皂苷化学结构2Thechemicalstructureofpentacyclictriterpenoids代谢产物具有很好的药理功效与生物活性固醇、护肝等，还可增强植物抗病、抗虫三萜皂苷可以抑制肿瘤。目前，已在刺五用植物中分离提取出具有抑制肿瘤的三萜....

图3三萜皂苷生物合成途径[75]

图3三萜皂苷生物合成途径[75]Fig.3TriterpenoidSaponinsBiosynthesis[75]释见附录。1999年时，法国科学家MichelRohmer在细菌、绿藻以及高等植物的萜类化合物合成途径[77]，随后因其重要的中间体为2-C-甲....

图6Contigs长度分布

图6Contigs长度分布Fig.6Contigslengthdistribution数量

本文编号：4012333