四种石首鱼科海洋鱼类DNA条形码的构建

发布时间：2020-04-19 07:55

【摘要】：随着海洋鱼类贸易的发展和加工水平的提高,近年来鱼类错误标签和以次充好的现象频频发生,严重影响食品安全和贸易秩序。因此准确的物种鉴定在海洋渔业贸易中至关重要。DNA条形码(DNA barcoding)是依据对一段短的、标准化的基因序列分析进行物种鉴定,现已成为生物物种鉴定的新方向。本研究以大黄鱼(Larimichthy crocea)、小黄鱼(Larimichthy polyactis)、黄姑鱼(Nibea albiflor)和棘头梅童鱼(Collichthys lucudus)为研究对象,对四种石首科鱼类进行DNA条形码构建,主要研究结果如下:1.从GenBank数据库比对结果来看,线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(COI)、线粒体细胞色素b氧化酶(Cytb)、线粒体16S rRNA(16S rRNA)和线粒体控制区(D-loop)四种基因均可作为DNA条形码,用于大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和棘头梅童鱼的鉴定;结合K2P遗传距离分布、种内种间遗传距离差异以及分子系统进化树,同时考虑四种基因在数据库中的应用范围,筛选得到用于四种鱼类鉴定的最适DNA条形为COI基因。并且利用COI基因对大黄鱼和小黄鱼的鱼肉制品进行分析鉴定,发现市场中标记为小黄鱼的样本多为白姑鱼或大头白姑鱼假冒。2.利用COI基因对洞头、大连、舟山和连云港四个采样点的大黄鱼、小黄鱼和棘头梅童鱼进行遗传多样性分析,结果显示不同地理种群的群体内和群体间遗传距离差异不大;构建同一物种不同地理种群的系统进化树,发现大黄鱼、小黄鱼并不因为地理位置的不同而形成单独的分支,棘头梅童鱼形成两个不同世系。3.利用PCR-RFLP技术,选取Vsp I、Hae II、Nhe I和Hinf I四种限制性内切酶对大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和棘头梅童鱼四种鱼类的COI基因进行限制性酶切,发现Vsp I、Hae II、Nhe I三种内切酶能分别对大黄鱼、棘头梅童鱼和黄姑鱼进行鉴定,Hinf I能同时鉴定四种鱼类;另外,比对小黄鱼和黄姑鱼的COI序列,设计特异性引物并进行物种特异性PCR,结果显示黄姑鱼有特异性条带产生。这两种方法能对这几种石首鱼科鱼类进行快速准确鉴定。
【图文】：

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中国计量大学硕士学位论文些位点的碱基固定，但是由于密码子第三位碱基的简并性，所以当序列长度达到 45 bp 时就能够产生 10 亿种可供选择的代码序列[25]。因此利用 COI 基因 5’端650 bp左右的DNA序列片段对绝大多数动物物种进行鉴定完全足够[26]。DNA条形码鉴定的主要步骤如图 1.1 所示[27]：

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中国计量大学硕士学位论文遗传差异应该彼此独立，不存在重叠，形成最小种间遗传距距离之间的差异（Barcoding Gap）[31,34]，如图 1.2 所示。比较对物种的鉴定能力也是评价不同序列有效性的标准之一。研ST1 和最近的遗传距离法（Nearest genetic distance）两种方法术检测物种的可靠性[35]。BLAST1 方法基于数据库中查询序定样本的物种名，，并且匹配的 E 值（E-value）必须小于小 value）。相比之下，最近的遗传距离法则根据数据库中与查传距离的序列来确定样本的物种名[36]。
【学位授予单位】：中国计量大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S917.4

【参考文献】