兰州鲇微卫星标记筛选及其与生长相关性研究

发布时间：2020-04-30 13:32

【摘要】：兰州鲇(Silurus lanzhouensis)又名黄河鲇,是黄河上游特有的大型经济鱼类。营养价值高,具有十分广阔的养殖前景。近些年来,由于水体污染、过度捕捞、综合水利工程建设等因素,兰州鲇野生种群数量急剧下降,已成为深受各界关注的濒危物种。因此,寻求有效的遗传标记对兰州鲇种质资源保护利用、遗传图谱构建、经济性状的QTL定位以及分子标记辅助育种是十分必要的。本次实验分别进行了兰州鲇多态性微卫星标记筛选及与其生长相关性分析两部分,以下是实验主要内容:1.应用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Comaining Repeats)方法构建了兰州鲇(AC)n、(AG)n、(ATC)n、(CAG)n、(AAAC)n、(AGAT)n和(GATA)n核心序列G-SSR(基因组微卫星)富集文库。结果获得326条G-SSR,(GenBank登陆号:KJ008462-KJ008582,KJ545973-KJ545998,KJ598088-KJ598120,KP280324-KP280469)阳性序列率为40.75%。其中,完美型微卫星170条,占52.15%;非完美型微卫星72条,占22.09%;复合型84条,占25.76%;重复次数主要分布在10~20次,重复次数在30次以下的比例为80.16%。结果表明,经优化的磁珠富集法可以更高效的构建兰州鲇G-SSR文库。2.基于公共数据库GenBank,以现有鲇形目中与兰州鲇亲缘关系较近的革胡子鲇科和鲇科ESTs(Expressed Sequence Tag)共2002条序列,筛选兰州鲇E-SSR(表达标签序列微卫星)分子标记。结果共发现209个微卫星序列,占ESTs数据库的10.44%;其中三碱基重复为主导型,共76个(36.36%),其次是二碱基重复序列59个(28.22%)、四碱基重复序列52个(24.88%)、五碱基重复序列17个(8.13%)、六碱基重复序列5个(2.41%);而双碱基重复中TG/CA形式最为主,三碱基重复中AAT/ATT/TAA/TTA/ATA/TAT形式最为主,四碱基重复中AAAC/GTTT形式最为主,分别占其特征微卫星序列总数的32.79%、47.37%和24.53%。结果表明,借用已有鲇形目鱼类ESTs数据库可以更高效、快捷的筛选兰州鲇E-SSR分子标记。3.根据侧翼序列,设计G-SSR和E-SSR引物共200对,在兰州鲇30个个体间进行多态性微卫星标记筛选,结果显示138对引物能稳定扩增,57对引物具有多态性,每个位点等位基因数2~9个(平均3.965),观测杂合度(Ho)0.0972~0.7326(平均0.4601),期望杂合度(He)0.0881~0.7298(平均0.4963),多态信息含量(PIC)0.1148~0.7945(平均0.4426),结果表明,本次筛选到的57个微卫星标记遗传信息含量较丰富;并验证了在兰州鲇上完美型微卫星的多态性显著的高于非完美型和混合型微卫星(P0.01)。4.采用SPSS 18.0软件中卡方检验,初步筛选兰州鲇生长相关性微卫星标记。结果表明,有17个微卫星位点在极大群体和极小群体的基因型分布趋向差异显著。在随后的表型数据关联分析,有10个位点分别与体重、体长、体高相关,其中,SLsis10、SLsis26、SLsis46、SLsis76、SLsis89、SLsis112和SLsis120这7位点与体重显著相关(P0.05或P0.01);SLsis2、SLsis3和SLsis249这3个位点与体长显著相关(P0.05或P0.01);SLsis89与体重、体长显著相关,而与体高相关性不显著。SLsis26、SLsis46和SLsis120与体重、体长和体高显著相关(P0.05)。
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S917.4

【参考文献】