WSSV流行变异比较及不同毒株致病差异分析

发布时间：2020-06-03 12:51

【摘要】：对虾白斑综合征病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)是养殖虾主要病原之一,WSSV不同地理株的变异可能导致WSSV毒力的变化,本论文针对2013-2015年我国主要对虾养殖区WSSV变异进行分析,同时分析了不同毒力WSSV感染凡纳滨对虾mi RNA的差异表达。主要研究内容及结果如下:第一章:为了了解中国不同地区白斑综合征病毒的流行变异情况,本研究取用2013年3 12月从7个省市发病地区采集到的64份WSSV阳性样本,以特异的引物扩增目的片段,通过测序分析不同样本的缺失及变异差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530 bp、6533 bp和5138 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中有12070 bp大片段的缺失,不同地区样本中未能成功扩增ORF75,而ORF94的重复单元数目分别为0、3、4、12不等,ORF125的重复单元数目为0、7。SNP分析表明,含有3个RUs的ORF94在48位的碱基为T、T、T,RUs为4的在48位的碱基为T、T、T、T,RUs为12的在48位的碱基分别为T及11个A。而ORF125所有RUs为7的情况在8、18、25、66、69位置的碱基均为G、G、G、G、A,在9、50、53、61位的碱基也普遍出现了变异。结果表明,WSSV在中国不同地区存在一定程度的变异,其在序列中的缺失以及重复单元数目和SNP的差异较为明显。第二章:为了了解2014年中国大部分地区WSSV ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125的变异情况,本文选择2014年1月至8月期间采集的48份WSSV阳性样本,用特异引物扩增片段,连接于T载体转化至Top10中,筛选阳性克隆,测序分析不同样本之间的缺失差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,共有四种缺失情况,即缺失6540 bp、6530 bp、5908 bp和5138 bp。而在ORF23/24扩增中有两种缺失情况,即缺失12070 bp和12064 bp。ORF75的总重复单元数目有4、10、11、12、13不等,ORF94的重复单元数目有4和14不等,而ORF125的重复单元数目有0、3、5、6、7不等。WSSV在中国大部分地区存在一定程度的变异,而不同毒株之间在ORF14/15可变区差异比较明显,在ORF23/24可变区差异不大,但均具有大片段缺失,且毒株间在0RF75、ORF94和ORF125中重复单元数目存在比较明显的差异。第三章:本实验针对2015年4月至10月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南、广东五省市,采集到的57份检测WSSV显示阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530 bp、5908 bp和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大片段的缺失,ORF75的45 bp的重复单元数目分别为1、2、3,102bp的重复单元数目均为1,而ORF94的重复单元数目分别为4、5、10、12不等,ORF125的重复单元数目为3、5、6。第四章:WSSV基因组之间的差异也引起了不同分离株之间毒力的差异。MiRNA在防御病毒的调节中起着重要的作用。为了探究凡纳滨对虾在经过不同毒力的WSSV感染后,mi RNA的差异表达,将高毒力和低毒WSSV感染后对虾的肝胰腺作为实验样本,通过高通量测序,建立了H文库和L文库。H文库中有29,398,623个raw reads,而在L文库中有29,398,623 raw reads。一共有37个差异表达的功能性mi RNA,相对于低毒力的表达情况,其中上调的mi RNA有16个,而下调的mi RNA有21个。Igi-mi R-1175-3p是差异最为显著的mi RNA,其次分别是bmo-mi R-1175-3p和ipu-mi R-26b。根据差异mi RNA预测的靶基因在生物过程、信号调节、细胞分化和凋亡、免疫识别和其他过程中发挥关键作用。实验结果对于针对不同毒力感染后的mi RNA差异反应的后续研究起到一定作用。
【图文】：

WSSV 样本扩增中, 有 5 份样本(20#、22#、60#、62带, 能够成功扩增样品的比率为 7.81%, 其中 62#条图 1-1), 除了河北省沧州、黄骅和唐海, 其他地区样在 ORF23/24 扩增中, 仅有 1 份(62#)河北唐海的样本本未有检出, 检出率为 1.56%(图 1-2)。针对于 VN出现相应条带(图1-3)。而在ORF94扩增中, 共有9#、26#、32#、33#、62#、63#), 而海南三亚、广东山东日照、天津汉沽以及部分河北唐海和黄骅的样 14.06%, 其中 26#、62#、63#样本的目的条带较之其#的样本有两条扩增条带出现, 这可能是由于样本中整造成。在 ORF125 扩增中, 有 25 份样本(17#、12#、33#、36#、39#、42#、46#、47#、48#、49#、5#、58#、60#、62#、63#)出现相应扩增条带, 检出率东日照以及潍坊地区的样本未有检出(图 1-5)。

1-2 引物 ORF23/24 的扩增结果DNA Maker DL 2000; (+)阳性对照, ( )阴性对照; 1~64: Amplification result of preimer ORF23/24 Maker DL 2000; (+) positive control, ( ) negative control; 1 641-3 引物 ORF75 的扩增结果DNA Maker DL 2000; (+)阳性对照, ( )阴性对照; 1~64:
【学位授予单位】：上海海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S945.4

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本文编号：2694848