白刺参基因组微卫星多态性及DNA甲基化分析

发布时间：2020-07-24 10:16

【摘要】：本研究以普通刺参和选育的白刺参为研究对象,一方面利用微卫星分子标记研究了普通刺参群体和白刺参群体的遗传多样性和遗传结构,分析其遗传差异;另一方面利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对普通刺参和白刺参的不同组织DNA甲基化模式进行了研究,探讨白刺参体色与基因组DNA甲基化之间的关系。主要研究结果如下:1.普通刺参和白刺参遗传变异的SSR分析应用微卫星标记技术对普通刺参群体(Apostichopus japonicus)和白刺参群体遗传多样性进行了分析。应用14对微卫星引物对2群体进行扩增,每个座位检测到的等位基因数为3~6个。白刺参和普通刺参群体的多态信息含量(PIC)平均值分别为0.6465和0.6212,观测杂合度平均值(Ho)分别为0.7619和0.8286,期望杂合度平均值(He)分别为0.7218和0.6895。结果表明:白刺参群体相比于普通刺参群体存在杂合度降低,遗传多样性下降的现象。2个群体在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P测试,发现均存在显著偏离现象。F-检验数据显示2个群体发生了不同程度的杂合子缺失,对2个群体进行了配对Fst值计算,发现2个群体的遗传分化指数较小,说明遗传分化较弱,遗传变异大部分源于群体内的不同个体间。遗传距离及遗传相似性结果显示2个群体间的遗传分化还未达到种群的划分标准。2.普通刺参和白刺参不同组织基因组DNA的MSAP研究应用MSAP技术对普通刺参和白刺参体壁、呼吸树和消化道3个组织的DNA甲基化水平和甲基化模式进行了研究,初步探讨了DNA甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响。结果显示,筛选得到的9对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增,在两群体中分别检测到5932和5208个位点,均以未甲基化位点为主,普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为4317和3944,分别占总扩增条带数的72.78%和75.73%。普通刺参体壁的甲基化水平为31.07%,呼吸树为23.36%,消化道为26.34%;白刺参中体壁的甲基化水平为29.88%,呼吸树为23.25%,消化道为19.45%,体壁的甲基化率在两群体中都是最高的。普通刺参和白刺参同一组织间的甲基化水平和甲基化模式不同,同一群体体壁、呼吸树和消化道不同组织间的甲基化水平和模式也不同。在检测的3个组织中,5甲基胞嘧啶的半甲基化水平均较全甲基化水平低。甲基化可能在普通刺参和白刺参组织分化和发育过程中发挥着很重要的作用。
【学位授予单位】：上海海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S917.4
【图文】：

33图 4-1 不同引物组合在刺参基因组 DNA 中的 MSAP 图谱g.4-1 An example of DNA methylation profiles in Apostichopus japonicus using diffeimers pairs型：全甲基化位点；Ⅱ型：半甲基化位点；Ⅲ型：去甲基化位点，泳道 t1、h1、c1代表刺参的体壁、呼吸树、消化道；泳道 t2、h2、c2代表白刺参的体壁、呼吸树、消化道style: fully methylated; Ⅱstyle: hemi-methylated; Ⅲ style: unmethylated, Lane t1, h1, anpresent body wall, respiratory tree, and digestive tract of A. japonicas; Lane t2, h2, anpresent body wall, respiratory tree, and digestive tract of white A. japonicas.5.3 不同组织间基因组 DNA 甲基化水平差异

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本文编号：2768700