裂腹鱼亚科代表种比较转录组及低氧相关主要基因分子进化研究
【学位单位】:青海大学
【学位级别】:硕士
【学位年份】:2019
【中图分类】:S917.4
【部分图文】:
A B图 2.1 拼接转录本及 unigenes 的长度频数分布图Figure 2.1 Frequency distribution map of spliced transcripts and unigenes注:A:转录本长度频数分布;B:unigene 长度频数分布;SLA:澜沧裂腹鱼;SMA:巨须裂腹鱼;SLI:光唇裂腹鱼;SLB:西藏裂腹鱼;GPA:厚唇裸重唇鱼;PDI:双须叶须鱼;OST:尖裸鲤;PLE:极边扁咽齿鱼;SPY:黄河裸裂尻鱼;SST:高原裸裂尻鱼;SYO:拉萨裸裂尻鱼;GWA:高原裸鲤;GEC:花斑裸鲤Note:A: Frequency distribution map of spliced transcripts; B: Frequency distribution map ofspliced unigenes; SLA: Schizothorax lantsangensis; SMA: Schizothorax macropogon; SLI:Schizothorax lissolabiatus; SLB: Schizothorax labiatus; GPA: Gymnodiptychus pachycheilus;PDI: Ptychobarbus dipogon; OST: Oxygymnocypris stewartia; PLE: Platypharodon extremus;SPY: Schizopygopsis pylzovi; SST: Schizopygopsis stoliczkai; SYO: Schizopygopsisyounghusbandi; GWA: Gymnocypris waddelli; GEC: Gymnocypris eckloni2.2.3 unigenes 的注释基于 Nr、Nt、GO、KEGG、Swiss-Prot、KOG 六大公共数据库,对裂腹鱼亚科鱼类 13 个物种的 unigenes 进行注释,注释数目及比率见表 2.4。13 个物种的
图 2.2 divergent 和 conserved 直系同源基因 ka 和 ks 分布图igure 2.2 The Ka and Ks distribution for orthologous genes of divergent and conserved2.2.5 直系同源基因的 GO 富集分析和 KEGG 代谢通路分析为了进一步研究裂腹鱼亚科鱼类在适应高原水体中可能产生影响的基因,本通过对存在正向选择的直系同源基因进行 GO 功能富集分析和 KEGG 代谢分析,在 Ka /Ks>1 的 52 个直系同源基因中,通过 GO 富集确定了 6 个正择基因(positiveselectiongenes,PSGs),为 OG03673,OG08892,OG11017,6385,OG11002 和 OG11127,其显著富集于四种分子功能类别(cytokinity,cytokinereceptorbinding,chemokineactivity,andchemokinereceptorbindin个生物过程类别(immuneresponse),见表 2.6。通过 KEGG 富集分析表明 PSGs(OG03673,OG09047,OG07729,OG11002,OG11017 和 OG08905)个 KEGG 代谢通路(cytokine-cytokine receptor interaction, measles anmokine signaling pathway)中显著富集,见表 2.7 和图 2.3。因此,从上述结鉴定出 9 个正向选择基因可能参与裂腹鱼亚科鱼类在不同水环境的适应过
表 2.6 GO 富集中的关键 PSGsTable 2.6 Key PSGs involved in the enriched GO functionsGO 类别GO termsGO 分类GO type正向选择基因Positively selected genesGO:0005125Cytokine activity细胞因子活性MFOG03673, OG08892, OG11017,OG06385, OG11002GO:0005126Cytokine receptor binding细胞因子受体位点MFOG11017, OG11002, OG06385,OG11127, OG03673GO:0008009Chemokine activity趋化因子活性MF OG11017, OG11002, OG03673GO:0042379Chemokine receptor binding趋化因子受体位点MF OG03673, OG11017, OG11002GO:0006955Immune response免疫反应BPOG03673, OG08892, OG11017,OG06385, OG11002
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本文编号:2815547
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