熊本牡蛎（Crossostrea sikamea）微卫星标记开发的研究

发布时间：2020-10-10 12:56

　　 熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)在日本、中国、韩国等地有自然分布,并被引种至美国进行养殖。在我国,熊本牡蛎是第四种牡蛎经济物种。随着养殖规模的扩大,利用少数个体进行多代繁育可能会导致养殖群体遗传多样性降低,群体抗逆性下降,种质资源退化等问题出现。因此,开发熊本牡蛎的微卫星引物,对于熊本牡蛎种质资源的调查和遗传多样性进行调查,对于熊本牡蛎的良种选育,促进其养殖业的发展有十分重要的现实意义。(1)利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发出20对具有多态性的微卫星引物。用台山市下川岛野生群体共28个个体对引物进行了评价,共扩增出330个等位基因,等位基因数范围为6~39,平均等位基因数为16.5;有效等位基因数(Ne)范围为1.3529~33.3617;观测杂合度(Ho)范围为0.2000~1.0000;期望杂合度(He)范围为0.2656~0.9877;香农-威纳指数(I)范围为0.6483~3.5858;多态信息含量(PIC)范围为0.2545~0.9692,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。利用这些位点对一个养殖群体进行了遗传多样性分析,发现平均等位基因数为10.25;平均有效等位基因数(Ne)为5.8434。观测杂合度(Ho)平均值为0.6391;期望杂合度(He)平均值为0.7636;Shannon-wiener指数(I)平均值为1.7914;多态信息含量(PIC)平均值为0.7207。发现熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。本研究结果说明在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、太平洋牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39、XB1-45三个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。(2)利用磁珠富集的方法,从熊本牡蛎中开发出18对具有多态性的微卫星引物。用珠海野生群体共26个个体对引物进行了评价,18个微卫星标记在野生群体中表现出较高的多态性。共扩增出266个等位基因,每个微卫星位点的等位基因数范围为2~33,平均等位基因数为14.7778。有效等位基因数范围为1.9600~26.8889;观测杂合度(Ho)范围为0.0714~0.9583;期望杂合度(He)范围为0.5017~0.0.9852;Shannon-wiener指数(I)范围为0.6829~3.4061;多态信息含量(PIC)范围为0.3699~0.9615。其中10个位点偏离哈温平衡,这可能与纯合子过剩、奠基者效应和无效等位基因等因素有关。这些引物具有较高的多态性,可用于后续对熊本牡蛎个体鉴定、群体遗传多样性研究、遗传结构分析、构建遗传图谱等方面的研究。
【学位单位】：重庆师范大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：S917.4
【部分图文】：

体（A）共提取 40 个个体的基因组 D体进行群体遗传多样性分析。熊本牡因组 DNA，经鉴定有 2 个非熊本牡蛎传多样性分析。及筛选结果引物：第一批 96 对引物（标记为 XB92 对引物。进行初步筛选后，共得到态性好、缺失少、扩增出来的条带稳1 为位点 XB2-12 和 XB2-10 初筛聚丙

重庆师范大学硕士学位论文 第二章 高通量测序开发熊本牡蛎微卫星标记MK359124 (GA)16TTGCATCTAACCGTTTACTATCG CAAATTTGAATATTTCTACATCMK359125 (CA)16CAAAAATTATGAAATTCAAGGCG ATAAGTCGAATGCTCTGCTTCAMK359126 (GAT)10TGCAAAAATAACACTAACGATGG TCATCATCATCATTTACCTTCCMK359127 (AC)14CGACACCTTTAAGATGCCTAGTG ATGGTAAACTTCCCAGATGCT

图 3 位点 XB1-39 近缘种通用性检测Fig. 3 The results of transferability of locus XB1-39 in in related species of C. sikamea图 4 位点 XB1-41 近缘种通用性检测Fig. 4 The results of transferability of locus XB1-41 in in related species of C. sikamea表 3 20 对引物近缘种通用性检测Tab. 3 Thetransferability in related species of 20 loci聚丙烯酰电泳条带大小（bp）
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本文编号：2835226