鮸鱼鳗弧菌感染相关microRNA的鉴定及分析

发布时间：2020-12-03 05:57

　　鮸鱼（Miichthys miiuy）是一种具有重要经济价值的海洋水产鱼类,属于石首科,主要分布在太平洋西北部:从日本海西部到中国东海区域。近年来,鮸鱼被广泛养殖,但是,其养殖规模一直受到许多病原菌和寄生虫带来的各种感染性疾病所限制。目前,基于鮸鱼转录组和EST测序数据,许多免疫相关基因已展开研究。MicroRNA（miRNA）是一大类内生非编码小分子RNA（small RNA,sRNA）,它能够通过不完全互补配对形式靶作用于信使RNA（mRNA）,并可在转录后水平上通过抑制mRNA翻译或者诱导mRNA降解的方式调控各种生理过程。研究表明miRNA在宿主对抗各种病原体感染过程中起到关键作用。作为一种革兰氏阴性,鳗弧菌（Vibrio anguillarum）是鮸鱼养殖过程中一种常见的病原菌。为了鉴定在鳗弧菌侵染时起到免疫调控作用的mi RNA,我们对健康的鮸鱼和受鳗弧菌侵染的鮸鱼的脾脏组织进行了sRNA转录组测序。本研究通过sRNA转录组测序,得到的主要结论如下:1.构建了两个sRNA文库并通过Illumina高通量测序平台进行测序。经过低质量序列的过滤,在对照组（control gro... 

【文章来源】：浙江海洋大学浙江省

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

动物样品的实验流程

图 2-2 信息分析流程Fig 2.2 Data analysis process2.1.4.3 测序数据质量评估及过滤Illumina 测序得到的原始图像数据经 base calling 转化为序列数据，我们称之为原始数据(raw data 或 raw reads)，结果以 fastq 文件格式存储。为了保证数据质量，在信息分析前要对原始数据进行质量评估，并且通过数据过滤来减少数据噪音。首先，为了保证测序的可靠性，根据质量评估结果过滤掉低质量序列，主要是那些原始数据中碱基质量小于 10 的碱基数超过 4 个同时碱基质量小于 13 的碱基数超过 6 个的序列。其次，过滤掉原始数据中无插入片段序列、插入片段过长的序列、poly(A)序列、长度小于 15 nt 的小片段序列、5′或 3′接头污染序列。原始数据经过质量评估和过滤后得到干净序列(clean reads)。2.1.4.4 样本序列统计及长度分布

鮸鱼鳗弧菌感染相关 microRNA 的鉴定及分析为了检测两个样本测序整体上的一致性，我们统计了两个 cDNA 文库之间公共序列和特有序列的种类(用 unique 表示)及总量(用 total 表示)分布情况(见图 2-3)。在 CG与 IG 两个样本间，公共序列的种类仅占 15.8%，但是公共序列的总量占两个库 cleanreads 总数(23,202,586)的 97.7% (22,672,335)，这表明我们构建的文库在测序整体上的一致性是比较好的。一般不同样品间序列种类上的差异比较大，但公共部分的序列其表达比较集中。


本文编号：2896097