分子技术在马鞍列岛海域鱼类食性和肠道菌群分析中的应用
发布时间：2020-12-08 19:13
近年来随着马鞍列岛海域的渔业资源的衰退趋势无法得到有效地缓解,众多研究者积极采取研究措施从各个方面探究导致渔业资源的衰退现状的原因。本研究通过利用分子生物技术与传统形态学鉴定相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域的皮氏叫姑鱼进行了胃含物分析,发现皮氏叫姑鱼的空胃率可达到84.65%,而使用传统的观测方法仅获得包括口虾蛄（Oratosquilla oratoria）、日本鼓虾（Alpheus japonicus）、沙蚕（Nereis）、日本蟳（Charybdis japonica）幼体在内4种胃含物,而其余占总食物团质量的92.65%为无法辨认的食物糜,其中不可辨认的虾类占3.25%、蟹类31.14%。针对无法鉴定的食物残渣提取组织DNA,采用线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,COI）作为分子标记,利用获得的基因在Genbank中进行同源性分析,并利用MEGA6.0构建N-J系统进化树,最终鉴定出6种虾类、2种鱼类、1种蟹类,分别是中华管鞭虾（Solenocera crassicornis）、鲜明鼓虾...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
采用非直接鉴定法分析胃肠道内容物或粪便的出版的文章数量（以每5年或10年为时间间隔单位）（引自Carreon-Martinez[18]
图 1-2 分子技术分析胃含物组成的流程图（引自 Sheppard[19]，2005）虚线表示需要进行特异性引物设计的环节。Fig.1-2 Gut content analysis using DNA-based techniques. Broken lines describe processesrequired for species-specific primer design[19].Bowser[52]等用 16S mtDNA 和 COI 作为标记基因，利用 454 测序平台研究缅北部湾的海鸟食物链，并且强调了多位点方法的应用在多种类食性组成研究中重要性。Leray[53]等设计引物“mlCOIintF”结合原有引物“jgHCO2198”定位一段13bp 的基因片段，利用第二代测序平台对三种珊瑚礁鱼类的胃含物进行测序，在得到的 334 个 OTUs（Operational Taxonomic Units）中，52.5%的可以与条形码据库中的序列相匹配，另外，32%需要归类到更高级别的分类单元中，并认为这引物搭配可以应用到食物网以及大尺度生物多样性的评估中。Martha[54]等利用际条形码数据库（BOLD，thebarcodeoflife referencedatabase）来对狮子鱼的胃物进行 DNA 鉴定，并推荐将该技术应用于对部分消化的食物组织的鉴定，也指目前该技术应用过程中唯一的限制是要完善条形码数据库的构建，尤其是无脊动物的条形码。因此，在我们研究鱼类食性的过程中，对于遇到无法用传统方法
上海海洋大学硕士学位论文本研究设置站点（ST1~ST7）如图 1 所示，根据马鞍列岛海域（E:12251′;N:30°41′—30°52′）的地形和皮氏叫姑鱼的生活习性，选用多网目组合氏叫姑鱼实施兼捕，多网目组合刺网的网目尺寸范围为 25~80mm，具体合方法参考汪振华[4]等的相关研究，每次放置刺网的时间约为 24h。将捕氏叫姑鱼采用保温箱冷藏保存后带回实验室分析。究区域与样品采集
【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA条形码在鱼类胃含物种类鉴定中的应用[J]. 席晓晴,鲍宝龙,章守宇. 上海海洋大学学报. 2015(02)
[2]草鱼与团头鲂肠道菌群结构比较分析[J]. 王纯,倪加加,颜庆云,李金金,李星浩,余育和. 水生生物学报. 2014(05)
[3]16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China[J]. ZHENG Lianming,HE Jinru,LIN Yuanshao,CAO Wenqing,ZHANG Wenjing. Acta Oceanologica Sinica. 2014(04)
[4]枸杞岛近岸海域食物网的稳定同位素分析[J]. 蒋日进,章守宇,王凯,周曦杰,赵静. 生态学杂志. 2014(04)
[5]鲢、鳙肠道微生物的研究[J]. 祭仲石,管卫兵,苏孙国,张明月. 大连海洋大学学报. 2014(01)
[6]象山港内西沪港海域沉积环境细菌群落结构的时空变化及其主要环境影响因子[J]. 有小娟,李秋芬,张艳,徐勇,焦海峰. 应用与环境生物学报. 2013(05)
[7]中日褐菖鲉群体形态学比较研究[J]. 徐胜勇,张辉,柳本卓,高天翔. 水生生物学报. 2013(05)
[8]生物DNA条形码:十年发展历程、研究尺度和功能[J]. 裴男才,陈步峰. 生物多样性. 2013(05)
[9]鮸鱼消化道细菌群落结构及多样性初步研究[J]. 陶诗,王健鑫,刘雪珠,何芳芳,俞凯成. 南方水产科学. 2013(04)
[10]北部湾皮氏叫姑鱼的遗传多样性分析[J]. 谢子强,刘雪媚,郭昱嵩,刘楚吾. 南方农业学报. 2013(01)
博士论文
[1]多元生境中的鱼类群落格局[D]. 汪振华.上海海洋大学 2011
硕士论文
[1]流沙湾勒氏枝鳔石首鱼和皮氏叫姑鱼的生物学研究[D]. 徐明.广东海洋大学 2014
[2]北部湾主要鱼类食性的初步研究[D]. 陈颖涵.厦门大学 2013
[3]海洋特别保护区渔业管理问题—马鞍列岛海洋特别保护区实证研究[D]. 李鑫.上海海洋大学 2012
[4]长江口中国花鲈的食性及分子生物学在食性分析上的应用[D]. 洪巧巧.华东理工大学 2012
[5]养殖鱼肠道菌群分子生态的研究[D]. 黄光祥.华中农业大学 2008
本文编号：2905548
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
采用非直接鉴定法分析胃肠道内容物或粪便的出版的文章数量（以每5年或10年为时间间隔单位）（引自Carreon-Martinez[18]
图 1-2 分子技术分析胃含物组成的流程图（引自 Sheppard[19]，2005）虚线表示需要进行特异性引物设计的环节。Fig.1-2 Gut content analysis using DNA-based techniques. Broken lines describe processesrequired for species-specific primer design[19].Bowser[52]等用 16S mtDNA 和 COI 作为标记基因，利用 454 测序平台研究缅北部湾的海鸟食物链，并且强调了多位点方法的应用在多种类食性组成研究中重要性。Leray[53]等设计引物“mlCOIintF”结合原有引物“jgHCO2198”定位一段13bp 的基因片段，利用第二代测序平台对三种珊瑚礁鱼类的胃含物进行测序，在得到的 334 个 OTUs（Operational Taxonomic Units）中，52.5%的可以与条形码据库中的序列相匹配，另外，32%需要归类到更高级别的分类单元中，并认为这引物搭配可以应用到食物网以及大尺度生物多样性的评估中。Martha[54]等利用际条形码数据库（BOLD，thebarcodeoflife referencedatabase）来对狮子鱼的胃物进行 DNA 鉴定，并推荐将该技术应用于对部分消化的食物组织的鉴定，也指目前该技术应用过程中唯一的限制是要完善条形码数据库的构建，尤其是无脊动物的条形码。因此，在我们研究鱼类食性的过程中，对于遇到无法用传统方法
上海海洋大学硕士学位论文本研究设置站点（ST1~ST7）如图 1 所示，根据马鞍列岛海域（E:12251′;N:30°41′—30°52′）的地形和皮氏叫姑鱼的生活习性，选用多网目组合氏叫姑鱼实施兼捕，多网目组合刺网的网目尺寸范围为 25~80mm，具体合方法参考汪振华[4]等的相关研究，每次放置刺网的时间约为 24h。将捕氏叫姑鱼采用保温箱冷藏保存后带回实验室分析。究区域与样品采集
【参考文献】：
期刊论文
[1]DNA条形码在鱼类胃含物种类鉴定中的应用[J]. 席晓晴,鲍宝龙,章守宇. 上海海洋大学学报. 2015(02)
[2]草鱼与团头鲂肠道菌群结构比较分析[J]. 王纯,倪加加,颜庆云,李金金,李星浩,余育和. 水生生物学报. 2014(05)
[3]16S rRNA is a better choice than COI for DNA barcoding hydrozoans in the coastal waters of China[J]. ZHENG Lianming,HE Jinru,LIN Yuanshao,CAO Wenqing,ZHANG Wenjing. Acta Oceanologica Sinica. 2014(04)
[4]枸杞岛近岸海域食物网的稳定同位素分析[J]. 蒋日进,章守宇,王凯,周曦杰,赵静. 生态学杂志. 2014(04)
[5]鲢、鳙肠道微生物的研究[J]. 祭仲石,管卫兵,苏孙国,张明月. 大连海洋大学学报. 2014(01)
[6]象山港内西沪港海域沉积环境细菌群落结构的时空变化及其主要环境影响因子[J]. 有小娟,李秋芬,张艳,徐勇,焦海峰. 应用与环境生物学报. 2013(05)
[7]中日褐菖鲉群体形态学比较研究[J]. 徐胜勇,张辉,柳本卓,高天翔. 水生生物学报. 2013(05)
[8]生物DNA条形码:十年发展历程、研究尺度和功能[J]. 裴男才,陈步峰. 生物多样性. 2013(05)
[9]鮸鱼消化道细菌群落结构及多样性初步研究[J]. 陶诗,王健鑫,刘雪珠,何芳芳,俞凯成. 南方水产科学. 2013(04)
[10]北部湾皮氏叫姑鱼的遗传多样性分析[J]. 谢子强,刘雪媚,郭昱嵩,刘楚吾. 南方农业学报. 2013(01)
博士论文
[1]多元生境中的鱼类群落格局[D]. 汪振华.上海海洋大学 2011
硕士论文
[1]流沙湾勒氏枝鳔石首鱼和皮氏叫姑鱼的生物学研究[D]. 徐明.广东海洋大学 2014
[2]北部湾主要鱼类食性的初步研究[D]. 陈颖涵.厦门大学 2013
[3]海洋特别保护区渔业管理问题—马鞍列岛海洋特别保护区实证研究[D]. 李鑫.上海海洋大学 2012
[4]长江口中国花鲈的食性及分子生物学在食性分析上的应用[D]. 洪巧巧.华东理工大学 2012
[5]养殖鱼肠道菌群分子生态的研究[D]. 黄光祥.华中农业大学 2008
本文编号：2905548
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