基于RAD-seq技术的南方鲇高密度遗传连锁图谱构建
发布时间：2020-12-09 18:10
南方鲇（Silurus meridionalis）又称大口鲇,隶属于鲇形目（Siluriformes）、鲇科（Siluridae）,是我国特有的一种重要经济鱼类。目前关于南方鲇的研究大多集中在繁殖生物学、比较解剖学、生理生态学等方面,而遗传学方面的研究却相对较少,更没有其遗传连锁图谱的相关报道。本研究借助RAD-seq技术,开发了大量的SNP标记并构建了南方鲇高密度遗传连锁图谱,这将为南方鲇数量性状定位、比较基因组、经济性状相关遗传机制的解析、分子标记辅助选育等研究提供有力工具;同时也为进一步从基因组水平上解析鲇形目鱼类生长、发育、繁殖、系统进化、环境适应机制等生物学问题提供重要基础数据。主要研究内容如下:1、本研究以两尾野生南方鲇作为亲本,以其繁殖的100尾子代个体（F1代）作为作图群体,对总共102个个体（父母本各一尾,100尾F1代个体）进行RAD测序。选取EcoRI限制性内切酶对作图群体基因组进行酶切,然后再构建RAD文库及高通量测序,以此来大批量的筛选SNP标记。本研究根据亲本的RAD数据总共筛选出了77,634个高质量的多态SNP位点,其中42,447个SNP来自于碱基间的...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
1 遗传图谱构建概述
1.1 遗传图谱构建的理论基础
1.2 遗传图谱构建方法
1.3 遗传图谱应用
2 单核苷酸多态性（SNP）及其应用
2.1 SNP的起源和突变机制
2.2 SNP的优势
2.3 SNP的应用
3 简化基因组测序技术概述
3.1 降低代表性测序
3.2 RAD测序
3.3 改进的RAD测序技术
3.4 降低覆盖度测序分型
4 鱼类遗传图谱构建研究进展
4.1 模式鱼类遗传图谱研究
4.2 养殖鱼类遗传图谱
4.3 鲇形目鱼类遗传图谱
5 本研究目的和意义
第2章 南方鲇高通量SNP标记的开发及验证
1 引言
2 材料与方法
2.1 作图群体的构建
2.2 基因组DNA提取
2.3 DNA浓度与纯度的检测
2.4 RAD测序文库的构建及测序
2.5 RAD测序数据的预处理和SNP分型
2.6 Sanger测序验证分型准确性
3 结果
3.1 作图群体的选择与基因组DNA的提取
3.2 RAD测序及初始数据的过滤
3.3 SNP识别及基因型分型
3.4 Sanger测序验证分型准确性
4 讨论
4.1 利用RAD测序技术开发SNP标记
4.2 Sanger测序验证分型准确性
4.3 利用高通量测序技术进行标记开发的策略
5 小结
第3章 南方鲇高密度遗传图谱的构建及利用JOINMAP 4.0 对遗传图谱的验证
第1节 南方鲇高密度遗传图谱的构建
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验方法
3 结果
3.1 高密度遗传图谱的构建
3.2 基因组长度估计和图谱覆盖度估计
4 讨论
5 小结
第2节 利用JOINMAP 4.0 对遗传图谱的验证
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验方法
3 结果
3.1 经标记筛选后得到的遗传图谱
3.2 用JoinMap作图得到的遗传图谱
4 讨论
4.1 经标记筛选后的遗传图谱与之前所构遗传图谱的比较
4.2 两种作图软件所构遗传图谱的比较
5 小结
结论与展望
1 研究结论
2 展望
参考文献
缩略表
致谢
在校期间科研实践情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]南方鲇幼鱼运动代谢的个体变异和重复性及其饥饿响应[J]. 曾令清,彭韩柳依,王健伟,庞旭,曹振东,付世建. 水产学报. 2015(01)
[2]镜鲤体长性状的QTL定位分析[J]. 张天奇,张晓峰,谭照君,曹柱,王宣朋,李文升,储志远,孙效文. 遗传. 2011(11)
[3]大口鲇微卫星标记在三个鲇形目鱼类种群间适用性研究[J]. 吴旭东,连总强,侯玉霞,李力,肖伟. 水生生物学报. 2011(04)
[4]黄颡鱼遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位[J]. 葛学亮,尹洪滨,毕冰,孙中武. 水产学报. 2010(02)
[5]南方鲇和鲇线粒体DNA 16SrRNA基因片段的RFLP对比分析[J]. 王庆容,王乾兴,李学英,王大忠. 遵义师范学院学报. 2008(01)
[6]水产养殖动物遗传连锁图谱及QTL定位研究进展[J]. 常玉梅,孙效文. 动物学研究. 2006(05)
[7]饲料碳水化合物水平对南方鲇生长的影响[J]. 付世建,谢小军. 水生生物学报. 2005(04)
[8]分子标记的种类及其发展[J]. 黎裕,贾继增,王天宇. 生物技术通报. 1999(04)
[9]南方鲇继饥饿后的恢复生长[J]. 邓利,张波,谢小军. 水生生物学报. 1999(02)
[10]南方鲇的繁殖生物学研究：性腺发育及周年变化[J]. 张耀光,谢小军. 水生生物学报. 1996(01)
博士论文
[1]栉孔扇贝（Chlamys farreri）高密度图谱构建和基因组框架图绘制[D]. 付晓腾.中国海洋大学 2014
硕士论文
[1]黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）SRAP遗传图谱的构建[D]. 辛文婷.东北林业大学 2009
本文编号：2907272
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：98 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
1 遗传图谱构建概述
1.1 遗传图谱构建的理论基础
1.2 遗传图谱构建方法
1.3 遗传图谱应用
2 单核苷酸多态性（SNP）及其应用
2.1 SNP的起源和突变机制
2.2 SNP的优势
2.3 SNP的应用
3 简化基因组测序技术概述
3.1 降低代表性测序
3.2 RAD测序
3.3 改进的RAD测序技术
3.4 降低覆盖度测序分型
4 鱼类遗传图谱构建研究进展
4.1 模式鱼类遗传图谱研究
4.2 养殖鱼类遗传图谱
4.3 鲇形目鱼类遗传图谱
5 本研究目的和意义
第2章 南方鲇高通量SNP标记的开发及验证
1 引言
2 材料与方法
2.1 作图群体的构建
2.2 基因组DNA提取
2.3 DNA浓度与纯度的检测
2.4 RAD测序文库的构建及测序
2.5 RAD测序数据的预处理和SNP分型
2.6 Sanger测序验证分型准确性
3 结果
3.1 作图群体的选择与基因组DNA的提取
3.2 RAD测序及初始数据的过滤
3.3 SNP识别及基因型分型
3.4 Sanger测序验证分型准确性
4 讨论
4.1 利用RAD测序技术开发SNP标记
4.2 Sanger测序验证分型准确性
4.3 利用高通量测序技术进行标记开发的策略
5 小结
第3章 南方鲇高密度遗传图谱的构建及利用JOINMAP 4.0 对遗传图谱的验证
第1节 南方鲇高密度遗传图谱的构建
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验方法
3 结果
3.1 高密度遗传图谱的构建
3.2 基因组长度估计和图谱覆盖度估计
4 讨论
5 小结
第2节 利用JOINMAP 4.0 对遗传图谱的验证
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验方法
3 结果
3.1 经标记筛选后得到的遗传图谱
3.2 用JoinMap作图得到的遗传图谱
4 讨论
4.1 经标记筛选后的遗传图谱与之前所构遗传图谱的比较
4.2 两种作图软件所构遗传图谱的比较
5 小结
结论与展望
1 研究结论
2 展望
参考文献
缩略表
致谢
在校期间科研实践情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]南方鲇幼鱼运动代谢的个体变异和重复性及其饥饿响应[J]. 曾令清,彭韩柳依,王健伟,庞旭,曹振东,付世建. 水产学报. 2015(01)
[2]镜鲤体长性状的QTL定位分析[J]. 张天奇,张晓峰,谭照君,曹柱,王宣朋,李文升,储志远,孙效文. 遗传. 2011(11)
[3]大口鲇微卫星标记在三个鲇形目鱼类种群间适用性研究[J]. 吴旭东,连总强,侯玉霞,李力,肖伟. 水生生物学报. 2011(04)
[4]黄颡鱼遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位[J]. 葛学亮,尹洪滨,毕冰,孙中武. 水产学报. 2010(02)
[5]南方鲇和鲇线粒体DNA 16SrRNA基因片段的RFLP对比分析[J]. 王庆容,王乾兴,李学英,王大忠. 遵义师范学院学报. 2008(01)
[6]水产养殖动物遗传连锁图谱及QTL定位研究进展[J]. 常玉梅,孙效文. 动物学研究. 2006(05)
[7]饲料碳水化合物水平对南方鲇生长的影响[J]. 付世建,谢小军. 水生生物学报. 2005(04)
[8]分子标记的种类及其发展[J]. 黎裕,贾继增,王天宇. 生物技术通报. 1999(04)
[9]南方鲇继饥饿后的恢复生长[J]. 邓利,张波,谢小军. 水生生物学报. 1999(02)
[10]南方鲇的繁殖生物学研究：性腺发育及周年变化[J]. 张耀光,谢小军. 水生生物学报. 1996(01)
博士论文
[1]栉孔扇贝（Chlamys farreri）高密度图谱构建和基因组框架图绘制[D]. 付晓腾.中国海洋大学 2014
硕士论文
[1]黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）SRAP遗传图谱的构建[D]. 辛文婷.东北林业大学 2009
本文编号：2907272
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/2907272.html
