东北林蛙皮肤细菌群落分析及药浴影响研究
发布时间：2020-12-11 09:27
东北林蛙是东北地区两栖动物的优势物种之一,也是名贵的经济蛙种。东北林蛙易患病,对养殖业来说,林蛙疾病的预防和治疗是养殖能否成功获利的关键因素。东北林蛙的皮肤上寄居着大量细菌,这些细菌与林蛙的健康息息相关,本实验采用高通量测序技术检测了野生和养殖东北林蛙皮肤的菌群结构,旨在全面了解东北林蛙皮肤细菌的种类和丰度及不同环境中东北林蛙皮肤菌群结构和潜在致病菌属的差异;由于东北林蛙患病后注射和饲喂的给药方式较难实现,所以考虑林蛙皮肤的特殊结构和功能,用药浴方式使药物透皮吸收。本实验通过对东北林蛙进行药浴,探索药物药浴后东北林蛙皮肤的菌群结构和潜在致病菌属的变化,进而了解药浴对菌群结构及潜在致病菌属的影响。实验进行了野生与养殖东北林蛙皮肤菌群结构检测及对比分析(野生组n=7,养殖组n=7);抗生素(庆大霉素)、益生菌(枯草芽孢杆菌)和中药(大黄粉水煎液)药浴对养殖东北林蛙皮肤菌群结构的影响分析(对照组n=7,抗生素组n=14,益生菌组n=7,中药组n=7)。分别取野生和养殖东北林蛙的皮肤样本和不同药物药浴后的皮肤样本,测序分析后得到样本菌群的物种组成和丰度信息。通过Alpha多样性分析、Beta多...
【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
实验动物分组Fig.2-1Experimentalanimalsgrouping药浴液配制：将40mg庆大霉素溶于2L蒸馏水中，庆大霉素浓度20mg/L；将0.4g枯
3 实验结果3.1 野生组与养殖组细菌群落分析3.1.1 数据信息与 Alpha 多样性分析两个实验组共 14 个样本（野生组 n=7，养殖组 n=7），通过序列过滤及双端拼接，获得有效序列 524852 条，序列平均长度 446 bp，总碱基数 233963272。经过序列相似性大于 97%水平上的 OTU 聚类，共得到的 OTU 的数目为 1023 个，分属 700 个种，471 个属，218 个科，113 个目，52 个纲，26 个门。野生组序列丰度大于 1%的 OTUs 包括 8 个，养殖组序列丰度大于 1%的 OTUs 包括 13 个。稀释曲线均趋于平坦，见图 3-1，表明取样数量合理，足够体现样本中绝大多数菌群物种的信息。Alpha 多样性分析的 Sobs 指数是丰富度的实际观测值，结果显示在养殖组中的 OTU 数量更多；Coverage 指数均在 99%以上，表明测序结果可信，见表 3-1。Chao 指数和 Ace 指数用来估计物种总数，反映了菌群丰度，结果显示养殖组的 Chao 指数和 Ace 指数均高于野生组，差异极显著。养殖组的群落多样性显著高于野生组。养殖东北林蛙和野生东北林蛙的皮肤菌群多样性差异显著，见表 3-2，养殖组中 OTU 丰度和多样性显著高于野生组。
门水平细菌相对丰度Fig.3-2Bacteriarelativeabundanceonphylumlevel
【参考文献】：
期刊论文
[1]《伤寒杂病论》中大黄的应用[J]. 朋汤义,杨勤军. 河南中医. 2018(03)
[2]加气灌溉改善干旱区葡萄根际土壤化学特性及细菌群落结构[J]. 赵丰云,杨湘,董明明,蒋宇,于坤,郁松林. 农业工程学报. 2017(22)
[3]节杆菌属细菌处理有机物和重金属污染物的研究进展[J]. 李娟,Constantine Uwaremwe,冷艳,张晓华,李师翁,陈熙明. 环境科学与技术. 2017(10)
[4]鱼类及两栖动物抗菌肽的研究进展[J]. 薛林贵,马萍,尚海,何小燕,陈熙明,刘光绣,陈拓,张威. 生物技术通报. 2017(12)
[5]饲料中补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物组成的影响[J]. 唐杨,刘文亮,宋晓玲,张晓静,张盛静,黄倢. 水产学报. 2017(05)
[6]聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳在环境微生物中的应用[J]. 许伟,戴明忠,杨凯,陈勇,杨勇. 环境研究与监测. 2017(01)
[7]6株猪源芽孢杆菌的分离鉴定及其益生性研究[J]. 钟罗华,邓舜洲,张文波,高洋根,薛瑞,罗锋,汪建中. 中国畜牧兽医. 2017(02)
[8]高通量测序技术下连作植烟土壤细菌群落与土壤环境因子的耦合分析[J]. 王佩雯,朱金峰,陈征,许自成,武劲草,常安然. 农业生物技术学报. 2016(11)
[9]中国两栖动物受威胁现状评估[J]. 江建平,谢锋,臧春鑫,蔡蕾,李成,王斌,李家堂,王杰,胡军华,王燕,刘炯宇. 生物多样性. 2016(05)
[10]中国脊椎动物红色名录[J]. 蒋志刚,江建平,王跃招,张鹗,张雁云,李立立,谢锋,蔡波,曹亮,郑光美,董路,张正旺,丁平,罗振华,丁长青,马志军,汤宋华,曹文宣,李春旺,胡慧建,马勇,吴毅,王应祥,周开亚,刘少英,陈跃英,李家堂,冯祚建,王燕,王斌,李成,宋雪琳,蔡蕾,臧春鑫,曾岩,孟智斌,方红霞,平晓鸽. 生物多样性. 2016(05)
博士论文
[1]枯草芽孢杆菌SC02和施氏假单胞菌F1M对草鱼养殖水体水质的影响及机理研究[D]. 张小平.浙江大学 2014
[2]东北林蛙（Rana dybowskii）遗传多样性及异地引种对种群遗传结构的影响[D]. 张明.东北林业大学 2010
[3]新疆与西藏地区细菌多样性分析及四个潜在新种的多相分类学研究[D]. 唐雅丽.武汉大学 2009
硕士论文
[1]两种蛙吸虫和绦虫的感染调查及种类鉴定[D]. 门启斐.上海师范大学 2016
[2]嗜水气单胞菌胁迫下东北林蛙TLR4信号通路相关分子的表达研究[D]. 史雪灿.东北林业大学 2015
本文编号：2910292
【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
实验动物分组Fig.2-1Experimentalanimalsgrouping药浴液配制：将40mg庆大霉素溶于2L蒸馏水中，庆大霉素浓度20mg/L；将0.4g枯
3 实验结果3.1 野生组与养殖组细菌群落分析3.1.1 数据信息与 Alpha 多样性分析两个实验组共 14 个样本（野生组 n=7，养殖组 n=7），通过序列过滤及双端拼接，获得有效序列 524852 条，序列平均长度 446 bp，总碱基数 233963272。经过序列相似性大于 97%水平上的 OTU 聚类，共得到的 OTU 的数目为 1023 个，分属 700 个种，471 个属，218 个科，113 个目，52 个纲，26 个门。野生组序列丰度大于 1%的 OTUs 包括 8 个，养殖组序列丰度大于 1%的 OTUs 包括 13 个。稀释曲线均趋于平坦，见图 3-1，表明取样数量合理，足够体现样本中绝大多数菌群物种的信息。Alpha 多样性分析的 Sobs 指数是丰富度的实际观测值，结果显示在养殖组中的 OTU 数量更多；Coverage 指数均在 99%以上，表明测序结果可信，见表 3-1。Chao 指数和 Ace 指数用来估计物种总数，反映了菌群丰度，结果显示养殖组的 Chao 指数和 Ace 指数均高于野生组，差异极显著。养殖组的群落多样性显著高于野生组。养殖东北林蛙和野生东北林蛙的皮肤菌群多样性差异显著，见表 3-2，养殖组中 OTU 丰度和多样性显著高于野生组。
门水平细菌相对丰度Fig.3-2Bacteriarelativeabundanceonphylumlevel
【参考文献】：
期刊论文
[1]《伤寒杂病论》中大黄的应用[J]. 朋汤义,杨勤军. 河南中医. 2018(03)
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[4]鱼类及两栖动物抗菌肽的研究进展[J]. 薛林贵,马萍,尚海,何小燕,陈熙明,刘光绣,陈拓,张威. 生物技术通报. 2017(12)
[5]饲料中补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物组成的影响[J]. 唐杨,刘文亮,宋晓玲,张晓静,张盛静,黄倢. 水产学报. 2017(05)
[6]聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳在环境微生物中的应用[J]. 许伟,戴明忠,杨凯,陈勇,杨勇. 环境研究与监测. 2017(01)
[7]6株猪源芽孢杆菌的分离鉴定及其益生性研究[J]. 钟罗华,邓舜洲,张文波,高洋根,薛瑞,罗锋,汪建中. 中国畜牧兽医. 2017(02)
[8]高通量测序技术下连作植烟土壤细菌群落与土壤环境因子的耦合分析[J]. 王佩雯,朱金峰,陈征,许自成,武劲草,常安然. 农业生物技术学报. 2016(11)
[9]中国两栖动物受威胁现状评估[J]. 江建平,谢锋,臧春鑫,蔡蕾,李成,王斌,李家堂,王杰,胡军华,王燕,刘炯宇. 生物多样性. 2016(05)
[10]中国脊椎动物红色名录[J]. 蒋志刚,江建平,王跃招,张鹗,张雁云,李立立,谢锋,蔡波,曹亮,郑光美,董路,张正旺,丁平,罗振华,丁长青,马志军,汤宋华,曹文宣,李春旺,胡慧建,马勇,吴毅,王应祥,周开亚,刘少英,陈跃英,李家堂,冯祚建,王燕,王斌,李成,宋雪琳,蔡蕾,臧春鑫,曾岩,孟智斌,方红霞,平晓鸽. 生物多样性. 2016(05)
博士论文
[1]枯草芽孢杆菌SC02和施氏假单胞菌F1M对草鱼养殖水体水质的影响及机理研究[D]. 张小平.浙江大学 2014
[2]东北林蛙（Rana dybowskii）遗传多样性及异地引种对种群遗传结构的影响[D]. 张明.东北林业大学 2010
[3]新疆与西藏地区细菌多样性分析及四个潜在新种的多相分类学研究[D]. 唐雅丽.武汉大学 2009
硕士论文
[1]两种蛙吸虫和绦虫的感染调查及种类鉴定[D]. 门启斐.上海师范大学 2016
[2]嗜水气单胞菌胁迫下东北林蛙TLR4信号通路相关分子的表达研究[D]. 史雪灿.东北林业大学 2015
本文编号：2910292
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