大黄鱼SNP捕获测序试剂盒的研制及在构建遗传图谱中的应用
发布时间：2020-12-13 01:55
以大黄鱼雌鱼基因组为参考,利用重测序技术深度挖掘候选SNP位点,以此为基础研制大黄鱼SNP捕获测序试剂盒,应用到2个家系中进行基于捕获测序的高密度遗传连锁图谱的构建,具体结果如下:1、利用100尾大黄鱼优质成鱼基因组重测序数据挖掘出的高通量分子标记信息为基础,设计一款大黄鱼个性化捕获测序试剂盒。捕获目标片段5万个:含2.5万个位于基因编码区的片段、近2.5万个非编码区片段及重测序获得的全部miRNA序列。选取2011年秋季构建的大黄鱼家系中的LG和RY家系作为实验群体,应用个性化捕获测序技术对两个家系共108个个体进行高通量测序,获得测序总量88.67Gb,其中最小测序量325.68Mb,最大测序量2076.51Mb。通过GATK软件进行SNP检测,共得到52542个变异位点,包含SNP标记50132个,indel标记2410个,分布于大黄鱼雌鱼基因组的702个scaffold上。其中,LG家系共检出34873个分子标记,RY家系共检出标记位点39582个,两家系间相同标记数21913个。2、各家系利用捕获测序分别构建的遗传图谱结果:LG家系大黄鱼雄性遗传连锁图谱含有1509个标记,图...
【文章来源】：集美大学福建省
【文章页数】：89 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
异源双链分析原理
assemblyNumber(length≥N50)N50(kb)Longest(kb)Size(Mb)Contigs 923,389 9.67 299.66 926.9Scaffolds 867 190.7 2796.1 940.2表 2-2 大黄鱼基因初步预测的结果Tab.2-2 Total predicted gene data of large yellow croaker类别 数量潜在候选基因 31028与斑马鱼和青鳉同源 25332仅与斑马鱼同源 1246仅与青鳉同源 894特有基因 3556
大黄鱼标记探针设计方式
【参考文献】：
期刊论文
[1]我国分子育种迎来高通量时代——记中玉金标记分子标记实验室[J]. 丝羽. 种子科技. 2015(03)
[2]大黄鱼形态指标体系及雌雄差异分析[J]. 谌微,王盼盼,肖世俊,刘洋,叶坤,陈庆凯,王志勇. 集美大学学报(自然科学版). 2014(06)
[3]大黄鱼微卫星多重PCR体系的建立及其应用[J]. 李佳凯,王志勇,韦信键,蔡明夷,刘洋,刘贤德. 水产学报. 2014(04)
[4]32个大黄鱼家系早期阶段生长性状比较及遗传参数估计[J]. 韦信键,刘贤德,王志勇. 集美大学学报(自然科学版). 2013(05)
[5]栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析[J]. 李纪勤,包振民,李玲,胡晓丽. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2013(01)
[6]SNP及其在鱼类养殖中的应用[J]. 邹刚刚,陈永久,吴常文. 浙江海洋学院学报(自然科学版). 2012(05)
[7]海洋生物单核苷酸多态性基因分型技术的研究进展[J]. 李宏俊,高小玉,裴爱君. 生物技术通报. 2012(08)
[8]电子标记辅助虹鳟家系建立及快速生长家系筛选[J]. 户国,谷伟,王鹏,白庆利,王炳谦. 中国水产科学. 2012(01)
[9]吉富罗非鱼不同家系的生长性状差异[J]. 唐章生,林勇,黎筠,杨慧赞,陈忠,甘西. 广西师范大学学报(自然科学版). 2011(03)
[10]鲤遗传连锁图谱的构建[J]. 王宣朋,孙效文,李文升,张天奇,李超. 上海海洋大学学报. 2011(05)
博士论文
[1]贝类全基因组选择技术建立及其在扇贝育种中的应用[D]. 苏海林.中国海洋大学 2013
[2]长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用[D]. 王家丰.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2013
[3]中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D]. 张建勇.中国海洋大学 2011
[4]基于微卫星和SNP标记的皱纹盘鲍遗传连锁图谱及其应用[D]. 张振.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010
[5]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[6]刺参遗传连锁图谱构建及卵母细胞成熟过程研究[D]. 庞震国.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[7]三种重要海水养殖鱼类性别特异标记和微卫星标记开发及遗传连锁图谱构建[D]. 马洪雨.中国海洋大学 2009
[8]刺参（Apostichopus japonicus）的遗传学研究[D]. 陈丽梅.中国海洋大学 2008
[9]鲢、鳙鱼遗传连锁图谱构建和鳙鱼蛋白感染因子基因的克隆[D]. 廖梅杰.中国海洋大学 2007
[10]栉孔扇贝遗传图谱的构建及重复元件的进化分析[D]. 王师.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]三角帆蚌遗传连锁图谱构建及育珠相关性状QTL定位分析[D]. 韩学凯.上海海洋大学 2014
[2]栉孔扇贝（Chlamys farreri）cSNP标记的开发及其种间通用性研究[D]. 王晓涧.中国海洋大学 2012
[3]借助远缘杂交构建大黄鱼微卫星标记连锁图谱[D]. 武祥伟.集美大学 2011
[4]仿刺参（Apostichopus japonicus）AFLP遗传连锁图谱的构建[D]. 卢超.中国海洋大学 2010
[5]长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测[D]. 王绍宗.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
本文编号：2913672
【文章来源】：集美大学福建省
【文章页数】：89 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
异源双链分析原理
assemblyNumber(length≥N50)N50(kb)Longest(kb)Size(Mb)Contigs 923,389 9.67 299.66 926.9Scaffolds 867 190.7 2796.1 940.2表 2-2 大黄鱼基因初步预测的结果Tab.2-2 Total predicted gene data of large yellow croaker类别 数量潜在候选基因 31028与斑马鱼和青鳉同源 25332仅与斑马鱼同源 1246仅与青鳉同源 894特有基因 3556
大黄鱼标记探针设计方式
【参考文献】：
期刊论文
[1]我国分子育种迎来高通量时代——记中玉金标记分子标记实验室[J]. 丝羽. 种子科技. 2015(03)
[2]大黄鱼形态指标体系及雌雄差异分析[J]. 谌微,王盼盼,肖世俊,刘洋,叶坤,陈庆凯,王志勇. 集美大学学报(自然科学版). 2014(06)
[3]大黄鱼微卫星多重PCR体系的建立及其应用[J]. 李佳凯,王志勇,韦信键,蔡明夷,刘洋,刘贤德. 水产学报. 2014(04)
[4]32个大黄鱼家系早期阶段生长性状比较及遗传参数估计[J]. 韦信键,刘贤德,王志勇. 集美大学学报(自然科学版). 2013(05)
[5]栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析[J]. 李纪勤,包振民,李玲,胡晓丽. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2013(01)
[6]SNP及其在鱼类养殖中的应用[J]. 邹刚刚,陈永久,吴常文. 浙江海洋学院学报(自然科学版). 2012(05)
[7]海洋生物单核苷酸多态性基因分型技术的研究进展[J]. 李宏俊,高小玉,裴爱君. 生物技术通报. 2012(08)
[8]电子标记辅助虹鳟家系建立及快速生长家系筛选[J]. 户国,谷伟,王鹏,白庆利,王炳谦. 中国水产科学. 2012(01)
[9]吉富罗非鱼不同家系的生长性状差异[J]. 唐章生,林勇,黎筠,杨慧赞,陈忠,甘西. 广西师范大学学报(自然科学版). 2011(03)
[10]鲤遗传连锁图谱的构建[J]. 王宣朋,孙效文,李文升,张天奇,李超. 上海海洋大学学报. 2011(05)
博士论文
[1]贝类全基因组选择技术建立及其在扇贝育种中的应用[D]. 苏海林.中国海洋大学 2013
[2]长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用[D]. 王家丰.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2013
[3]中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D]. 张建勇.中国海洋大学 2011
[4]基于微卫星和SNP标记的皱纹盘鲍遗传连锁图谱及其应用[D]. 张振.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010
[5]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[6]刺参遗传连锁图谱构建及卵母细胞成熟过程研究[D]. 庞震国.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[7]三种重要海水养殖鱼类性别特异标记和微卫星标记开发及遗传连锁图谱构建[D]. 马洪雨.中国海洋大学 2009
[8]刺参（Apostichopus japonicus）的遗传学研究[D]. 陈丽梅.中国海洋大学 2008
[9]鲢、鳙鱼遗传连锁图谱构建和鳙鱼蛋白感染因子基因的克隆[D]. 廖梅杰.中国海洋大学 2007
[10]栉孔扇贝遗传图谱的构建及重复元件的进化分析[D]. 王师.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]三角帆蚌遗传连锁图谱构建及育珠相关性状QTL定位分析[D]. 韩学凯.上海海洋大学 2014
[2]栉孔扇贝（Chlamys farreri）cSNP标记的开发及其种间通用性研究[D]. 王晓涧.中国海洋大学 2012
[3]借助远缘杂交构建大黄鱼微卫星标记连锁图谱[D]. 武祥伟.集美大学 2011
[4]仿刺参（Apostichopus japonicus）AFLP遗传连锁图谱的构建[D]. 卢超.中国海洋大学 2010
[5]长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测[D]. 王绍宗.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
本文编号：2913672
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