南方鲇微生物组的时空异质性研究
发布时间：2020-12-14 11:02
微生物是生态圈中不可或缺的生命组成部分,它对动物的环境适应和进化起着重要作用。微生物与动物共栖是经过长期互作、协同进化的结果,它们的关系是当前生命科学和生态科学共同关注的前沿问题。在过去10年间,随着高通量测序技术和生物信息分析学的发展与结合,很大程度上解决了长期以来肠道微生物难以分离、培养的技术性难题,如今我们可以逐渐揭示微生物群落多样性及其功能与动物的关系,探索微生物群落、宿主和环境因子的相互影响机制。从宿主微生物的角度出发,围绕与动物生长发育密切相关的宿主和环境因素开展研究,揭示动物微生物群落的发展、形成及演替过程,有望进一步了解宿主微生物组的动态发展、稳定性,以及解析动物健康稳态的维持和适应性进化的机制。水产养殖业是我国农业增长最快的一个产业,鱼类是重要的水产养殖对象。尽管我国鱼类养殖产业比较发达,但针对与鱼类健康密切相关的肠道微生物研究尚存诸多不足。绝大部分肠道微生物研究的方法相对传统,且没有针对与养殖密切相关的重要环节(诸如个体发育、饲料加工方式和渔药使用等)展开系统的研究。此外,极少数研究关注了除肠道以外的鱼类其它组织或器官的微生物群落。针对目前的研究不足与薄弱环节,本论...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：171 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
不同种群和进化背景下的人类肠道微生物组（A）不同种群的人类肠道微生物组；（B）灵长类动物谱系背景下的人类肠道微生物；
150种到400种之间，主要由厚壁菌门（Firmicutes），拟杆菌门（Bacteroidetes），放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）四种门类微生物组成，前两者是人类肠道中丰度最高的微生物门类（Lloyd-Price et al 2016）（图1-2）。尽管构成微生物的主要门类相同，但人类本身的肠道微生物组成差异很大。对来自不同国家和地区的人类肠道微生物进行调查，都发现这些相类似的结果。例如，Tyakht 等（2013）比较俄罗斯人和非俄罗斯人的肠道微生物，发现厚壁菌门和拟杆菌门在俄罗斯人肠道中的比例分别是64.68%和26.62%，而在非俄罗斯人中分别是40.39%和54.06%。这些微生物的丰度也不同于来自中国多个地区人群肠道微生物的调查结果，在中国人体肠道中，二者的平均丰度分别为73.47%和14.13%（Zhang et al 2015）；根据调查地点分组，中国人肠道的厚壁菌门和拟杆菌门的丰度变化也很大，它们的比率在0.5到300.6之间变化。较早之前的哺乳类研究分析了人类和其它59种动物的肠道微生物
微生物的塑造作用（Goodrich et al 2014）。在鼠类中，通过控制相同的养殖条件，研究不同的亚种也得到类似的结果（Buhnik-Rosenblau et al 2011）。图1-4 动物母本微生物向后代转移的示例（引自Funkhouser and Bordenstein 2013）Fig. 1-4 Examples of animals that exhibit microbial transmission (Cited from Funkhouser andBordenstein 2013)宿主种类作为一个重要的因子也影响鱼类肠道微生物。不同来源的模式动物斑马鱼肠道定植大量相同的 核心菌群 ，主要由变形菌门和梭杆菌门组成，揭示养殖与野生斑马鱼肠道菌群的相似性，强调宿主对特有微生物种属的选择而弱化地理来源地影响（Roeselers et al 2011）。有研究显示：鱼类受精卵内可能有母体垂直传播的细菌，如大马哈鱼（Oncorhyncus keta）受精卵内的鲑鱼肾杆菌（Renibaeterium
【参考文献】：
期刊论文
[1]牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析[J]. 刘增新,柳学周,史宝,徐永江,刘权. 渔业科学进展. 2017(01)
[2]海水养殖鱼类病原微生物研究进展[J]. 陶诗,何芳芳,刘雪珠,何建瑜,王健鑫. 水产科学. 2013(03)
[3]三种室内饲养鱼类肠道微生物群落PCR-DGGE指纹分析[J]. 李学梅,余育和,解绶启,颜庆云,陈宇航,董小林. 水生生物学报. 2011(03)
[4]浅谈鱼类消化道微生物的分布及调控[J]. 孙云章,杨红玲. 水产科学. 2008(05)
博士论文
[1]养殖大菱鲆肠道微生物多样性及功能分析[D]. 邢孟欣.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2013
硕士论文
[1]胆汁酸对草鱼生长、脂质代谢及肠道微生物区系的影响[D]. 陈昊杰.西北农林科技大学 2016
[2]基于PCR-DGGE技术的不同饲喂模式下草鱼肠道菌群多样性分析[D]. 谭情.湖南农业大学 2014
[3]草鱼肠道优势菌种的分离、鉴定及对纤维素降解的初步研究[D]. 吕欣荣.湖南农业大学 2008
本文编号：2916307
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：171 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
不同种群和进化背景下的人类肠道微生物组（A）不同种群的人类肠道微生物组；（B）灵长类动物谱系背景下的人类肠道微生物；
150种到400种之间，主要由厚壁菌门（Firmicutes），拟杆菌门（Bacteroidetes），放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）四种门类微生物组成，前两者是人类肠道中丰度最高的微生物门类（Lloyd-Price et al 2016）（图1-2）。尽管构成微生物的主要门类相同，但人类本身的肠道微生物组成差异很大。对来自不同国家和地区的人类肠道微生物进行调查，都发现这些相类似的结果。例如，Tyakht 等（2013）比较俄罗斯人和非俄罗斯人的肠道微生物，发现厚壁菌门和拟杆菌门在俄罗斯人肠道中的比例分别是64.68%和26.62%，而在非俄罗斯人中分别是40.39%和54.06%。这些微生物的丰度也不同于来自中国多个地区人群肠道微生物的调查结果，在中国人体肠道中，二者的平均丰度分别为73.47%和14.13%（Zhang et al 2015）；根据调查地点分组，中国人肠道的厚壁菌门和拟杆菌门的丰度变化也很大，它们的比率在0.5到300.6之间变化。较早之前的哺乳类研究分析了人类和其它59种动物的肠道微生物
微生物的塑造作用（Goodrich et al 2014）。在鼠类中，通过控制相同的养殖条件，研究不同的亚种也得到类似的结果（Buhnik-Rosenblau et al 2011）。图1-4 动物母本微生物向后代转移的示例（引自Funkhouser and Bordenstein 2013）Fig. 1-4 Examples of animals that exhibit microbial transmission (Cited from Funkhouser andBordenstein 2013)宿主种类作为一个重要的因子也影响鱼类肠道微生物。不同来源的模式动物斑马鱼肠道定植大量相同的 核心菌群 ，主要由变形菌门和梭杆菌门组成，揭示养殖与野生斑马鱼肠道菌群的相似性，强调宿主对特有微生物种属的选择而弱化地理来源地影响（Roeselers et al 2011）。有研究显示：鱼类受精卵内可能有母体垂直传播的细菌，如大马哈鱼（Oncorhyncus keta）受精卵内的鲑鱼肾杆菌（Renibaeterium
【参考文献】：
期刊论文
[1]牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析[J]. 刘增新,柳学周,史宝,徐永江,刘权. 渔业科学进展. 2017(01)
[2]海水养殖鱼类病原微生物研究进展[J]. 陶诗,何芳芳,刘雪珠,何建瑜,王健鑫. 水产科学. 2013(03)
[3]三种室内饲养鱼类肠道微生物群落PCR-DGGE指纹分析[J]. 李学梅,余育和,解绶启,颜庆云,陈宇航,董小林. 水生生物学报. 2011(03)
[4]浅谈鱼类消化道微生物的分布及调控[J]. 孙云章,杨红玲. 水产科学. 2008(05)
博士论文
[1]养殖大菱鲆肠道微生物多样性及功能分析[D]. 邢孟欣.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2013
硕士论文
[1]胆汁酸对草鱼生长、脂质代谢及肠道微生物区系的影响[D]. 陈昊杰.西北农林科技大学 2016
[2]基于PCR-DGGE技术的不同饲喂模式下草鱼肠道菌群多样性分析[D]. 谭情.湖南农业大学 2014
[3]草鱼肠道优势菌种的分离、鉴定及对纤维素降解的初步研究[D]. 吕欣荣.湖南农业大学 2008
本文编号：2916307
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/2916307.html
