脊尾白虾近交系遗传多样性的微卫星分析
发布时间：2021-01-08 13:38
脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）属甲壳纲、十足目、长臂虾科、白虾属,是一种中小型底栖虾类。本研究利用脊尾白虾转录组测序数据,对脊尾白虾微卫星序列的特征进行分析;筛选获得具有遗传多态性的微卫星标记;利用具有多态性的微卫星标记对3个脊尾白虾近交系群体进行遗传多样性分析,其主要研究成果如下:1.基于转录组数据的脊尾白虾微卫星序列的简单分析本实验室对脊尾白虾眼柄和血液转录组进行了测序,选取其中微卫星序列进行拼接与筛选[1],从166,433条序列中共找到11633条微卫星序列,其中,二核苷酸的核心重复最多,约占总数的53.75%;根据微卫星核心重复序列的完美性程度进行分类,发现完美型微卫星是脊尾白虾微卫星序列中的优势类型;二核苷酸重复是比较活跃的重复类型。微卫星核心重复序列的长短与其重复次数呈负相关。2.脊尾白虾微卫星标记的分离及评价本研究通过转录组数据开发脊尾白虾的微卫星标记,参照微卫星侧翼序列设计引物,筛选出多态性微卫星引物。本实验中,自行设计了241对微卫星引物,具有多态性的有33对。33个位点,平均等位基因数为6.70（311）,平均观测...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
引言
第一章 文献综述
1.1 脊尾白虾的生物学特征
1.1.1 生物学形态
1.1.2 生活环境
1.1.3 生长与繁殖
1.1.4 研究概况
1.2 微卫星标记
1.2.1 微卫星原理
1.2.2 微卫星标记特点
1.2.3 微卫星标记分离方法
1.2.4 微卫星标记在水生生物上的应用
1.3 近交系动物
1.3.1 近交系动物的定义及特点
1.3.2 近交系的研究进展
1.4 选题依据及研的究目的意义
第二章 脊尾白虾转录组测序结果分析
2.1 材料与方法
2.1.1 转录组信息的获取
2.1.2 微卫星序列获得
2.1.3 转录组微卫星序列的简单分析
2.2 结果与分析
2.2.1 脊尾白虾转录组中微卫星完美型程度的分析
2.2.2 脊尾白虾转录组微卫星序列重复类型的分析
2.2.3 脊尾白虾转录组中微卫星重复单元碱基组成、重复次数及变异分析
2.3 讨论
第三章 脊尾白虾微卫星标记的分离与检测
3.1 材料与方法
3.1.1 试验材料
3.1.2 主要仪器设备
3.1.3 药品与试剂
3.1.4 主要溶液的配制
3.1.5 试验方法
3.2 结果与分析
3.2.1 微卫星引物的设计
3.2.2 脊尾白虾基因组DNA的提取结果
3.2.3 引物PCR初步筛选
3.2.4 微卫星多态性引物分析
3.3 讨论
3.3.1 快速银染法
3.3.2 人工读带的局限性
3.3.3 微卫星序列的筛选
3.3.4 微卫星标记的多态性特征
第四章 脊尾白虾近交系3个家系的遗传多样性评估
4.1 材料与方法
4.1.1 试验材料
4.1.2 实验仪器和试剂
4.1.3 微卫星引物
4.1.4 基因组DNA的提取
4.1.5 脊尾白虾近交系检测方法
4.1.6 数据统计与分析
4.2 结果与分析
4.2.1 总群体的遗传变异
4.2.2 家系间的遗传变异
4.2.3 世代间的遗传变异
4.2.4 近交程度
4.2.5 遗传距离与系统聚类
4.3 讨论
4.3.1 脊尾白虾近交群体的遗传变异
4.3.2 近交系的标志位点
4.3.3 近交系中特殊位点的发现
第五章 结论
参考文献
硕士期间所得成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]脊尾白虾抗细胞凋亡因子DAD1基因的克隆及其组织表达分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,高保全,陈萍. 中国水产科学. 2014(01)
[2]脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）组织蛋白酶D基因的克隆及其表达分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,陈萍,高保全,徐文斐,王有昆. 海洋与湖沼. 2013(03)
[3]脊尾白虾血细胞全长cDNA文库的构建及EST序列分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,陈萍. 中国水产科学. 2013(02)
[4]脊尾白虾组织蛋白酶L基因的克隆及其表达分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,高保全,陈萍. 动物学研究. 2013(01)
[5]脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 贾舒雯,刘萍,李健,李吉涛,高保全,陈萍,潘鲁青. 水产学报. 2012(12)
[6]脊尾白虾3个野生群体ITS1序列分析及其亲缘关系分析[J]. 马朋,刘萍,李健. 水产学报. 2012(08)
[7]脊尾白虾生物学特性与人工繁育的研究进展[J]. 梁俊平,李健,刘萍,李吉涛,陈萍. 中国农学通报. 2012(17)
[8]脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）3个野生群体mtDNA 16S rRNA序列差异及长臂虾科系统进化关系[J]. 马朋,刘萍,李健,李吉涛,高保全. 海洋与湖沼. 2012(01)
[9]脊尾白虾3个野生群体线粒体COI基因的遗传多样性及其系统发育分析[J]. 马朋,刘萍,李健,李吉涛,陈萍. 渔业科学进展. 2011(06)
[10]454测序技术在微生物生态学研究中的应用[J]. 段曌,肖炜,王永霞,赖泳红,崔晓龙. 微生物学杂志. 2011(05)
博士论文
[1]脊尾白虾全人工繁育及繁殖相关基因的研究[D]. 梁俊平.中国海洋大学 2013
[2]白斑综合征病毒（WSSV）三种重要囊膜蛋白的重组表达及在病害防控中的作用[D]. 孙玉苗.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2012
[3]稀有鮈鲫近交系的遗传质量检测[D]. 邵燕.中国科学院研究生院（水生生物研究所） 2007
[4]DNA指纹技术在中国三种实验用小型猪分子遗传检测中的应用[D]. 陈丙波.中国农业大学 2005
硕士论文
[1]基于基因组信息的大黄鱼（Pseudosciaena crocea）微卫星标记开发及应用[D]. 李红梅.浙江海洋学院 2014
[2]基于转录组测序的四种鳜属鱼类微卫星标记开发[D]. 瞿春梅.华中农业大学 2013
[3]草鱼亲子亲子关系的微卫星鉴定[D]. 任昆.上海海洋大学 2013
[4]脊尾白虾微卫星引物筛选及群体遗传多样性分析[D]. 贾舒雯.中国海洋大学 2012
[5]夏南牛和皮南牛微卫星标记研究及生长发育模型的建立[D]. 刘博.河南农业大学 2011
[6]脊尾白虾微卫星分离及其遗传多样性分析[D]. 朱晓宇.浙江大学 2010
[7]近交系红鲫C1HD的RAPD和微卫星标记的分析[D]. 田智.南华大学 2007
[8]三角帆蚌微卫星的分离及其遗传多样性分析[D]. 刘瑾.浙江大学 2007
[9]应用21个微卫星座位对广西巴马小型猪五个近交系群体的遗传学分析[D]. 叶香尘.广西大学 2006
[10]中国对虾微卫星标记的筛选[D]. 徐鹏.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2002
本文编号：2964692
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
引言
第一章 文献综述
1.1 脊尾白虾的生物学特征
1.1.1 生物学形态
1.1.2 生活环境
1.1.3 生长与繁殖
1.1.4 研究概况
1.2 微卫星标记
1.2.1 微卫星原理
1.2.2 微卫星标记特点
1.2.3 微卫星标记分离方法
1.2.4 微卫星标记在水生生物上的应用
1.3 近交系动物
1.3.1 近交系动物的定义及特点
1.3.2 近交系的研究进展
1.4 选题依据及研的究目的意义
第二章 脊尾白虾转录组测序结果分析
2.1 材料与方法
2.1.1 转录组信息的获取
2.1.2 微卫星序列获得
2.1.3 转录组微卫星序列的简单分析
2.2 结果与分析
2.2.1 脊尾白虾转录组中微卫星完美型程度的分析
2.2.2 脊尾白虾转录组微卫星序列重复类型的分析
2.2.3 脊尾白虾转录组中微卫星重复单元碱基组成、重复次数及变异分析
2.3 讨论
第三章 脊尾白虾微卫星标记的分离与检测
3.1 材料与方法
3.1.1 试验材料
3.1.2 主要仪器设备
3.1.3 药品与试剂
3.1.4 主要溶液的配制
3.1.5 试验方法
3.2 结果与分析
3.2.1 微卫星引物的设计
3.2.2 脊尾白虾基因组DNA的提取结果
3.2.3 引物PCR初步筛选
3.2.4 微卫星多态性引物分析
3.3 讨论
3.3.1 快速银染法
3.3.2 人工读带的局限性
3.3.3 微卫星序列的筛选
3.3.4 微卫星标记的多态性特征
第四章 脊尾白虾近交系3个家系的遗传多样性评估
4.1 材料与方法
4.1.1 试验材料
4.1.2 实验仪器和试剂
4.1.3 微卫星引物
4.1.4 基因组DNA的提取
4.1.5 脊尾白虾近交系检测方法
4.1.6 数据统计与分析
4.2 结果与分析
4.2.1 总群体的遗传变异
4.2.2 家系间的遗传变异
4.2.3 世代间的遗传变异
4.2.4 近交程度
4.2.5 遗传距离与系统聚类
4.3 讨论
4.3.1 脊尾白虾近交群体的遗传变异
4.3.2 近交系的标志位点
4.3.3 近交系中特殊位点的发现
第五章 结论
参考文献
硕士期间所得成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]脊尾白虾抗细胞凋亡因子DAD1基因的克隆及其组织表达分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,高保全,陈萍. 中国水产科学. 2014(01)
[2]脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）组织蛋白酶D基因的克隆及其表达分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,陈萍,高保全,徐文斐,王有昆. 海洋与湖沼. 2013(03)
[3]脊尾白虾血细胞全长cDNA文库的构建及EST序列分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,陈萍. 中国水产科学. 2013(02)
[4]脊尾白虾组织蛋白酶L基因的克隆及其表达分析[J]. 段亚飞,刘萍,李吉涛,李健,高保全,陈萍. 动物学研究. 2013(01)
[5]脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 贾舒雯,刘萍,李健,李吉涛,高保全,陈萍,潘鲁青. 水产学报. 2012(12)
[6]脊尾白虾3个野生群体ITS1序列分析及其亲缘关系分析[J]. 马朋,刘萍,李健. 水产学报. 2012(08)
[7]脊尾白虾生物学特性与人工繁育的研究进展[J]. 梁俊平,李健,刘萍,李吉涛,陈萍. 中国农学通报. 2012(17)
[8]脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）3个野生群体mtDNA 16S rRNA序列差异及长臂虾科系统进化关系[J]. 马朋,刘萍,李健,李吉涛,高保全. 海洋与湖沼. 2012(01)
[9]脊尾白虾3个野生群体线粒体COI基因的遗传多样性及其系统发育分析[J]. 马朋,刘萍,李健,李吉涛,陈萍. 渔业科学进展. 2011(06)
[10]454测序技术在微生物生态学研究中的应用[J]. 段曌,肖炜,王永霞,赖泳红,崔晓龙. 微生物学杂志. 2011(05)
博士论文
[1]脊尾白虾全人工繁育及繁殖相关基因的研究[D]. 梁俊平.中国海洋大学 2013
[2]白斑综合征病毒（WSSV）三种重要囊膜蛋白的重组表达及在病害防控中的作用[D]. 孙玉苗.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2012
[3]稀有鮈鲫近交系的遗传质量检测[D]. 邵燕.中国科学院研究生院（水生生物研究所） 2007
[4]DNA指纹技术在中国三种实验用小型猪分子遗传检测中的应用[D]. 陈丙波.中国农业大学 2005
硕士论文
[1]基于基因组信息的大黄鱼（Pseudosciaena crocea）微卫星标记开发及应用[D]. 李红梅.浙江海洋学院 2014
[2]基于转录组测序的四种鳜属鱼类微卫星标记开发[D]. 瞿春梅.华中农业大学 2013
[3]草鱼亲子亲子关系的微卫星鉴定[D]. 任昆.上海海洋大学 2013
[4]脊尾白虾微卫星引物筛选及群体遗传多样性分析[D]. 贾舒雯.中国海洋大学 2012
[5]夏南牛和皮南牛微卫星标记研究及生长发育模型的建立[D]. 刘博.河南农业大学 2011
[6]脊尾白虾微卫星分离及其遗传多样性分析[D]. 朱晓宇.浙江大学 2010
[7]近交系红鲫C1HD的RAPD和微卫星标记的分析[D]. 田智.南华大学 2007
[8]三角帆蚌微卫星的分离及其遗传多样性分析[D]. 刘瑾.浙江大学 2007
[9]应用21个微卫星座位对广西巴马小型猪五个近交系群体的遗传学分析[D]. 叶香尘.广西大学 2006
[10]中国对虾微卫星标记的筛选[D]. 徐鹏.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2002
本文编号：2964692
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