大菱鲆微卫星标记的群体分析及遗传连锁图谱的构建
发布时间：2021-01-16 23:22
大菱鲆是当前我国水产养殖中主要的经济品种之一,为社会产生了巨大的经济效益。实验对大菱鲆的遗传育种进行了研究。为开发大菱鲆的EST-SSR标记,通过建立c DNA文库和测序重组,对大菱鲆转录组进行了微卫星序列分析和初步的筛选。测序后得到了71107条Unigene,从中筛选到39430处含SSR序列,其中含有单碱基重复序列18013条,二碱基重复序列8388条,三碱基重复序列8241条,四碱基重复序列1518条,五碱基重复序列1848条,六碱基重复序列1197条,七碱基重复序列225条。有4251处SSR序列是可以设计引物,随即选取了210处设计引物,有150对经PCR检测有目的条带,19对有多态性,为以后开发大菱鲆EST-SSR标记提供了有价值的信息。对70个微卫星位点和19个EST-SSR标记在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与群体分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式（♀×♂）。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律（P≥0.05）,有25个位点偏离了孟德尔遗传定律（P<0.05）。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
各种作图群体间的关系
上海海洋大学硕士学位论文.结果1 EST-SSR 的筛选结果从构建的 cDNA 文库中得到了 71107 个 unigene，平均选后共得到 25698 个含有 SSR 的 EST 序列，占整个数据430 处含有 SSR 序列，其中含有单碱基重复序列 18013 条88 条，三碱基重复序列 8241 条，四碱基重复序列 1518 条48 条，六碱基重复序列 1197 条，七碱基重复序列 225 条。.68%、21.27%、20.9%、3.85%、4.7%、3.03%、0.57%。如，共发现有 4251 处可以进行引物设计。四碱基, 3.85%五碱基, 4.70%六碱基, 3.03%七碱基, 0.57%
图 2-2.多态性筛选结果Fig.2-2.Polymorphism screening results表 2-1 本实验筛选所得的微卫星引物的核心序列、引物序列、退火温度和片段长度Tab.2-1 Repeat motif sequence， primer sequences， annealing temperature and fragment lengthof the microsatellite primers used in this experiment位点名称 Nameof locus核心序列repeat motifsequence片段长度(bp)fragmentlength退火温度（℃）annealingtemperature引物序列primer sequencescomp15993_c0_seq1(GACCTG)3 129 58F:ACTGGAGACGGTCCGATACCTGR:ACTCATGGTGCTGGTCCAGGTCcomp18360_c0_seq1(CCTGGA)3 125 58F:ACTCTCCGCCGCTCAGTAAGGR:GTCTCCGTCGTCCAGGTCGTCcomp20204_c0_seq1(CTC)6 132 57F:GTGAGCTGGTGCTGAGTGTAGGR:TGAGGATGAGGCGGAGGAAGAGcomp20308_c0_F:ACATGCAGCAGGAGACC
【参考文献】：
期刊论文
[1]水产动物遗传图谱的构建和QTL定位研究进展[J]. 王俊,曹英伟,李良玉,魏文燕,陈霞,杨马,唐洪,张小丽. 水产科学. 2014(11)
[2]调味大菱鲆鱼片的工艺优化[J]. 滕瑜,李辉,苑德顺,王彩理. 中国调味品. 2014(11)
[3]西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的AFLP分析[J]. 陈维,洪万树,陈仕玺,王琼,张其永. 中国水产科学. 2014(05)
[4]大菱鲆幼鱼长途运输技术[J]. 于雷,宋效飞,孙玉明,李宝山,王伟. 齐鲁渔业. 2014 (09)
[5]白斑狗鱼F1代微卫星标记及其与生长性状的相关性[J]. 孟玮,海萨,杨天燕,高攀,杜劲松. 水产学杂志. 2014(04)
[6]分子标记技术的产生与引物设计[J]. 张羽. 江苏农业科学. 2014(06)
[7]山东省克氏原螯虾3个地理群体遗传差异的RAPD分析[J]. 张龙岗,杨玲,刘羽清,董学飒,朱永安,付佩胜. 长江大学学报(自科版). 2014(17)
[8]ISSR标记在牙鲆（♀）×圆斑星鲽（♂）杂交子代中的分离方式[J]. 张正睿,王兴莲,张全启. 海洋湖沼通报. 2014(02)
[9]南湖和响水河鲫群体的RAPD分析[J]. 杜民,牛宝珍,刘艳红,李云崧. 淡水渔业. 2014(03)
[10]大菱鲆四倍体的人工诱导研究[J]. 吴志昊,尤锋,宋宗诚,胡金伟,王丽娟,朱香萍,谭训刚,李军. 海洋与湖沼. 2014(03)
硕士论文
[1]孔雀鱼遗传连锁图谱的构建及性别特异标记的筛选[D]. 刘昕.中国海洋大学 2011
本文编号：2981732
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
各种作图群体间的关系
上海海洋大学硕士学位论文.结果1 EST-SSR 的筛选结果从构建的 cDNA 文库中得到了 71107 个 unigene，平均选后共得到 25698 个含有 SSR 的 EST 序列，占整个数据430 处含有 SSR 序列，其中含有单碱基重复序列 18013 条88 条，三碱基重复序列 8241 条，四碱基重复序列 1518 条48 条，六碱基重复序列 1197 条，七碱基重复序列 225 条。.68%、21.27%、20.9%、3.85%、4.7%、3.03%、0.57%。如，共发现有 4251 处可以进行引物设计。四碱基, 3.85%五碱基, 4.70%六碱基, 3.03%七碱基, 0.57%
图 2-2.多态性筛选结果Fig.2-2.Polymorphism screening results表 2-1 本实验筛选所得的微卫星引物的核心序列、引物序列、退火温度和片段长度Tab.2-1 Repeat motif sequence， primer sequences， annealing temperature and fragment lengthof the microsatellite primers used in this experiment位点名称 Nameof locus核心序列repeat motifsequence片段长度(bp)fragmentlength退火温度（℃）annealingtemperature引物序列primer sequencescomp15993_c0_seq1(GACCTG)3 129 58F:ACTGGAGACGGTCCGATACCTGR:ACTCATGGTGCTGGTCCAGGTCcomp18360_c0_seq1(CCTGGA)3 125 58F:ACTCTCCGCCGCTCAGTAAGGR:GTCTCCGTCGTCCAGGTCGTCcomp20204_c0_seq1(CTC)6 132 57F:GTGAGCTGGTGCTGAGTGTAGGR:TGAGGATGAGGCGGAGGAAGAGcomp20308_c0_F:ACATGCAGCAGGAGACC
【参考文献】：
期刊论文
[1]水产动物遗传图谱的构建和QTL定位研究进展[J]. 王俊,曹英伟,李良玉,魏文燕,陈霞,杨马,唐洪,张小丽. 水产科学. 2014(11)
[2]调味大菱鲆鱼片的工艺优化[J]. 滕瑜,李辉,苑德顺,王彩理. 中国调味品. 2014(11)
[3]西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的AFLP分析[J]. 陈维,洪万树,陈仕玺,王琼,张其永. 中国水产科学. 2014(05)
[4]大菱鲆幼鱼长途运输技术[J]. 于雷,宋效飞,孙玉明,李宝山,王伟. 齐鲁渔业. 2014 (09)
[5]白斑狗鱼F1代微卫星标记及其与生长性状的相关性[J]. 孟玮,海萨,杨天燕,高攀,杜劲松. 水产学杂志. 2014(04)
[6]分子标记技术的产生与引物设计[J]. 张羽. 江苏农业科学. 2014(06)
[7]山东省克氏原螯虾3个地理群体遗传差异的RAPD分析[J]. 张龙岗,杨玲,刘羽清,董学飒,朱永安,付佩胜. 长江大学学报(自科版). 2014(17)
[8]ISSR标记在牙鲆（♀）×圆斑星鲽（♂）杂交子代中的分离方式[J]. 张正睿,王兴莲,张全启. 海洋湖沼通报. 2014(02)
[9]南湖和响水河鲫群体的RAPD分析[J]. 杜民,牛宝珍,刘艳红,李云崧. 淡水渔业. 2014(03)
[10]大菱鲆四倍体的人工诱导研究[J]. 吴志昊,尤锋,宋宗诚,胡金伟,王丽娟,朱香萍,谭训刚,李军. 海洋与湖沼. 2014(03)
硕士论文
[1]孔雀鱼遗传连锁图谱的构建及性别特异标记的筛选[D]. 刘昕.中国海洋大学 2011
本文编号：2981732
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