基于转录组的泥东风螺EST-SSR标记开发及遗传多样性分析
发布时间：2021-03-04 07:21
泥东风螺（Babylonia lutosa）俗称黄螺,在中国主要分布于海南、广西、广东和福建等地,为广盐性、广温性贝类。因其肉质鲜美,营养丰富,近几年已成为国内十分畅销的优质海产贝类,并以其生长快、价格高等优点,已开发成海水养殖新种类。但因环境变化及过度捕捞使野生泥东风螺资源锐减,我国农业部设立公益性科研专项项目以期恢复和保护泥东风螺资源。本研究利用新一代高通量测序技术获得泥东风螺的转录组数据,从中发掘EST-SSR标记及含有EST-SSR序列的生长相关基因,并测定了泥东风螺线粒体全基因组序列；然后利用开发的EST-SSR标记和线粒体标记基因测序对野生群体进行遗传结构与遗传多样性分析,以开发的标记对人工养殖Fl代群体进行生长性状与EST-SSR标记的关联分析,寻找生长相关的分子标记,以期为泥东风螺种质资源保护、人工增殖效果评估和分子标记辅助选育提供参考。主要研究结果如下研究结果如下：1、基于高通量测序的泥东风螺转录组分析利用高通量测序技术从泥东风螺腹足和肝胰腺混合RNA样本中获得119,113条高质量Unigenes,筛选得到13,962个EST-SSR,共有109,359个Unige...
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
转录组测序流程
细胞组分（ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、生物学过程进（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ）行分类，通过ＧＯ注释’??对可Ｗ对比上的基因进行总的功能分类分析。ＫＥＧＧ分析通过网上的ＫＥＧＧ自动注释??服务（ＫＡＡＳ）来实现［１２１］。对泥东风螺的转录组生物信息分析流程见图２－２。??１９??
?＼?Ｊ??图２－２转录组生物信息分析流程??Ｆｉｇ．２－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐ化ｍｅ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２结果与分析??２．１?ＲＮＡ提取和转录组文库的构建??获得高质量的ＲＮＡ是构建高质量４５４文库的重要前提。试验提取的３只泥东风螺??的腹足和肝族腺组织总ＲＮＡ用１％琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测。琼脂糖凝??胶电泳检测可见Ｈ条明显条带，紫外分光光度计ＯＤ２６０／２８０比值在１．８？２．２之间。结??果表明，ＲＮＡ提取质量较好，总ＲＮＡ有较好的完整性，无明显降解，蛋白质和ＤＮＡ??污染很少，可Ｗ用于下步试验。??２．２序列拼接和分析??对构建的ｃＤＮＡ文库的进行高通量测序共获得：测序共获得５，０１５，２３６，０６４?ｂｐ数??据量，ＧＣ?含量为?５０．５４％其中?ｒｅａｄｓ?数?２４，８２９，４６０?条，ＣｙｃｌｅＱ２０?达到?１００％；ｄｅｎｏｖｏ?组??装后共获得１１９，１１３条Ｕｎｉｇｅｎｅｓ，其中长度在１?ｋｂ?（＾上Ｕｎｉｇｅｎｅｓ有１６，８７７?条，Ｎ５０??２０??
【参考文献】：
期刊论文
[1]泥东风螺4个群体遗传多样性的AFLP分析[J]. 秦溱,王晓清,曾志南,朱丹丽,熊钢,巫旗生,宁岳. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2014(03)
[2]西南大西洋拉氏南美南极鱼耳石形态的多样性[J]. 张凤侠,刘岩,张秀梅. 中国水产科学. 2014(03)
[3]菲律宾蛤仔ESTSSR标记与生长性状的相关分析[J]. 牛泓博,聂鸿涛,朱德鹏,杨凤,闫喜武. 生态学报. 2015(06)
[4]中国志留纪鱼化石及含鱼地层对比研究综述[J]. 赵文金,朱敏. 地学前缘. 2014(02)
[5]中华鳖（Pelodiscus sinensis）EST-SSR标记与生长性状相关性分析[J]. 张群英,黄鹤忠,袁文成,李文龙,雍福和,徐雪英,张平. 海洋与湖沼. 2013(06)
[6]几种天然饵料对泥东风螺稚螺生长、存活的影响[J]. 郑雅友,曾志南,刘波,林国清,李正良,李雷斌,林丹. 福建水产. 2013(04)
[7]5个红鳍东方鲀养殖群体微卫星DNA遗传多态性分析[J]. 陆丽君,马爱军,王新安,岳亮,孟雪松,翟介明,谭林涛,侯仕营. 渔业科学进展. 2013(04)
[8]团头鲂EST-SSR在厚颌鲂中的跨种扩增及杂交F1的鉴定[J]. 易少奎,高泽霞,罗伟,段晓克,李艳和,王卫民. 水产学报. 2013(07)
[9]锦鲤TYR基因克隆、序列分析及在不同组织中表达[J]. 熊钢,王宇,王晓清,刘臻,马晓,张建国,卿爱东. 生物技术. 2013(03)
[10]鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系[J]. 吴仁协,李超,刘静. 水产学报. 2013(01)
博士论文
[1]三角鲂转录组分析与不同地理种群遗传多样性研究[D]. 聂竹兰.华中农业大学 2014
[2]感病草鱼脾脏的比较转录组分析[D]. 许宝红.湖南农业大学 2012
[3]FGFR1信号通路在小鼠骨骼发育和重建中的作用[D]. 李福兵.第三军医大学 2008
硕士论文
[1]鸡TBC1D1基因的SNPs及其与屠宰性状的关联性研究[D]. 彭星.四川农业大学 2013
[2]海湾扇贝分子标记的研究及应用[D]. 孙博.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2003
本文编号：3062800
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
转录组测序流程
细胞组分（ｃｅｌｌｕｌａｒ?ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、生物学过程进（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｏｃｅｓｓ）行分类，通过ＧＯ注释’??对可Ｗ对比上的基因进行总的功能分类分析。ＫＥＧＧ分析通过网上的ＫＥＧＧ自动注释??服务（ＫＡＡＳ）来实现［１２１］。对泥东风螺的转录组生物信息分析流程见图２－２。??１９??
?＼?Ｊ??图２－２转录组生物信息分析流程??Ｆｉｇ．２－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐ化ｍｅ?ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２结果与分析??２．１?ＲＮＡ提取和转录组文库的构建??获得高质量的ＲＮＡ是构建高质量４５４文库的重要前提。试验提取的３只泥东风螺??的腹足和肝族腺组织总ＲＮＡ用１％琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测。琼脂糖凝??胶电泳检测可见Ｈ条明显条带，紫外分光光度计ＯＤ２６０／２８０比值在１．８？２．２之间。结??果表明，ＲＮＡ提取质量较好，总ＲＮＡ有较好的完整性，无明显降解，蛋白质和ＤＮＡ??污染很少，可Ｗ用于下步试验。??２．２序列拼接和分析??对构建的ｃＤＮＡ文库的进行高通量测序共获得：测序共获得５，０１５，２３６，０６４?ｂｐ数??据量，ＧＣ?含量为?５０．５４％其中?ｒｅａｄｓ?数?２４，８２９，４６０?条，ＣｙｃｌｅＱ２０?达到?１００％；ｄｅｎｏｖｏ?组??装后共获得１１９，１１３条Ｕｎｉｇｅｎｅｓ，其中长度在１?ｋｂ?（＾上Ｕｎｉｇｅｎｅｓ有１６，８７７?条，Ｎ５０??２０??
【参考文献】：
期刊论文
[1]泥东风螺4个群体遗传多样性的AFLP分析[J]. 秦溱,王晓清,曾志南,朱丹丽,熊钢,巫旗生,宁岳. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2014(03)
[2]西南大西洋拉氏南美南极鱼耳石形态的多样性[J]. 张凤侠,刘岩,张秀梅. 中国水产科学. 2014(03)
[3]菲律宾蛤仔ESTSSR标记与生长性状的相关分析[J]. 牛泓博,聂鸿涛,朱德鹏,杨凤,闫喜武. 生态学报. 2015(06)
[4]中国志留纪鱼化石及含鱼地层对比研究综述[J]. 赵文金,朱敏. 地学前缘. 2014(02)
[5]中华鳖（Pelodiscus sinensis）EST-SSR标记与生长性状相关性分析[J]. 张群英,黄鹤忠,袁文成,李文龙,雍福和,徐雪英,张平. 海洋与湖沼. 2013(06)
[6]几种天然饵料对泥东风螺稚螺生长、存活的影响[J]. 郑雅友,曾志南,刘波,林国清,李正良,李雷斌,林丹. 福建水产. 2013(04)
[7]5个红鳍东方鲀养殖群体微卫星DNA遗传多态性分析[J]. 陆丽君,马爱军,王新安,岳亮,孟雪松,翟介明,谭林涛,侯仕营. 渔业科学进展. 2013(04)
[8]团头鲂EST-SSR在厚颌鲂中的跨种扩增及杂交F1的鉴定[J]. 易少奎,高泽霞,罗伟,段晓克,李艳和,王卫民. 水产学报. 2013(07)
[9]锦鲤TYR基因克隆、序列分析及在不同组织中表达[J]. 熊钢,王宇,王晓清,刘臻,马晓,张建国,卿爱东. 生物技术. 2013(03)
[10]鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系[J]. 吴仁协,李超,刘静. 水产学报. 2013(01)
博士论文
[1]三角鲂转录组分析与不同地理种群遗传多样性研究[D]. 聂竹兰.华中农业大学 2014
[2]感病草鱼脾脏的比较转录组分析[D]. 许宝红.湖南农业大学 2012
[3]FGFR1信号通路在小鼠骨骼发育和重建中的作用[D]. 李福兵.第三军医大学 2008
硕士论文
[1]鸡TBC1D1基因的SNPs及其与屠宰性状的关联性研究[D]. 彭星.四川农业大学 2013
[2]海湾扇贝分子标记的研究及应用[D]. 孙博.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2003
本文编号：3062800
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3062800.html
