let-7/lin-28调控通路在牙鲆变态发育中的作用
发布时间：2021-03-04 11:38
牙鲆Paralichthys olivaceus属于海水鱼类,在我国的经济价值较高,其胚后发育阶段经历了剧烈的变态现象,对其变态发育机制的研究已成为热点,一些异时性基因（heterochronic genes）如let-7、lin-28a、lin-28b、lin-41和lin-29等在很多脊椎动物中呈现出保守的时空性调控表达模式,在生物发育过程中进行精准有序地调控表达,对这些基因的研究有助于牙鲆变态发育分子机制的阐明。let-7 miRNAs类似于其他的microRNAs,主要作用于靶基因的3’-UTR序列。LIN-28a及其同源分子LIN-28b是RNA结合蛋白,LIN-41是细胞质蛋白,LIN-29是多锌指结构蛋白,它们都与生物发育时空性紧密相关。本课题组在对牙鲆的变态发育研究中已鉴定得到牙鲆10个let-7 miRNAs并对其在牙鲆发育中的表达进行了相对定量检测。本论文主要研究其余四个异时性基因lin-28a、lin-28b、lin-41和lin-29的克隆、表达分析及其在牙鲆变态发育中与let-7的调控关系。本论文以牙鲆总cDNA为模板,采用PCR等克隆获得牙鲆lin-28a、...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：115 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图0-1哺乳动物中let-7家族主要成员间的调控Fig0-1Regulationofcertainmembersofthelet-7familyinmammals（引自SarahRoush,FrankJ.Slack.2008）
1.3.1.2 牙鲆异时性基因的克隆以牙鲆总 RNA 为模板，首先克隆出牙鲆 lin-28a、lin-28b、lin-41、lin-29 各基因编码区 cDNA 小片段，用拼接软件进行拼接、去重叠后得到各基因 cDNA 编码区片段，再通过3'-RACE和5'-RACE克隆方法分别扩增得到牙鲆lin-28a、lin-28b和 lin-29 基因的 3'和 5'非编码区序列，最后用 DNAMAN 软件将其编码区和非编码区拼接得到牙鲆 lin-28a、lin-28b 和 lin-29 基因 cDNA 全长。lin-28a 基因全长 1617bp，其中 5'-UTR 为 118bp、3'-UTR 为 890bp、CDS 为609bp，编码 202 个氨基酸，起始密码子和终止密码子分别为 ATG 和 TAA（图 1-1）。lin-28b 基因全长 2998bp，5'-UTR 为 218bp、3'-UTR 为 2075bp、CDS 为 705bp，编码 234 个氨基酸，起始密码子和终止密码子分别为 ATG 和 TGA（图 1-2）。lin-29基因全长 1769 bp，5'-UTR 为 112bp、3'-UTR 为 328bp、CDS 为 1329bp，编码 442个氨基酸（图 1-3）。且上述三个基因的 3'-末端都有 poly（A）尾。lin-41 的 CDS有 2502bp，编码 833 个氨基酸（图 1-4）。
30图 1-2 牙鲆 lin-28b 基因 cDNA 全长及氨基酸序列Fig 1-2 The cDNA and amino acid sequences of lin-28b in Japanese flounder注：*表示终止密码子。Note:* indicates stop codon.
【参考文献】：
期刊论文
[1]MicroRNA let-7表达调控机制研究进展[J]. 湛敏,陈尧,周宏灏. 中国临床药理学与治疗学. 2013(07)
[2]报告基因系统的研究进展[J]. 沙新平. 国外医学(临床生物化学与检验学分册). 2003(01)
硕士论文
[1]基于机器学习的microRNA靶标预测算法研究[D]. 齐晓阳.燕山大学 2012
[2]水稻B-box锌指蛋白OsBBX25的功能分析及双T载体转基因水稻的分子鉴定[D]. 刘焱.东北林业大学 2012
[3]异时性基因在Caenorhabditis elegans寿命调控中的作用及在小鼠发育中的表达研究[D]. 余刚.厦门大学 2009
[4]基于生物信息学的冷休克结构域蛋白家族进化研究[D]. 张玮玮.辽宁师范大学 2007
本文编号：3063149
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：115 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图0-1哺乳动物中let-7家族主要成员间的调控Fig0-1Regulationofcertainmembersofthelet-7familyinmammals（引自SarahRoush,FrankJ.Slack.2008）
1.3.1.2 牙鲆异时性基因的克隆以牙鲆总 RNA 为模板，首先克隆出牙鲆 lin-28a、lin-28b、lin-41、lin-29 各基因编码区 cDNA 小片段，用拼接软件进行拼接、去重叠后得到各基因 cDNA 编码区片段，再通过3'-RACE和5'-RACE克隆方法分别扩增得到牙鲆lin-28a、lin-28b和 lin-29 基因的 3'和 5'非编码区序列，最后用 DNAMAN 软件将其编码区和非编码区拼接得到牙鲆 lin-28a、lin-28b 和 lin-29 基因 cDNA 全长。lin-28a 基因全长 1617bp，其中 5'-UTR 为 118bp、3'-UTR 为 890bp、CDS 为609bp，编码 202 个氨基酸，起始密码子和终止密码子分别为 ATG 和 TAA（图 1-1）。lin-28b 基因全长 2998bp，5'-UTR 为 218bp、3'-UTR 为 2075bp、CDS 为 705bp，编码 234 个氨基酸，起始密码子和终止密码子分别为 ATG 和 TGA（图 1-2）。lin-29基因全长 1769 bp，5'-UTR 为 112bp、3'-UTR 为 328bp、CDS 为 1329bp，编码 442个氨基酸（图 1-3）。且上述三个基因的 3'-末端都有 poly（A）尾。lin-41 的 CDS有 2502bp，编码 833 个氨基酸（图 1-4）。
30图 1-2 牙鲆 lin-28b 基因 cDNA 全长及氨基酸序列Fig 1-2 The cDNA and amino acid sequences of lin-28b in Japanese flounder注：*表示终止密码子。Note:* indicates stop codon.
【参考文献】：
期刊论文
[1]MicroRNA let-7表达调控机制研究进展[J]. 湛敏,陈尧,周宏灏. 中国临床药理学与治疗学. 2013(07)
[2]报告基因系统的研究进展[J]. 沙新平. 国外医学(临床生物化学与检验学分册). 2003(01)
硕士论文
[1]基于机器学习的microRNA靶标预测算法研究[D]. 齐晓阳.燕山大学 2012
[2]水稻B-box锌指蛋白OsBBX25的功能分析及双T载体转基因水稻的分子鉴定[D]. 刘焱.东北林业大学 2012
[3]异时性基因在Caenorhabditis elegans寿命调控中的作用及在小鼠发育中的表达研究[D]. 余刚.厦门大学 2009
[4]基于生物信息学的冷休克结构域蛋白家族进化研究[D]. 张玮玮.辽宁师范大学 2007
本文编号：3063149
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