半滑舌鳎和牙鲆的转录组测序及初步分析

发布时间：2021-04-27 19:28

　　半滑舌鳎和牙鲆是我国重要的水产养殖品种。这两种鲆鲽鱼雌雄个体的体型和生长速度差异极大，是研究性二态性的理想模型。之前的研究主要集中在遗传标记开发、遗传图谱构建、生长及免疫相关功能基因克隆和性别决定与分化机制等，基因序列信息比较匮乏，到目前为止，NCBI数据库中关于这两种鲆鲽鱼类的EST序列分别只有10,128条和16,275条。近些年来迅速发展的高通量测序技术使得对非模式生物组学水平的研究成为可能。本文利用454焦磷酸测序技术和Illumina测序技术分别对半滑舌鳎和牙鲆进行了转录组测序，并进行了初步分析。1)半滑舌鳎使用454焦磷酸测序技术对6个半滑舌鳎10种组织进行了一个run的测序，总共得到约75万的读序，平均长度为235bp。经过数据预处理后，得到了超过58万的读序，平均长度为206bp，占原始数据的77.9%。使用Newbler对读序进行组装，得到62,632个isotigs，以及未参与组装的98,262个读序作为singlet，将二者聚类得到150,039个序列，作为unigene。isotigs长度范围为100-1,665bp，平均长度为272bp，N50为303bp。i... 

【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：110 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    0 引言
    1 高通量测序技术的研究进展
        1.1 454 焦磷酸测序技术
            1.1.1 454 测序的技术原理与工作流程
            1.1.2 454 测序的优缺点
        1.2 Illumina 测序技术
            1.2.1 Illumina 测序的技术原理与工作流程
            1.2.2 Illumina 测序的优缺点
        1.3 SOLiD 测序技术
            1.3.1 SOLiD 测序的技术原理与工作流程
            1.3.2 SOLiD 测序的优缺点
        1.4 其它的测序技术
            1.4.1 PacBio 公司的单分子测序
            1.4.2 全基因组学公司连接测序法
            1.4.3 Ion Torrent 测序法
    2 高通量测序在转录组学研究中的应用
        2.1 蛋白编码基因注释
        2.2 基因表达谱
        2.3 分子标记开发
        2.4 非编码 RNA 检测
        2.5 降解组测序
        2.6 转录本重排
        2.7 单细胞测序
    3 从头开始（de novo）的转录组分析流程与常用方法
        3.1 质量控制与预处理
        3.2 序列组装
            3.2.1 基于基因组参考序列的转录组组装
            3.2.2 从头开始（de Novo）的转录组组装策略
        3.3 基因注释
            3.3.1 Blastx 注释
            3.3.2 GO 分析
            3.3.3 KEGG 通路分析
        3.4 分子标记检测
        3.5 基因表达水平估计
    4 硬骨鱼类基因组学研究进展
        4.1 硬骨鱼类的全基因组测序研究进展
        4.2 硬骨鱼类的转录组研究
        4.3 本研究的目的和意义
第二章 半滑舌鳎转录组的测序
    0 引言
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 实验动物
            1.1.2 实验试剂与试剂盒
            1.1.3 仪器
        1.2 实验方法
            1.2.1 RNA 提取
            1.2.2 RNA 纯化
            1.2.3 RNA 检测
            1.2.4 cDNA 第一链的合成
            1.2.5 cDNA 第二链的合成
            1.2.6 cDNA 纯化
            1.2.7 琼脂糖凝胶电泳回收
            1.2.8 均一化
            1.2.9 超声打断
            1.2.10 连接接头
            1.2.11 测序
    2 结果
        2.1 RNA 提取
        2.2 文库制备
        2.3 测序结果
    3 分析与讨论
        3.1 文库构建
        3.2 测序方法
        3.3 测序质量
第三章 半滑舌鳎转录组的生物信息学分析
    0 引言
    1 材料与方法
        1.1 软件
        1.2 网址
        1.3 方法与软件参数
            1.3.1 数据预处理
            1.3.2 序列拼接
            1.3.3 聚类
            1.3.4 Blastx 注释
            1.3.5 GO 注释
            1.3.6 KEGG 注释
            1.3.7 微卫星筛选
            1.3.8 SNP 筛选
            1.3.9 转座元件筛选
            1.3.10 组织特异序列筛选
    2 结果
        2.1 数据预处理
        2.2 序列拼接
        2.3 功能注释
        2.4 分子标记筛选
        2.5 转座元件分析
        2.6 组织特异序列筛选
    3 分析与讨论
        3.1 序列拼接
        3.2 功能注释
            3.2.1 Blastx 注释
            3.2.2 GO 注释
            3.2.3 KEGG 通路分析
        3.3 分子标记筛选
        3.4 转座元件分析
        3.5 组织特异序列
第四章 牙鲆转录组的测序
    0 引言
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 实验动物
            1.1.2 实验试剂
            1.1.3 仪器
        1.2 实验方法
            1.2.1 RNA 提取
            1.2.2 RNA 纯化
            1.2.3 RNA 检测
            1.2.4 测序文库构建
            1.2.5 Solexa 测序
    2 结果
        2.1 RNA 提取
        2.2 测序结果
    3 分析与讨论
        3.1 454 焦磷酸测序与 Illumina 测序文库构建方法的比较
        3.2 454 焦磷酸测序与 Illumina 测序产出比较
第五章 牙鲆转录组的信息学分析
    0 引言
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验仪器
        1.3 实验方法
            1.3.1 cDNA 合成
            1.3.2 PCR
            1.3.3 PCR 产物回收
            1.3.4 连接、转化与测序
        1.4 软件与网址
        1.5 网址
        1.6 方法与软件参数
            1.6.1 数据预处理
            1.6.2 序列拼接
            1.6.3 Blastx 注释
            1.6.4 GO 注释
            1.6.5 KEGG 通路分析
            1.6.6 蛋白编码框预测
            1.6.7 转座元件分析
            1.6.8 可变剪切预测
            1.6.9 基因复制预测
    2 结果
        2.1 数据预处理
        2.2 序列拼接
        2.3 基因注释
        2.4 编码区预测
        2.5 转座元件分析
        2.6 可变剪切分析
        2.7 基因加倍分析
    3 分析与讨论
        3.1 454 焦磷酸测序与 Illumina 测序的选择
        3.2 可变剪切
        3.3 基因加倍
第六章 总结与展望
参考文献
附录
    附录1 半滑舌鳎 454 焦磷酸测序文库构建所有接头序列
致谢
个人简历
发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组测序（RNA-seq）策略及其数据在分子标记开发上的应用[J]. 李小白,向林,罗洁,胡标林,田胜平,谢鸣,孙崇波.  中国细胞生物学学报. 2013(05)
[2]Sequence polymorphism of two major histocompatibility（MH）classⅡB genes and their association with Vibrio anguillarum infection in half-smooth tongue sole（Cynoglossus semilaevis）[J]. 李春梅,张全启,于燕,李朔,钟其旺,孙业盈,王志刚,齐洁,翟介明,王旭波.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2011(06)
[3]程序化设计的简并引物克隆半滑舌鳎CYP17基因[J]. 陈彩芳,温海深,何峰,董双林.  中国海洋大学学报(自然科学版). 2009(06)
[4]半滑舌鳎染色体核型分析[J]. 周丽青,杨爱国,柳学周,杜伟,庄志猛.  水产学报. 2005(03)



本文编号：3164033