正常和发病刺参养殖池塘沉积环境中细菌群落变化的研究

发布时间：2021-05-14 02:08

　　本研究运用培养计数法、现场检测法和16S rRNA基因的PCR-DGGE指纹图谱分析等技术，进行了刺参养殖环境的细菌群落种类组成季节变化研究及DGGEMarker的制备；并分析了刺参发病前后养殖环境中几个主要细菌类群（总异养菌、弧菌、硝化细菌、硫化细菌、硝酸盐还原菌、硫酸盐还原菌）的变化及其与理化因子关系，同时通过模拟试验，研究了发病刺参池塘环境沉积物中不同生理类群细菌数量及群落结构对底质改良剂的响应。主要实验内容和结果如下：1.刺参养殖环境细菌群落种类组成季节变化研究及DGGE Marker的制备。取多池塘不同季节沉积物样品，分别提取DNA，以细菌16S rRNA基因通用引物8F和1492R为引物，进行PCR扩增，扩增产物经过克隆、限制性内切酶酶切、测序。测序结果显示不同季节的细菌群落种类组成有所不同，其中变形菌门，浮霉菌门，拟杆菌门和绿弯菌门细菌数量较大。除了不可培养细菌外，变形菌门细菌在除了春季以外的其他三个季节均为优势菌群，其中，夏季所占比例约为32%，秋季所占比例约为29%，冬季变所占比例约为42%.拟杆菌门细菌秋季所占比例约为21%，而在春季浮霉菌门细菌为优势菌群，所占比例... 

【文章来源】：河北农业大学河北省

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 引言
    1.1 微生物生态学概况
    1.2 微生物基因组学研究进展
    1.3 微生物的多样性
    1.4 微生物多样性研究方法
        1.4.1 传统研究方法
        1.4.2 现代分子生物学研究方法
    1.5 刺参养殖业发展现状及其问题
        1.5.1 刺参养殖业发展现状
        1.5.2 刺参养殖业目前所面临的问题
        1.5.3 刺参养殖过程中疾病及微生物的研究
        1.5.4 刺参疾病的治疗方法
    1.6 本论文的研究目的、意义和内容
        1.6.1 研究目的和意义
        1.6.2 研究内容
        1.6.3 技术路线
2 刺参养殖环境细菌群落种类组成季节变化研究及 DGGE MARKER 的制备
    2.1 材料与方法
        2.1.1 样品和材料来源
        2.1.2 沉积物中细菌基因组 DNA 的提取与纯化
        2.1.3 16S rDNA 的扩增
        2.1.4 克隆，RFLP 和测序
        2.1.5 DGGE 的条件优化
        2.1.6 DGGE
        2.1.7 DGGE marker 的制备
    2.2 结果
        2.2.1 沉积物样品中细菌基因组 DNA 的提取
        2.2.2 16S rRNA 的扩增
        2.2.3 克隆
        2.2.4 RFLP
        2.2.5 刺参养殖池环境细菌群落结构特征
        2.2.6 DGGE marker 的制备
    2.3 讨论
3 刺参发病前后养殖环境几类细菌数量的变化及其与理化因子关系
    3.1 材料和方法
        3.1.1 试验材料来源
        3.1.2 培养计数
    3.2 结果与分析
        3.2.1 刺参池塘理化指标的变化
        3.2.2 刺参池塘养殖环境中几种重要生理类群细菌的数量变化
    3.3 讨论
4 刺参养殖池环境细菌群落对底质改良剂的响应模拟试验
    4.1 材料和方法
        4.1.1 试验材料来源
        4.1.2 试验方法
        4.1.3 培养计数
        4.1.4 DNA 的提取
        4.1.5 16S rRNAV3 区扩增
        4.1.6 DGGE、克隆、测序、序列分析
    4.2 结果与分析
        4.2.1 底泥中不同生理类群细菌的数量变化
        4.2.2 DNA 的提取、扩增与纯化
        4.2.3 底泥 DGGE 图谱结果
        4.2.4 多样性指数
        4.2.5 聚类分析
        4.2.6 相似性分析
        4.2.7 优势细菌 16S rRNA 基因鉴定
    4.3 讨论
5 结论
参考文献
作者简历
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]复方中草药对刺参免疫的影响[J]. 王东梅,王维新.  饲料研究. 2012(11)
[2]养参池底泥弧菌数量变动及微生态制剂对其影响[J]. 陈文博,王洪军,李勃,宋晓阳,刘彤,郝佳,许岩,马琳,金文鑫.  水产养殖. 2012(10)
[3]仿刺参“腐皮综合症”病灶处优势菌的分离鉴定及AHLs信号分子的检测[J]. 张莹,姜国良,刘云,吴志强,马海燕,苏明霞.  微生物学通报. 2009(11)
[4]应用竞争PCR方法检测亚硝化细菌的研究[J]. 张艳,李秋芬,王晓熙.  生物技术通报. 2009(S1)
[5]中草药对刺参腐皮综合征病原菌的体外抑菌试验[J]. 王印庚,冷敏,陈霞,荣小军,廖梅杰.  渔业科学进展. 2009(02)
[6]黄海北部不同站位海洋细菌群落分布特征[J]. 白洁,李海艳,赵阳国.  微生物学报. 2009(03)
[7]微生态制剂对凡纳滨对虾生长及水质的影响[J]. 朱学芝,郑石轩,潘庆军,陆秉招.  中山大学学报(自然科学版). 2008(S1)
[8]海参养殖发病的原因及对策[J]. 邱兆星,王晓红,王宝庭,刘恩孚,盖春蕾,邹琰,赵斌.  齐鲁渔业. 2008(03)
[9]刺参表皮溃烂病病原菌的分离鉴定与药敏试验[J]. 王高学,原居林,赵云奎,袁明.  西北农林科技大学学报(自然科学版). 2007(08)
[10]养殖刺参溃疡病病原菌RH2的鉴定及其生物学特性分析[J]. 杨嘉龙,周丽,绳秀珍,邢婧,战文斌.  水产学报. 2007(04)

硕士论文
[1]象山港养殖区生境修复的沉积环境细菌群落与环境影响因子的研究[D]. 有小娟.中国海洋大学 2013
[2]枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）对刺参腐皮综合病致病菌的拮抗作用以及对水质的影响[D]. 伏传永.中国海洋大学 2008



本文编号：3185064