日本沼虾微卫星标记开发、遗传结构分析及性别相关遗传标记筛选研究
发布时间：2021-05-14 07:35
日本沼虾隶属十足目、长臂虾科、沼虾属，自然分布于中国、日本、越南及俄罗斯远东地区，在我国各地淡水水域中都有分布。日本沼虾的养殖始于二十世纪五十年代，从2004年起，我国日本沼虾的年养殖产量就超过了20万吨。多年来，日本沼虾在市场上一直供不应求，畅销不衰，是一种养殖效益非常可观的淡水虾类。但长期以来，繁殖日本沼虾用的亲本多为野生个体，未经过系统选育，日本沼虾的养殖单产较低，且多是套养在各种鱼类的养殖池塘中，主养日本沼虾的池塘较少。因此开展日本沼虾的种质资源保护、良种选育工作是当前日本沼虾养殖业中亟待解决的问题。由于当前已知的日本沼虾微卫星标记只有二十多个，这严重地限制了日本沼虾的群体遗传结构分析、种质资源评价等工作；此外，日本沼虾雄性生长速度显著大于雌性，开展单性苗种培育意义重大，但当前没有鉴别日本沼虾遗传性别的分子标记，使得单性苗种培育工作一直无法得以开展。本论文的研究内容主要包含如下3个方面：1.日本沼虾多态性微卫星标记的开发：（1）FIASCO法开发微卫星标记。通过生物素标记的探针（GT）13和（GA）13富集微卫星序列，共获得含微卫星的序列334个，成功设计引物110对，设计引物...
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：104 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
1、引言
1.1 分子标记技术简介
1.1.1 RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）标记
1.1.2 RAPD（random amplified polymorphic DNA）技术
1.1.3 AFLP（amplified fragment length polymorphism）标记
1.1.4 SSR（simple sequence repeats）标记
1.1.5 SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）标记
1.2 微卫星位点分离方法
1.2.1 传统方法
1.2.2 微卫星富集法
1.2.3 FIASCO 法
1.2.4 数据查找法
1.2.5 近缘物种筛选法
1.3 分子标记技术在虾类遗传多样性研究中的应用
1.3.1 分子标记在野生虾类遗传多样性中的应用
1.3.2 分子标记在养殖与野生虾类间的遗传多样性研究中的应用
1.4 虾蟹类的性别决定及性别相关分子标记的研究
1.5 日本沼虾研究现状
1.5.1 日本沼虾分子标记开发及遗传多样性分析研究现状
1.5.2 日本沼虾性别相关基因及分子标记研究现状
1.6 本研究的目的、意义
2、材料与方法
2.1 试验用日本沼虾
2.2 试剂和仪器
2.3 基因组 DNA 提取
2.4 微卫星基因组富集文库构建
2.4.1 基因组 DNA 酶切
2.4.2 接头的制备
2.4.3 连接
2.4.4 预扩增
2.4.5 生物素探针杂交
2.4.6 磁珠富集
2.4.7 PCR 扩增
2.4.8 克隆、测序
2.5 ISSR-PCR 法开发微卫星标记
2.6 序列分析及微卫星引物设计
2.7 PAGE
2.8 荧光标记 SSR
2.9 AFLP
2.9.1 基因组 DNA 提取
2.9.2 限制性酶切及连接
2.9.3 预扩增
2.9.4 选择性扩增
2.10 数据分析
3、结果
3.1 FIASCO 法开发多态性微卫星标记
3.1.1 FIASCO 文库构建结果
3.1.2 测序统计及引物设计
3.1.3 微卫星标记多态性分析
3.2 ISSR-PCR 法开发微卫星标记结果
3.2.1 ISSR-PCR 法预扩增结果
3.2.2 克隆后菌液检测结果
3.2.3 测序统计及引物设计结果
3.2.4 微卫星标记多态性分析
3.3 开发的微卫星序列特征分析
3.4 4 个日本沼虾群体遗传结构分析
3.4.1 4 个日本沼虾群体荧光 SSR 基因分型结果
3.4.2 4 个日本沼虾群体的遗传多样性
3.4.3 群体遗传分化和遗传距离
3.4.4 4 个日本沼虾群体遗传分化
3.5 日本沼虾性别相关分子标记筛选
3.5.1 基因组 DNA 的提取
3.5.2 性别相关 SSR 标记的筛选
3.5.3 基因组 DNA 酶切、预扩增
3.5.4 选择性扩增和性别相关 AFLP 分子标记的筛选
4、讨论
4.1 微卫星标记的开发
4.1.1 微卫星位点的分离方法
4.1.2 微卫星标记效用的评价
4.1.3 I型微卫星标记的分离
4.2 微卫星二核苷酸的重复类型
4.3 群体遗传结构分析
4.4 性别相关分子标记
5.结论
6.主要参考文献
7. 致谢
8. 读博期间发表文章情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]高温诱导对性成熟尼罗罗非鱼性腺中性别分化相关基因表达的影响[J]. 李春歌,赵燕,陈红菊,付佩胜,王慧,季相山. 中国水产科学. 2014(02)
[2]拟穴青蟹（CA）n微卫星DNA多态性引物筛选[J]. 宋忠魁,聂振平,王芳宇. 海洋科学. 2013(10)
[3]中华绒螯蟹3个育种基础群体遗传特征的微卫星分析[J]. 唐刘秀,许志强,葛家春,陈乙荣,赵沐子,杨家新. 南京师大学报(自然科学版). 2013(02)
[4]“光合1号”中华绒螯蟹微卫星富集文库的构建与多态性标记的筛选[J]. 田盛君,李晓东,姜玉声,刘胥,杨红威,原振政,郑岩. 大连海洋大学学报. 2013(03)
[5]基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析[J]. 刘奕,陈伟兴,周丹,陈晓婷,王美玉,王桂兴,刘海金. 海洋渔业. 2013(02)
[6]罗氏沼虾的病害防控与健康[J]. 赵燕,王慧. 山东畜牧兽医. 2013(03)
[7]中华鳖多态性微卫星标记跨物种扩增研究[J]. 卜兴江,聂刘旺. 生物学杂志. 2013(01)
[8]利用AFLP方法筛选中华绒螯蟹性别相关标记[J]. 吕慧锋,江学慧,邱高峰. 上海海洋大学学报. 2012(05)
[9]利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星DNA标记分离与筛选的研究[J]. 郭昱嵩,谢子强,邓岳文,刘楚吾. 中国农学通报. 2012(17)
[10]不同地区克氏原螯虾遗传多样性的AFLP分析[J]. 宋亮,韩晓磊,夏婵,戴伟,张建平,叶元土,徐建荣. 江苏农业学报. 2012(02)
硕士论文
[1]青虾性别相关分子标记的研究[D]. 李慧萍.南京农业大学 2009
本文编号：3185258
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：104 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
1、引言
1.1 分子标记技术简介
1.1.1 RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism）标记
1.1.2 RAPD（random amplified polymorphic DNA）技术
1.1.3 AFLP（amplified fragment length polymorphism）标记
1.1.4 SSR（simple sequence repeats）标记
1.1.5 SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）标记
1.2 微卫星位点分离方法
1.2.1 传统方法
1.2.2 微卫星富集法
1.2.3 FIASCO 法
1.2.4 数据查找法
1.2.5 近缘物种筛选法
1.3 分子标记技术在虾类遗传多样性研究中的应用
1.3.1 分子标记在野生虾类遗传多样性中的应用
1.3.2 分子标记在养殖与野生虾类间的遗传多样性研究中的应用
1.4 虾蟹类的性别决定及性别相关分子标记的研究
1.5 日本沼虾研究现状
1.5.1 日本沼虾分子标记开发及遗传多样性分析研究现状
1.5.2 日本沼虾性别相关基因及分子标记研究现状
1.6 本研究的目的、意义
2、材料与方法
2.1 试验用日本沼虾
2.2 试剂和仪器
2.3 基因组 DNA 提取
2.4 微卫星基因组富集文库构建
2.4.1 基因组 DNA 酶切
2.4.2 接头的制备
2.4.3 连接
2.4.4 预扩增
2.4.5 生物素探针杂交
2.4.6 磁珠富集
2.4.7 PCR 扩增
2.4.8 克隆、测序
2.5 ISSR-PCR 法开发微卫星标记
2.6 序列分析及微卫星引物设计
2.7 PAGE
2.8 荧光标记 SSR
2.9 AFLP
2.9.1 基因组 DNA 提取
2.9.2 限制性酶切及连接
2.9.3 预扩增
2.9.4 选择性扩增
2.10 数据分析
3、结果
3.1 FIASCO 法开发多态性微卫星标记
3.1.1 FIASCO 文库构建结果
3.1.2 测序统计及引物设计
3.1.3 微卫星标记多态性分析
3.2 ISSR-PCR 法开发微卫星标记结果
3.2.1 ISSR-PCR 法预扩增结果
3.2.2 克隆后菌液检测结果
3.2.3 测序统计及引物设计结果
3.2.4 微卫星标记多态性分析
3.3 开发的微卫星序列特征分析
3.4 4 个日本沼虾群体遗传结构分析
3.4.1 4 个日本沼虾群体荧光 SSR 基因分型结果
3.4.2 4 个日本沼虾群体的遗传多样性
3.4.3 群体遗传分化和遗传距离
3.4.4 4 个日本沼虾群体遗传分化
3.5 日本沼虾性别相关分子标记筛选
3.5.1 基因组 DNA 的提取
3.5.2 性别相关 SSR 标记的筛选
3.5.3 基因组 DNA 酶切、预扩增
3.5.4 选择性扩增和性别相关 AFLP 分子标记的筛选
4、讨论
4.1 微卫星标记的开发
4.1.1 微卫星位点的分离方法
4.1.2 微卫星标记效用的评价
4.1.3 I型微卫星标记的分离
4.2 微卫星二核苷酸的重复类型
4.3 群体遗传结构分析
4.4 性别相关分子标记
5.结论
6.主要参考文献
7. 致谢
8. 读博期间发表文章情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]高温诱导对性成熟尼罗罗非鱼性腺中性别分化相关基因表达的影响[J]. 李春歌,赵燕,陈红菊,付佩胜,王慧,季相山. 中国水产科学. 2014(02)
[2]拟穴青蟹（CA）n微卫星DNA多态性引物筛选[J]. 宋忠魁,聂振平,王芳宇. 海洋科学. 2013(10)
[3]中华绒螯蟹3个育种基础群体遗传特征的微卫星分析[J]. 唐刘秀,许志强,葛家春,陈乙荣,赵沐子,杨家新. 南京师大学报(自然科学版). 2013(02)
[4]“光合1号”中华绒螯蟹微卫星富集文库的构建与多态性标记的筛选[J]. 田盛君,李晓东,姜玉声,刘胥,杨红威,原振政,郑岩. 大连海洋大学学报. 2013(03)
[5]基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析[J]. 刘奕,陈伟兴,周丹,陈晓婷,王美玉,王桂兴,刘海金. 海洋渔业. 2013(02)
[6]罗氏沼虾的病害防控与健康[J]. 赵燕,王慧. 山东畜牧兽医. 2013(03)
[7]中华鳖多态性微卫星标记跨物种扩增研究[J]. 卜兴江,聂刘旺. 生物学杂志. 2013(01)
[8]利用AFLP方法筛选中华绒螯蟹性别相关标记[J]. 吕慧锋,江学慧,邱高峰. 上海海洋大学学报. 2012(05)
[9]利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星DNA标记分离与筛选的研究[J]. 郭昱嵩,谢子强,邓岳文,刘楚吾. 中国农学通报. 2012(17)
[10]不同地区克氏原螯虾遗传多样性的AFLP分析[J]. 宋亮,韩晓磊,夏婵,戴伟,张建平,叶元土,徐建荣. 江苏农业学报. 2012(02)
硕士论文
[1]青虾性别相关分子标记的研究[D]. 李慧萍.南京农业大学 2009
本文编号：3185258
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