基于转录组数据的鮸鱼分子标记筛选及基因差异表达分析
发布时间：2021-05-18 02:43
鮸鱼,属于石首鱼科,是渔业和水产养殖业中一种重要的海洋经济鱼类。目前由于病原菌和寄生虫引起的疾病使鮸鱼的大规模养殖受到限制,大大降低了鮸鱼的产量和经济价值。鮸鱼转录组和基因组信息的缺乏限制了研究人员对鮸鱼的发病机制和免疫系统的研究。本文中,我们首先构建了健康鮸鱼的肝脏、脾脏和肾脏的c DNA文库并使用Illumina公司双末端测序方法测序,用于鮸鱼功能基因的发掘和分子标记的开发。为了了解鮸鱼感染哈维氏弧菌后的免疫机制和获得大量高表达的免疫基因,我们分别对健康的鮸鱼脾脏（Ctrl）和感染哈维氏弧菌的鮸鱼脾脏（Vha）进行了转录组测序。在本研究中,通过两次鮸鱼转录组测序分析,我们获得的主要结论如下:1.我们利用Illumina Hi Seq 2000高通量技术平台对鮸鱼肝脏、脾脏和肾脏进行转录组测序。通过筛选掉低质量的raw reads我们共获得了25,760,602条clean reads,组装得到69,071条unigenes。采用BLAST相似性比对方法把这些序列比对NT,NR,Swiss-Prot和KEGG数据库,共有45,676条unigenes得到了注释。有8,423个unig...
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 转录组学研究进展
1.1.1 转录组和转录组学
1.1.2 转录组早期研究技术
1.1.3 转录组测序技术(RNA-seq)研究进展及应用
1.2 鱼类转录组研究进展
1.3 分子标记研究进展
1.3.1 分子标记概述
1.3.2 SSR分子标记
1.3.3 SNP分子标记
1.3.4 SSR与SNP在水产动物中的应用
第二章 高通量测序鮸鱼转录组分析及分子标记开发
2.1 实验材料
2.2 实验方法
2.2.1 鮸鱼肝脏、脾脏和肾脏的总RNA提取
2.2.2 cDNA文库的构建和测序
2.2.3 Clean read数据的获得
2.2.4 序列拼接组装
2.2.5 Unigene基因注释和功能分类
2.2.6 SSR及SNP标记位点查找
2.2.7 SSR多态性分析
2.3 结果与讨论
2.3.1 测序产量统计
2.3.2 测序数据从头组装
2.3.3 组装结果的评估和鉴定
2.3.4 Unigenes功能注释
2.3.5 Unigenes的GO功能分类
2.3.6 Unigenes的COG功能分类
2.3.7 Unigenes的KEGG代谢通路分析
2.3.8 免疫相关基因鉴定
2.3.9 SSR分子标记分析
2.3.10 SNP分子标记筛选
2.4 小结
第三章 鮸鱼感染哈维氏弧菌前后脾脏转录组分析
3.1 实验材料
3.2 实验方法
3.2.1 哈维氏弧菌感染实验及取样
3.2.2 基因定量分析
3.2.3 基因差异表达分析
3.3 结果与讨论
3.3.1 测序产量统计
3.3.2 序列组装结果及生物信息学分析
3.3.3 SSR和SNP分子标记筛选
3.3.4 基因定量分析
3.3.5 差异表达基因筛选
3.3.6 差异表达基因表达模式聚类
3.3.7 差异表达基因GO富集分析
3.3.8 差异表达基因通路富集分析
3.3.9 免疫相关的差异表达基因
3.4 小结
结论
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文及研究成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
[2]转录组学在药用植物研究中的应用[J]. 吴琼,孙超,陈士林,罗红梅,李滢,孙永珍,牛云云. 世界科学技术(中医药现代化). 2010(03)
[3]鲤鱼（Cyprinus carpio L.）头长、眼径、眼间距QTL的定位[J]. 刘继红,张研,常玉梅,梁利群,鲁翠云,张晓峰,徐美佳,孙效文. 遗传. 2009(05)
[4]我国3个民族13个SNPs位点多态性及遗传学关系的比较[J]. 王瑞恒,刘利民,赵金玲. 遗传. 2009(03)
[5]长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析[J]. 王长忠,梁宏伟,邹桂伟,罗相忠,李忠,田华,呼光富. 遗传. 2008(10)
[6]病原菌感染宿主的转录组学研究进展[J]. 薛建江,邱景富. 河北北方学院学报(医学版). 2007(05)
[7]适合可变剪接研究的转录组序列分析策略[J]. 王正志,李稚锋,杭兴宜,毛逸清,骆志刚,赵东升,张成岗. 国防科技大学学报. 2006(04)
[8]中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析[J]. 常玉梅,孙效文,梁利群. 水产学报. 2004(05)
[9]鱼类免疫学研究进展[J]. 唐玫,马广智,徐军. 免疫学杂志. 2002(S1)
[10]单核苷酸多态性的研究技术[J]. 罗怀容,施鹏,张亚平. 遗传. 2001(05)
硕士论文
[1]基于转录组测序的四种鳜属鱼类微卫星标记开发[D]. 瞿春梅.华中农业大学 2013
[2]中华稻蝗若虫和成虫转录组的比较研究及线粒体转录组作图[D]. 吕红娟.陕西师范大学 2012
[3]大黄鱼脾脏转录组和表达谱分析以及过氧化物酶4结构与功能研究[D]. 母尹楠.国家海洋局第三海洋研究所 2011
本文编号：3192956
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 转录组学研究进展
1.1.1 转录组和转录组学
1.1.2 转录组早期研究技术
1.1.3 转录组测序技术(RNA-seq)研究进展及应用
1.2 鱼类转录组研究进展
1.3 分子标记研究进展
1.3.1 分子标记概述
1.3.2 SSR分子标记
1.3.3 SNP分子标记
1.3.4 SSR与SNP在水产动物中的应用
第二章 高通量测序鮸鱼转录组分析及分子标记开发
2.1 实验材料
2.2 实验方法
2.2.1 鮸鱼肝脏、脾脏和肾脏的总RNA提取
2.2.2 cDNA文库的构建和测序
2.2.3 Clean read数据的获得
2.2.4 序列拼接组装
2.2.5 Unigene基因注释和功能分类
2.2.6 SSR及SNP标记位点查找
2.2.7 SSR多态性分析
2.3 结果与讨论
2.3.1 测序产量统计
2.3.2 测序数据从头组装
2.3.3 组装结果的评估和鉴定
2.3.4 Unigenes功能注释
2.3.5 Unigenes的GO功能分类
2.3.6 Unigenes的COG功能分类
2.3.7 Unigenes的KEGG代谢通路分析
2.3.8 免疫相关基因鉴定
2.3.9 SSR分子标记分析
2.3.10 SNP分子标记筛选
2.4 小结
第三章 鮸鱼感染哈维氏弧菌前后脾脏转录组分析
3.1 实验材料
3.2 实验方法
3.2.1 哈维氏弧菌感染实验及取样
3.2.2 基因定量分析
3.2.3 基因差异表达分析
3.3 结果与讨论
3.3.1 测序产量统计
3.3.2 序列组装结果及生物信息学分析
3.3.3 SSR和SNP分子标记筛选
3.3.4 基因定量分析
3.3.5 差异表达基因筛选
3.3.6 差异表达基因表达模式聚类
3.3.7 差异表达基因GO富集分析
3.3.8 差异表达基因通路富集分析
3.3.9 免疫相关的差异表达基因
3.4 小结
结论
参考文献
致谢
在读期间发表的学术论文及研究成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
[2]转录组学在药用植物研究中的应用[J]. 吴琼,孙超,陈士林,罗红梅,李滢,孙永珍,牛云云. 世界科学技术(中医药现代化). 2010(03)
[3]鲤鱼（Cyprinus carpio L.）头长、眼径、眼间距QTL的定位[J]. 刘继红,张研,常玉梅,梁利群,鲁翠云,张晓峰,徐美佳,孙效文. 遗传. 2009(05)
[4]我国3个民族13个SNPs位点多态性及遗传学关系的比较[J]. 王瑞恒,刘利民,赵金玲. 遗传. 2009(03)
[5]长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析[J]. 王长忠,梁宏伟,邹桂伟,罗相忠,李忠,田华,呼光富. 遗传. 2008(10)
[6]病原菌感染宿主的转录组学研究进展[J]. 薛建江,邱景富. 河北北方学院学报(医学版). 2007(05)
[7]适合可变剪接研究的转录组序列分析策略[J]. 王正志,李稚锋,杭兴宜,毛逸清,骆志刚,赵东升,张成岗. 国防科技大学学报. 2006(04)
[8]中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析[J]. 常玉梅,孙效文,梁利群. 水产学报. 2004(05)
[9]鱼类免疫学研究进展[J]. 唐玫,马广智,徐军. 免疫学杂志. 2002(S1)
[10]单核苷酸多态性的研究技术[J]. 罗怀容,施鹏,张亚平. 遗传. 2001(05)
硕士论文
[1]基于转录组测序的四种鳜属鱼类微卫星标记开发[D]. 瞿春梅.华中农业大学 2013
[2]中华稻蝗若虫和成虫转录组的比较研究及线粒体转录组作图[D]. 吕红娟.陕西师范大学 2012
[3]大黄鱼脾脏转录组和表达谱分析以及过氧化物酶4结构与功能研究[D]. 母尹楠.国家海洋局第三海洋研究所 2011
本文编号：3192956
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3192956.html
