三角帆蚌转录组测序及珍珠颜色相关差异表达基因分析
发布时间：2021-05-24 07:10
三角帆蚌（Hyriopsiscumingii）是我国重要的淡水育珠蚌,其生产的珍珠占世界总淡水珍珠的98%以上。珍珠是一种天然的有机宝石,既可作为药物和饰品使用,又可应用于化妆品领域,珍珠的生物学特性使得其在仿生学材料方面的研究逐渐引起研究者的兴趣。颜色对于珍珠来说是影响价值和的质量的重要指标。研究三角帆蚌珍珠颜色的分子调控机制,将有助于实现培育特定颜色珍珠。三角帆蚌珍珠颜色分子机制的分子生物学研究较少,因此,大量挖掘三角帆蚌珍珠颜色相关基因具有重要的理论和实践意义。为筛选影响三角帆蚌珍珠颜色的候选基因,本研究采用转录组测序平台Illumina HiSeqTM 2500对蚌壳珍珠层颜色为紫色和白色的三角帆蚌的中央膜组织进行高通量测序,获得了大量的Unigene序列,筛选出大量SSR分子标记,为三角帆蚌亲缘关系分析、群体遗传学、分子标记辅助育种等相关研究提供参考。主要研究结果如下:1.三角帆蚌转录组测序及分析利用Illumina高通量测序技术对蚌壳珍珠层颜色为白色和紫色的三角帆蚌的中央膜组织进行转录组测序,所得序列经质量控制、拼接组装后注释至NR、Swiss-Prot、COG、KOG、K...
【文章来源】：浙江师范大学浙江省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1 珍珠颜色致色因素研究进展
1.1 金属离子致色
1.2 有机物致色
1.2.1 卟啉致色
1.2.2 类胡萝卜素致色
1.2.3 多烯类物质致色
1.3 结构致色
2 高通量测序在软体贝类中的应用
3 珍珠颜色相关基因研究
4 本研究的目的方法及意义
第二章 三角帆蚌转录组测序分析
1 引言
2 实验材料
2.1 实验动物的采集
2.2 实验仪器
2.3 试剂
3 实验方法
3.1 RNA提取及检测
3.2 文库构建与高通量测序
3.3 转录组的测序数据处理及生物信息学分析
3.3.1 测序数据及其质量控制
3.3.2 转录组测序数据组装
3.3.3 转录组测序文库质量评估
3.3.4 基因的功能注释
3.3.5 三角帆蚌转录组差异表达基因分析
3.3.6 单核苷酸多态性和微卫星的筛查
4 结果与分析
4.1 RNA提取与检测
4.2 测序数据质量情况
4.3 转录组测序数据组装结果
4.4 转录组测序文库质量评估
4.5 Unigene功能注释
4.6 三角帆蚌转录组差异表达基因
4.7 单核苷酸多态性和微卫星的筛查
5 讨论
5.1 三角帆蚌转录组测序分析
5.2 转录组文库注释分析
5.3 不同内壳色三角帆蚌中央膜差异表达基因的分析
5.3.1 差异表达基因的GO注释
5.3.2 差异表达基因的KEGG注释
5.3.3 差异表达基因的Pfam注释
第三章 利用三角帆蚌转录组文库开发微卫星标记
1 引言
2 材料和方法
2.1 实验材料
2.2 实验仪器
2.3 实验试剂
2.4 实验方法
2.4.1 基因组DNA的提取
2.4.2 微卫星标记的查找
2.4.3 引物设计与合成
2.4.4 PCR扩增产物检测
2.4.5 三角帆蚌SSR引物的筛选及遗传多样性分析
2.4.6 数据统计与分析
3 结果
3.1 转录组中SSR标记分析
3.2 三角帆蚌SSR引物筛选结果
3.3 三角帆蚌养殖群体遗传多样性分析
4 讨论
第四章 珍珠颜色相关差异表达基因分析
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验仪器
2.3 实验试剂及耗材
2.4 实验方法
2.4.1 RNA提取与纯化
2.4.2 cDNA合成
2.4.3 引物合成
2.4.4 PCR扩增
2.4.5 实时荧光定量PCR
2.4.6 数据分析
3 结果与分析
3.1 RNA提取结果
3.2 引物序列
3.3 荧光定量结果
3.3.1 HcTyr1荧光定量结果
3.3.2 HcAst荧光定量结果
3.3.3 HcCyt荧光定量结果
3.3.4 HcTDO荧光定量结果
3.3.5 HcUROD荧光定量结果
4 讨论
结论与展望
参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]蛋壳颜色遗传机理研究进展[J]. 毕慧娟,李光奇,杨宁. 畜牧兽医学报. 2016(12)
[2]葡萄牙牡蛎外套膜转录组测序及壳色基因挖掘[J]. 严璐琪,郭香,巫旗生,祁剑飞,宁岳,王晓清,曾志南. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2016(04)
[3]矿物质元素和维生素对鸡蛋壳颜色的影响及其可能机制[J]. 黄选洋,张克英,王建萍,丁雪梅,曾秋凤,白世平. 动物营养学报. 2016(09)
[4]三角帆蚌贝壳珍珠层颜色遗传规律初步研究[J]. 张根芳,张文府,方爱萍. 动物学杂志. 2016(04)
[5]利用转录组测序筛选与鸭青壳性状形成相关的基因[J]. 陈黎,黄学涛,田勇,陶争荣,卢立志. 农业生物技术学报. 2016(07)
[6]金黄色海水珍珠颜色研究进展[J]. 彭艳华. 中国市场. 2016(17)
[7]利用转录组测序方法研究獭兔毛色相关基因[J]. 牛晓艳,任克良,曹亮,李燕平,郑建婷,冯国亮,黄淑芳. 中国草食动物科学. 2016(02)
[8]橘色双冠丽鱼TYR基因的克隆及其发育时序和组织表达分析[J]. 蒋燕玲,宋红梅,刘奕,韦敏侠,汪学杰,胡隐昌,罗建仁. 农业生物技术学报. 2016(05)
[9]鲍壳珍珠层的彩虹色呈色机理探究[J]. 唐利妹,张刚生. 宝石和宝石学杂志. 2015(05)
[10]天然金珍珠和染色金珍珠的致色因素和鉴定分析方法研究进展[J]. 郭倩,徐志. 岩矿测试. 2015(05)
博士论文
[1]铝胁迫下杉木无性系苗若干生理过程及转录组的研究[D]. 马志慧.福建农林大学 2015
[2]三角帆蚌转录组分析与珍珠质量相关基因初步研究[D]. 郑汉丰.上海海洋大学 2015
[3]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012
[4]珍珠层的微结构及其中类胡萝卜素的原位研究[D]. 张刚生.中国科学院广州地球化学研究所 2001
硕士论文
[1]蜥蜴低氧适应的分子机制：西藏沙蜥和草原沙蜥的比较研究[D]. 叶银子.杭州师范大学 2016
[2]转录组分析文冠果幼苗抗冷性机制[D]. 王伟.山东农业大学 2015
[3]三角帆蚌紫色选育系F5育珠性状遗传参数估计及环境互作效应[D]. 李清清.上海海洋大学 2015
[4]三角帆蚌贝壳珍珠层颜色形成相关基因的克隆与表达分析[D]. 罗红瑞.上海海洋大学 2015
[5]淡水有核养殖珍珠宝石学特征及质量影响因素[D]. 王鑫.中国地质大学(北京) 2015
[6]缢蛏转录组文库构建及3个生长基因修复功能初步研究[D]. 王劦.上海海洋大学 2014
[7]两种淡水蚌抗旱反应的转录组差异分析[D]. 罗宇鹏.上海海洋大学 2014
[8]褐飞虱红眼突变型的复眼形态结构及其形成机制初探[D]. 蒋鹏凌.浙江大学 2013
[9]里氏拟石磺线粒体基因组及石磺科四属种贝类转录组分析[D]. 祝红钗.上海海洋大学 2013
[10]金属离子对马氏珠母贝珍珠层颜色和金属硫蛋白基因表达的影响[D]. 逯云召.广东海洋大学 2012
本文编号：3203779
【文章来源】：浙江师范大学浙江省
【文章页数】：97 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1 珍珠颜色致色因素研究进展
1.1 金属离子致色
1.2 有机物致色
1.2.1 卟啉致色
1.2.2 类胡萝卜素致色
1.2.3 多烯类物质致色
1.3 结构致色
2 高通量测序在软体贝类中的应用
3 珍珠颜色相关基因研究
4 本研究的目的方法及意义
第二章 三角帆蚌转录组测序分析
1 引言
2 实验材料
2.1 实验动物的采集
2.2 实验仪器
2.3 试剂
3 实验方法
3.1 RNA提取及检测
3.2 文库构建与高通量测序
3.3 转录组的测序数据处理及生物信息学分析
3.3.1 测序数据及其质量控制
3.3.2 转录组测序数据组装
3.3.3 转录组测序文库质量评估
3.3.4 基因的功能注释
3.3.5 三角帆蚌转录组差异表达基因分析
3.3.6 单核苷酸多态性和微卫星的筛查
4 结果与分析
4.1 RNA提取与检测
4.2 测序数据质量情况
4.3 转录组测序数据组装结果
4.4 转录组测序文库质量评估
4.5 Unigene功能注释
4.6 三角帆蚌转录组差异表达基因
4.7 单核苷酸多态性和微卫星的筛查
5 讨论
5.1 三角帆蚌转录组测序分析
5.2 转录组文库注释分析
5.3 不同内壳色三角帆蚌中央膜差异表达基因的分析
5.3.1 差异表达基因的GO注释
5.3.2 差异表达基因的KEGG注释
5.3.3 差异表达基因的Pfam注释
第三章 利用三角帆蚌转录组文库开发微卫星标记
1 引言
2 材料和方法
2.1 实验材料
2.2 实验仪器
2.3 实验试剂
2.4 实验方法
2.4.1 基因组DNA的提取
2.4.2 微卫星标记的查找
2.4.3 引物设计与合成
2.4.4 PCR扩增产物检测
2.4.5 三角帆蚌SSR引物的筛选及遗传多样性分析
2.4.6 数据统计与分析
3 结果
3.1 转录组中SSR标记分析
3.2 三角帆蚌SSR引物筛选结果
3.3 三角帆蚌养殖群体遗传多样性分析
4 讨论
第四章 珍珠颜色相关差异表达基因分析
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 实验仪器
2.3 实验试剂及耗材
2.4 实验方法
2.4.1 RNA提取与纯化
2.4.2 cDNA合成
2.4.3 引物合成
2.4.4 PCR扩增
2.4.5 实时荧光定量PCR
2.4.6 数据分析
3 结果与分析
3.1 RNA提取结果
3.2 引物序列
3.3 荧光定量结果
3.3.1 HcTyr1荧光定量结果
3.3.2 HcAst荧光定量结果
3.3.3 HcCyt荧光定量结果
3.3.4 HcTDO荧光定量结果
3.3.5 HcUROD荧光定量结果
4 讨论
结论与展望
参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]蛋壳颜色遗传机理研究进展[J]. 毕慧娟,李光奇,杨宁. 畜牧兽医学报. 2016(12)
[2]葡萄牙牡蛎外套膜转录组测序及壳色基因挖掘[J]. 严璐琪,郭香,巫旗生,祁剑飞,宁岳,王晓清,曾志南. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2016(04)
[3]矿物质元素和维生素对鸡蛋壳颜色的影响及其可能机制[J]. 黄选洋,张克英,王建萍,丁雪梅,曾秋凤,白世平. 动物营养学报. 2016(09)
[4]三角帆蚌贝壳珍珠层颜色遗传规律初步研究[J]. 张根芳,张文府,方爱萍. 动物学杂志. 2016(04)
[5]利用转录组测序筛选与鸭青壳性状形成相关的基因[J]. 陈黎,黄学涛,田勇,陶争荣,卢立志. 农业生物技术学报. 2016(07)
[6]金黄色海水珍珠颜色研究进展[J]. 彭艳华. 中国市场. 2016(17)
[7]利用转录组测序方法研究獭兔毛色相关基因[J]. 牛晓艳,任克良,曹亮,李燕平,郑建婷,冯国亮,黄淑芳. 中国草食动物科学. 2016(02)
[8]橘色双冠丽鱼TYR基因的克隆及其发育时序和组织表达分析[J]. 蒋燕玲,宋红梅,刘奕,韦敏侠,汪学杰,胡隐昌,罗建仁. 农业生物技术学报. 2016(05)
[9]鲍壳珍珠层的彩虹色呈色机理探究[J]. 唐利妹,张刚生. 宝石和宝石学杂志. 2015(05)
[10]天然金珍珠和染色金珍珠的致色因素和鉴定分析方法研究进展[J]. 郭倩,徐志. 岩矿测试. 2015(05)
博士论文
[1]铝胁迫下杉木无性系苗若干生理过程及转录组的研究[D]. 马志慧.福建农林大学 2015
[2]三角帆蚌转录组分析与珍珠质量相关基因初步研究[D]. 郑汉丰.上海海洋大学 2015
[3]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012
[4]珍珠层的微结构及其中类胡萝卜素的原位研究[D]. 张刚生.中国科学院广州地球化学研究所 2001
硕士论文
[1]蜥蜴低氧适应的分子机制：西藏沙蜥和草原沙蜥的比较研究[D]. 叶银子.杭州师范大学 2016
[2]转录组分析文冠果幼苗抗冷性机制[D]. 王伟.山东农业大学 2015
[3]三角帆蚌紫色选育系F5育珠性状遗传参数估计及环境互作效应[D]. 李清清.上海海洋大学 2015
[4]三角帆蚌贝壳珍珠层颜色形成相关基因的克隆与表达分析[D]. 罗红瑞.上海海洋大学 2015
[5]淡水有核养殖珍珠宝石学特征及质量影响因素[D]. 王鑫.中国地质大学(北京) 2015
[6]缢蛏转录组文库构建及3个生长基因修复功能初步研究[D]. 王劦.上海海洋大学 2014
[7]两种淡水蚌抗旱反应的转录组差异分析[D]. 罗宇鹏.上海海洋大学 2014
[8]褐飞虱红眼突变型的复眼形态结构及其形成机制初探[D]. 蒋鹏凌.浙江大学 2013
[9]里氏拟石磺线粒体基因组及石磺科四属种贝类转录组分析[D]. 祝红钗.上海海洋大学 2013
[10]金属离子对马氏珠母贝珍珠层颜色和金属硫蛋白基因表达的影响[D]. 逯云召.广东海洋大学 2012
本文编号：3203779
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3203779.html
