基于转录组数据的大鲵免疫功能基因的发掘及EST-SSR的筛选
发布时间：2021-05-25 14:55
大鲵（Andrias davidianus），是现存最大的有尾两栖类动物，同时也是我国独有的珍惜保护动物，具有很高的经济价值。由于上世纪末人为大量捕杀和生存环境的恶化，野生大鲵数量锐减。近年来，由于人工养殖技术和繁殖技术不断地提高，养殖规模的不断扩大，大鲵养殖群体数量得到了快速的恢复，但是野生种群依然没有得到有效的恢复。加之由于公共数据库中缺乏大鲵的遗传信息和基因序列，使得有关大鲵的免疫抗病机制和遗传背景的研究难以深入，因而很难从根本上解决大鲵人工养殖过程中的疾病防治和大鲵野生资源保护所面临的问题。本研究利用Illumina paired-end技术对大鲵皮肤和脾脏进行转录组测序分析。并在此基础上利用所获得的转录组数据对大鲵皮肤和脾脏进行组织差异表达分析，筛选获得皮肤和脾脏特异表达的免疫基因，并采用实时定量PCR对部分特异表达免疫基因进行了表达模式分析，同时筛选一批新的EST-SSR位点，取得如下结果：1.通过测序，从大鲵皮肤和脾脏分别获得20,698,732和20,587,272转录组测序原始数据，总长度分别为4,180,811,139bp和4,158,044,544bp。经过组装，...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 大鲵研究进展
1.1.1 大鲵功能基因研究进展
1.1.2 大鲵遗传多样性研究进展
1.2 第二代测序技术研究进展
1.2.1 RNA-seq 技术简介
1.2.2 RNA-seq 技术应用
1.3 EST-SSR 分子标记研究进展
1.4 研究的目的与意义
第二章 大鲵皮肤和脾脏转录组测序及转录本分析
2.1 引言
2.2 材料方法
2.2.1 实验动物
2.2.2 主要实验设备
2.2.3 主要生物信息分析软件
2.2.4 实验方法
2.3 实验结果
2.3.1 序列组装拼接
2.3.2 大鲵脾脏和皮肤转录组数据库分析
2.3.3 EST-SSR 分子标记的筛选及分析
2.4 讨论
2.4.1 大鲵脾脏和皮肤转录组测序及序列拼接
2.4.2 大鲵脾脏和皮肤基因功能分布及免疫基因组成特点
2.4.3 EST-SSR 出现频率和分布特点
2.5 小结
第三章 大鲵免疫基因筛选鉴定及表达分析
3.1 引言
3.2 材料方法
3.2.1 实验动物
3.2.2 主要实验设备
3.2.3 实验方法
3.3 结果
3.3.1 组织特异性表达分析及免疫基因的筛选
3.3.3 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因表达模式分析
3.3.4 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因细胞定位
3.4 讨论
3.4.1 组织差异表达分析及免疫基因的筛选
3.4.3 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因表达模式分析
3.5 小结
第四章 结论与创新点
结论
创新点
进一步研究内容
参考文献
附录
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]大鲵铁蛋白重链FTH基因的克隆、鉴定及表达分析[J]. 杨辉,李锋刚,蓝青景,胡伟,刘小林,王立新. 水生生物学报. 2014(01)
[2]Transcriptome Sequencing and de novo Analysis for Oviductus Ranae of Rana chensinensis Using Illumina RNA-Seq Technology[J]. Mei Zhang,Yuntong Li,Baojin Yao,Minying Sun,Zhiwu Wang,Yu Zhao. 遗传学报. 2013(03)
[3]A Modified Method for the Development of SSR Molecular Markers Based on Redundant EST Data and Its Application in Soybean[J]. ZHAO Xue*,CHANG Wei*,HAN Ying-peng,TENG Wei-li and LI Wen-bin Key Laboratory of Soybean Biology,Ministry of Education/Soybean Research Institute,Northeast Agricultural University,Harbin 150030,P.R.China. Journal of Integrative Agriculture. 2012(04)
[4]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨. 中国科学:生命科学. 2012(02)
[5]中国大鲵资源现状及保护遗传学研究进展[J]. 雒林通,万红玲,兰小平,李三相. 广东农业科学. 2011(17)
[6]大鲵皮肤cDNA文库构建及Arpc5l基因cDNA序列和组织表达分析[J]. 王立新,郑尧,艾闽,杨辉,杨朝霞. 中国生物化学与分子生物学报. 2011(03)
[7]中国大鲵肌肉、尾脂营养成分分析与评价[J]. 王立新,郑尧,艾闽,王汉勇,杨辉,陈婵娟,易晓贵,赵柯洋. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2011(02)
[8]中国大鲵皮肤营养成分分析[J]. 王立新,郑尧,艾闽,刘宏社,杨辉,张莹莹. 淡水渔业. 2011(01)
[9]大鲵的生物学特性与人工养殖技术[J]. 刘孝华. 江苏农业科学. 2009(04)
[10]心脏肥大发生机制研究进展[J]. 李潞. 沈阳医学院学报. 2009(01)
本文编号：3205537
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 大鲵研究进展
1.1.1 大鲵功能基因研究进展
1.1.2 大鲵遗传多样性研究进展
1.2 第二代测序技术研究进展
1.2.1 RNA-seq 技术简介
1.2.2 RNA-seq 技术应用
1.3 EST-SSR 分子标记研究进展
1.4 研究的目的与意义
第二章 大鲵皮肤和脾脏转录组测序及转录本分析
2.1 引言
2.2 材料方法
2.2.1 实验动物
2.2.2 主要实验设备
2.2.3 主要生物信息分析软件
2.2.4 实验方法
2.3 实验结果
2.3.1 序列组装拼接
2.3.2 大鲵脾脏和皮肤转录组数据库分析
2.3.3 EST-SSR 分子标记的筛选及分析
2.4 讨论
2.4.1 大鲵脾脏和皮肤转录组测序及序列拼接
2.4.2 大鲵脾脏和皮肤基因功能分布及免疫基因组成特点
2.4.3 EST-SSR 出现频率和分布特点
2.5 小结
第三章 大鲵免疫基因筛选鉴定及表达分析
3.1 引言
3.2 材料方法
3.2.1 实验动物
3.2.2 主要实验设备
3.2.3 实验方法
3.3 结果
3.3.1 组织特异性表达分析及免疫基因的筛选
3.3.3 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因表达模式分析
3.3.4 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因细胞定位
3.4 讨论
3.4.1 组织差异表达分析及免疫基因的筛选
3.4.3 大鲵皮肤和脾脏主要免疫基因表达模式分析
3.5 小结
第四章 结论与创新点
结论
创新点
进一步研究内容
参考文献
附录
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]大鲵铁蛋白重链FTH基因的克隆、鉴定及表达分析[J]. 杨辉,李锋刚,蓝青景,胡伟,刘小林,王立新. 水生生物学报. 2014(01)
[2]Transcriptome Sequencing and de novo Analysis for Oviductus Ranae of Rana chensinensis Using Illumina RNA-Seq Technology[J]. Mei Zhang,Yuntong Li,Baojin Yao,Minying Sun,Zhiwu Wang,Yu Zhao. 遗传学报. 2013(03)
[3]A Modified Method for the Development of SSR Molecular Markers Based on Redundant EST Data and Its Application in Soybean[J]. ZHAO Xue*,CHANG Wei*,HAN Ying-peng,TENG Wei-li and LI Wen-bin Key Laboratory of Soybean Biology,Ministry of Education/Soybean Research Institute,Northeast Agricultural University,Harbin 150030,P.R.China. Journal of Integrative Agriculture. 2012(04)
[4]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨. 中国科学:生命科学. 2012(02)
[5]中国大鲵资源现状及保护遗传学研究进展[J]. 雒林通,万红玲,兰小平,李三相. 广东农业科学. 2011(17)
[6]大鲵皮肤cDNA文库构建及Arpc5l基因cDNA序列和组织表达分析[J]. 王立新,郑尧,艾闽,杨辉,杨朝霞. 中国生物化学与分子生物学报. 2011(03)
[7]中国大鲵肌肉、尾脂营养成分分析与评价[J]. 王立新,郑尧,艾闽,王汉勇,杨辉,陈婵娟,易晓贵,赵柯洋. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2011(02)
[8]中国大鲵皮肤营养成分分析[J]. 王立新,郑尧,艾闽,刘宏社,杨辉,张莹莹. 淡水渔业. 2011(01)
[9]大鲵的生物学特性与人工养殖技术[J]. 刘孝华. 江苏农业科学. 2009(04)
[10]心脏肥大发生机制研究进展[J]. 李潞. 沈阳医学院学报. 2009(01)
本文编号：3205537
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3205537.html
