青鱼IKKε/TBK1/IRF信号通路在抗病毒天然免疫中的功能机制研究

发布时间：2021-06-05 15:23

　　鱼类拥有先天免疫系统和获得性免疫系统,但其更加依赖先天免疫系统以抵抗病原微生物（诸如病菌和病毒）的入侵。青鱼是传统的“四大家鱼”之一,也是我国重要的淡水经济鱼类。自然水体和养殖水体中细菌、病毒或者寄生虫引起的疾病对青鱼的健康养殖造成了严重的威胁。为了阐明青鱼先天免疫机制,本论文对病原微生物刺激条件下青鱼组织全长转录组进行了测序分析,同时对先天免疫相关IKKε/TBK1/IRF信号通路进行了阐释。本论文内容之一是采用第三代测序技术对青鱼进行全长转录组测序,并通过生物信息学方法对测序结果进行分析,主要研究结果如下:借助Pacbio Sequel测序系统,将草鱼呼肠孤病毒（GCRV）以及迟缓爱德华氏菌（Edwardsiella tarda）刺激之后的青鱼脾脏、肝脏和肾脏总RNA逆转录之后等量混合测序,得到的总reads数5663655条,总数据量为10.9 G。通过对转录本进行质量控制,得到高质量的Isform 7183条,低质量的Isform 49942条。结合之前得到的青鱼二代转录组信息,从两种质量的Isform中筛选出35608条Unigene。通过BUSCO数据库进行数据的完整性评估... 

【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校

【文章页数】：132 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

全长转录组测序样品RNA电泳图

图 2-2 原始序列长度分布图Figure 2-2 Length distribution of original sequence质控 subreads 质量较低且有嵌合体，经过 ccs、classify、，最终得到低质量 Isoform 序列和准确度大于 本次研究低质量 Isoform 序列共 49942 条，最短低长低质量 Isoform 长度 14754 bp，平均长度为 24 7183 条，最短高质量 Isoform 长度 277 bp，最长，平均长度为 2519 bp。表 2-2 高、低质量（hq、lq）Isoform 序列长度统计表Table 2-2 Sequence length of high quality and low quality Iso列总碱基数（bp）最短序列 最长序列

图 2-3 高质量（hq）全长转录本长度分布图Figure 2-3 Distribution of high quality full length transcript图 2-4 低质量（lq）全长转录本长度分布图

【参考文献】：
期刊论文
[1]鱼类免疫系统的研究进展[J]. 张媛媛,宋理平.  河北渔业. 2018(02)
[2]鱼类免疫系统的研究进展[J]. 王俊相,李玉萍,孔令富,李莲军.  四川畜牧兽医. 2010(07)
[3]鱼类免疫系统的早期发生[J]. 张士璀,李欣,汲广东.  中国海洋大学学报(自然科学版). 2007(04)
[4]免疫刺激剂对养殖鱼类免疫系统的影响[J]. 张建东,曹振杰.  齐鲁渔业. 2005(06)
[5]鱼类免疫系统的研究进展[J]. 孙德文,詹勇,许梓荣.  水利渔业. 2002(06)
[6]鱼类免疫机制与疾病防治[J]. 赵红霞,詹勇,许梓荣.  辽宁畜牧兽医. 2002(01)
[7]鱼细菌性肠炎病及其防治[J]. 陈国成.  福建农业. 1995(04)
[8]青鱼出血病的初步研究[J]. 翟子玉,柯鸿文,俞豪祥,顾震南,李秀珍,曹淑琴,龚明耀.  水产科技情报. 1985(01)



本文编号：3212418