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大菱鲆热胁迫相关功能基因分析及耐高温性状QTL区间内共享标记筛选

发布时间:2021-06-05 18:51
  大菱鲆(Scophthalmus maximus)属于鲽形目、鲆科、菱鲆属,二十世纪九十年―跨洋引种‖引入我国,大菱鲆对夏季高温耐受能力较差。因受水温条件限制,我国北方主要采用―养殖大棚+深井海水‖模式进行养殖,但近年来,随着地下海水的匮乏、南北接力养殖模式的出现,养殖生产中对大菱鲆耐高温新品种的需求日益增加。另外,随着分子技术的发展,应用分子生物学手段,加快开展大菱鲆耐热性状的分子机制研究,对于培育耐高温的养殖品种具有较大的研究意义。本研究论文通过高通量测序手段,建立了大菱鲆热应激条件下肾脏转录组数据库,其中泛素蛋白酶体系相关的差异基因被显著富集,对关键基因开展分子克隆及功能验证,对于热应激分子机制研究提供数据参考及理论支持;同时在本实验室获得的耐高温QTL基础上,开展共享QTL标记挖掘,为分子标记育种研究提供可靠的标记基础。具体研究结果如下:1.为探索大菱鲆耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏进行转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等。获得... 

【文章来源】:上海海洋大学上海市

【文章页数】:62 页

【学位级别】:硕士

【部分图文】:

大菱鲆热胁迫相关功能基因分析及耐高温性状QTL区间内共享标记筛选


Unigene长度分布图

功能分类


Unigenes的GO功能分类图

功能分类


图 2-5 Unigenes 的 KOG 功能分类Fig 2-5 KOG function classification of unigenes2.2.6 Unigenes 的 KEGG 分析结合 KEGG 数据库注释信息,进一步将大菱鲆肾脏 Unigenes 进行 pathway注释,其中有 15488 个 unigenes 获得对应的 Ko 编号,归属于 218 条代谢通路,分类为 5 类 KEGG 途径:代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统。其中,代谢途径主要包括碳水化合物代谢通路、氨基酸代谢通路、能量代谢通路、脂类代谢通路,核苷酸代谢通路等,占据 KO 注释 unigenes 的 25.4%(3941 条);遗传信息处理主要包括翻译,折叠、分选和相互作用,转录,复制和修复等,共注释到 1907 条 unigenes,占 12.3%;细胞过程主要由转运和代谢作用,细胞生长与死亡,运输分解代谢,细胞连接等组成,共注释到 2927 条unigenes,占 18.9%;环境信息主要包括信号转导,信号分子与相互作用,共注释 3230 条 unigenes,占 20.8%;此外 2161 条 unigenes 被注释到生物系统中。基因数量

【参考文献】:
期刊论文
[1]大菱鲆(Scophthalmus maximus)蛋白质二硫键异构酶SmPDIA3的表达分析和功能验证[J]. 唐启政,孙志宾,王新安,马爱军,杨双双,黄智慧.  海洋与湖沼. 2019(02)
[2]转录组测序技术在生物学研究中的现状及展望[J]. 杨峰,车天宇,米璐,马丽娜,谢遇春,李金泉,刘志红.  畜牧与兽医. 2019(03)
[3]植物逆境相关C2H2型锌指蛋白的研究进展[J]. 赵丽娟,易小娅,曾幼玲.  分子植物育种. 2016(03)
[4]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇.  水产学报. 2015(04)
[5]循环水养殖条件下水温对大菱鲆氨氮排泄、转氨酶及免疫因子的影响[J]. 王晓晨,孙国祥,李勇,周邦维,赵宁宁,柳阳,于凯松.  渔业现代化. 2014(06)
[6]缺氧诱导因子1降解-泛素化研究进展[J]. 李启荣,师永红.  中华肿瘤防治杂志. 2013(17)
[7]松江鲈鱼皮肤的显微和亚显微结构[J]. 蒋鑫,潘连德,马召腾.  动物学杂志. 2012(04)
[8]中国大菱鲆养殖20年成就和展望——庆祝大菱鲆引进中国20周年[J]. 雷霁霖,刘新富,关长涛.  渔业科学进展. 2012(04)
[9]动物黏液:屏障效应及黏附机制[J]. 程晓航,易华伟,白秀琴,袁成清,谢浩.  科学通报. 2012(22)
[10]大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温品系选育及耐温性能评估[J]. 马爱军,黄智慧,王新安,郭黎,雷霁霖,杨志,曲江波.  海洋与湖沼. 2012(04)

博士论文
[1]基于microRNA-mRNA联合分析对内蒙古绒山羊绒毛生长周期及启动调控的研究[D]. 赵濛.内蒙古农业大学 2016
[2]大菱鲆耐高温性状选育及遗传机理研究[D]. 黄智慧.中国海洋大学 2014
[3]鲤生长性状主效QTL育种潜力评估及其在染色体上的定位[D]. 鲁翠云.上海海洋大学 2014

硕士论文
[1]拥挤胁迫和亚硝酸盐胁迫对草鱼应激相关基因和泛素—蛋白酶体系统的影响[D]. 孙怡晴.华中农业大学 2018
[2]基于大菱鲆皮肤组织转录组的抗逆基因克隆、表达及功能研究[D]. 唐启政.上海海洋大学 2018
[3]高温逆境下大菱鲆体表生理生化特性研究[D]. 黄智慧.中国海洋大学 2010
[4]C2H2型锌指蛋白--ZNFD的生物学功能初探[D]. 雷陈.苏州大学 2010



本文编号:3212710

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