大黄鱼（Larimichthys crocea）肠道细菌分子生态学研究

发布时间：2021-07-18 20:39

　　大黄鱼（Larimichthys crocea）又名黄鱼、黄花鱼,分类上属硬骨鱼纲（Osteichthyes）,鲈形目（Perciformes）,石首鱼科（Sciaenidae）,黄鱼属（Larimichthys）。是我国单一品种养殖产量最高的海水鱼,也是我国六大优势出口水产品之一。肠道微生物是生物体的重要组成部分,是宿主的“外在器官”。了解大黄鱼肠道微生物的群落结构、动态变化及其影响因素对于促进我国大黄鱼产业的持续、健康发展具有重要意义。本研究采用不依赖于培养的PCR-DGGE、构建克隆文库和高通量测序以及传统的分离培养等四种方法,首次对不同发育生长时期大黄鱼肠道及相应时期的养殖水体和饲料中细菌的群落结构及相互之间的关系进行了研究,研究结果如下:1.不同发育时期的大黄鱼肠道细菌群落结构存在明显的差异。生长早期大黄鱼比一龄鱼肠道细菌的多样性高。梭杆菌门（Fusobacteria）主要存在于一龄鱼,而α-变形杆菌纲（α-Proteobacteria）主要存在于生长早期;拟杆菌门（Bacteroidetes）在早期和一龄大黄鱼肠道中丰度都不高;构建克隆文库的方法研究结果表明26日龄的肠道中... 

【文章来源】：集美大学福建省

【文章页数】：95 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 鱼类肠道微生物的研究概况
        1.1.1 肠道微生物的组成
        1.1.2 肠道细菌的形成、特性及影响因素
        1.1.3 肠道细菌的生理功能
        1.1.4 肠道微生物的研究方法
        1.1.5 鱼类肠道微生物的研究进展
    1.2 大黄鱼的研究概况
    1.3 本研究的目的和意义
第2章 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 样品来源及相关信息
        2.1.2 主要药品试剂
        2.1.3 主要仪器设备
        2.1.4 引物
    2.2 试验方法
        2.2.1 实验流程
        2.2.2 样品的采集、保存与处理
        2.2.3 总DNA的提取
        2.2.4 16S rRNA基因克隆文库的构建
        2.2.5 变性梯度凝胶电泳（DGGE）
        2.2.6 肠道细菌的分离培养及分子鉴定
        2.2.7 序列分析及系统进化树的构建
        2.2.8 肠道样品高通量测序
第3章 结果和分析
    3.1 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体细菌 16S rRNA基因克隆文库的构建与分析
        3.1.1 克隆文库RFLP结果分析
        3.1.2 OTUs和多样性指数分析
        3.1.3 各克隆文库细菌构成
        3.1.4 系统进化分析
    3.2 大黄鱼肠道细菌的分离培养
        3.2.1 菌落形态记录、分类和计数
        3.2.2 细菌的分离与纯化
        3.2.3 RFLP分析
        3.2.4 OTUs分析
        3.2.5 序列比对和系统进化分析
    3.3 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体中细菌 16S rRNA基因的DGGE图谱分析
        3.3.1 PCR扩增结果
        3.3.2 DGGE图谱与聚类分析
        3.3.3 序列分析
    3.4 一龄和12日龄养殖大黄鱼肠道样品细菌 16S rRNA基因V4--V5区的高通量测序
        3.4.1 细菌多样性统计分析
        3.4.2 肠道细菌群落不同分类层次的组成与分布
第4章 讨论
    4.1 大黄鱼肠道细菌群落结构
    4.2 大黄鱼不同发育阶段肠道细菌的群落结构及动态变化
    4.3 大黄鱼养殖水体及饲料中细菌的群落结构
    4.4 不同研究方法的比较
第5章 小结
    5.1 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体细菌 16S rRNA基因克隆文库的构建与分析
    5.2 大黄鱼肠道细菌的分离培养
    5.3 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体中细菌 16S rRNA基因的DGGE图谱分析
    5.4 一龄和12日龄养殖大黄鱼肠道样品细菌 16S rRNA基因V4-V5区的高通量测序62致谢
致谢
参考文献
附录
在学期间发表论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]宏基因组学技术在微生物功能酶开发中的应用[J]. 金浩,李柏林,潘迎捷,欧杰,陈兰明.  生物技术通报. 2012(09)
[2]斑马鱼肠道细菌的分离与生理生化特性[J]. 吕爱军,杨正行,刘欢,胡秀彩,张艳华,程超.  中国农学通报. 2010(24)
[3]来自大黄鱼（Pseudosciaena crocea）肠道的弧菌拮抗菌的筛选与鉴定[J]. 王娟,封永辉,蔡立胜,王建,曲宪成,张庆华.  海洋与湖沼. 2010(05)
[4]鲤鱼肠道细菌的分离及其生理生化特性研究[J]. 胡秀彩,李会,吕爱军.  中国农学通报. 2010(14)
[5]对新捕获与流通过程中大黄鱼新鲜度与细菌种群的研究[J]. 郭全友,杨宪时,许钟,李学英.  食品与机械. 2010(04)
[6]鲫鱼肠道细菌菌群初步分析[J]. 侯进慧,陈宏伟,曹泽虹,高兆建,蔡侃.  食品科学. 2010(11)
[7]鮸鱼弧菌病病原菌(哈维氏弧菌)的分离与鉴定[J]. 张凤萍,彭志兰,张健,柳敏海,傅荣兵,罗海忠.  微生物学报. 2010(03)
[8]圆白鲳消化道菌群PCR-DGGE基因指纹图谱构建[J]. 周志刚,石鹏君,姚斌,何夙旭.  上海水产大学学报. 2008(02)
[9]青石斑鱼肠道菌群研究[J]. 覃映雪,王晓林,鄢庆枇,王赟,叶冬凤.  海洋水产研究. 2007(05)
[10]PCR-DGGE对长江河口八种野生鱼类肠道菌群多样性的比较研究[J]. 李可俊,管卫兵,徐晋麟,张延,赵立平.  中国微生态学杂志. 2007(03)

硕士论文
[1]不同生长阶段大黄鱼的蛋白质和蛋/能比营养研究[D]. 林淑琴.中国海洋大学 2013
[2]养殖鱼肠道菌群分子生态的研究[D]. 黄光祥.华中农业大学 2008
[3]草鱼早期发育阶段细菌群落的研究[D]. 祝东梅.华中农业大学 2008
[4]大黄鱼两株病原弧菌拮抗菌的研究[D]. 郭国军.集美大学 2007
[5]草鱼肠道菌群的变化和免疫机能的关系[D]. 李莉.华中农业大学 2003



本文编号：3290322