基于转录组测序的中华鳖微卫星标记的开发及MSTN基因的克隆表达
发布时间：2021-07-24 23:28
中华鳖（Pelodiscus Sinensis），隶属于爬行纲（Reptilia）、龟鳖目（Testudinata）、鳖科（Trionychidae）、鳖属（Pelodiscus），其肉质鲜嫩、风味鲜美独特，自古以来就是深受消费者喜爱的滋补珍品。近年来随着生活水平的提高，中华鳖的消费量呈逐年上升趋势，其养殖规模也逐年扩大。然而自上世纪九十年代以来，由于大量境外走私鳖涌入我国，加之各养殖场间相互引种、和近亲繁殖，导致中华鳖的种质性状出现退化，严重影响了中华鳖产业的可持续发展，因此种质保护和良种选育是中华鳖养殖产业亟待解决的重要课题。为此本文采用转录组测序技术，开发了与生长性状相关的中华鳖EST-SSR标记，分析了与经济性状关联的基因位点，并对中华鳖四个不同养殖群体的遗传结构和遗传多样性进行了分析；开展了中华鳖MSTN （Myostatin）基因的克隆及表达分析，为寻找挖掘中华鳖生长性状相关基因的分子结构和功能，及其遗传育种等工作奠定了一定的科学基础。主要研究结果如下：1基于中华鳖转录组测序的EST-SSR标记的开发、验证根据中华鳖转录组测序获得的文库序列，通过MSATCOMMANDER来...
【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-seq的实验流程
图 2 MSTN 基因和蛋白质的结构图（引自张利媛等，2006)[32]Fig.2 Structure diagram of MSTN genic and protein3.3 MSTN 基因的表达Mostatin 基因在表达时，先合成前体蛋白（52kD），该前体蛋白一般包括信号肽、N-末端前肽区（26kD）和 C-末端成熟肽结构域（12.5kD）三部分组成，前体蛋白经过两次蛋白酶水解后，生成 C-末端成熟区和 N - 端前肽，生成的 26 ku 的成熟糖蛋白被分泌至胞外，而 N - 端前肽在在 RSRR 区被切除掉大部分（266 个氨基酸），剩余的成熟区（109 个氨基酸）通过其中的 9 个半胱氨酸形成二硫键形成的二聚体与 N-端前肽形成复合物，再与细胞膜上的受体发生相互作用引发磷酸化，触发 TGF-β 等一系列信号传导途径，通过 3 种 SMAD 蛋白的介导将信号传人细胞核，作用于靶基因的调控区。在哺乳动物中，MSTN 在骨骼肌中高度表达[31]后来的一系列研究发现，然而不同物种中的表达又有所差异。Sbarma 等[33]在研究牛
图3 . MSTN对成肌细胞的细胞周期进程调控Fig.3 Regulation of MSTN on cell cycle of myoblast3.4.2 MSTN 对 Smads 的调控目前，对于MSTN的信号传导途径，一致认为的是MSTN - ActRⅡ B 型受体（蛋白激酶受体） - Smad蛋白信号传导通路。其中Smads蛋白可以通过磷酸化和与蛋白质间的相互作用进行信号的传递，与转录因子结合进而调节靶基因的表达水平，目前鉴定出Smads蛋白是TGF-β信号通路中的唯一底物。在此信号传导途径中，具体的过程是MSTN先与成肌细胞膜上的A ctRⅡ B型受体结合后形成复合物，活化Ⅱ型受体蛋白激酶后，Ⅱ型受体将Ⅰ型受体的GS区域磷酸化，从而激活Ⅰ型受体蛋白激酶，获得活性的Ⅰ型受体蛋白激酶再将Smad3蛋白磷酸化，上述两此磷酸化是介导TGF- β家族信号传递非常关键，最后再通过胞质内一系列受体的活化过程，
【参考文献】：
期刊论文
[1]中华鳖（Pelodiscus sinensis）摩氏摩根菌（Morganella morganii）的鉴定及致病性研究[J]. 孔蕾,朱凝瑜,贝亦江,丁雪燕,陈健舜. 海洋与湖沼. 2013(03)
[2]中华鳖的体重与形态特征的关联分析[J]. 马晓,王晓清,杜海波,熊钢,王璐明,夏建海. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2013(02)
[3]中华鳖表达序列标签资源中的微卫星信息分析[J]. 许晓军,张海琪,张超,何中央. 经济动物学报. 2013(01)
[4]De-novo characterization of the soft-shelled turtle Pelodiscus sinensis transcriptome using Illumina RNA-Seq technology[J]. Wei WANG 1,Cai-yan LI 1,Chu-tian GE 1,Lei LEI 2,You-ling GAO 1,Guo-ying QIAN 1(1 Zhejiang Provincial Top Key Discipline of Modern Microbiology and Application,College of Biological and Environmental Sciences,Zhejiang Wanli University,Ningbo 315100,China)(2 Henan Provincial Bureau of Animal Husbandry,Zhengzhou 450008,China). Journal of Zhejiang University-Science B（Biomedicine & Biotechnology）. 2013(01)
[5]不同鹅种肌肉生长抑制素基因表达差异研究[J]. 汤青萍,章双杰,宋迟,赵东伟,邹剑敏. 现代农业科技. 2012(23)
[6]红原鸡全基因组中微卫星分布规律研究[J]. 黄杰,杜联明,李玉芝,李午佼,张修月,岳碧松. 四川动物. 2012(03)
[7]牙鲆骨骼生长性状与微卫星标记的相关性分析[J]. 安泉泉,刘海金,王桂兴,刘永新,刘奕,司飞. 水产学报. 2012(05)
[8]中华鳖5个群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 刘阳,史燕,朱新平,赵建,周贵谭,洪孝友. 基因组学与应用生物学. 2012(02)
[9]镜鲤体长、体高、体厚性状QTL定位分析[J]. 郑先虎,匡友谊,鲁翠云,王宣朋,李文升,吕伟华,孙效文. 遗传. 2011(12)
[10]红鳍东方鲀两个群体的遗传结构及与经济性状的相关性分析[J]. 万玉美,王蕾,谭照君,赵海涛,李恒德,孙效文. 淡水渔业. 2011(05)
博士论文
[1]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012
[2]猪肌生成抑制素cDNA的克隆、表达及其组织器官表达谱的研究[D]. 李慎涛.中国人民解放军军需大学 2001
本文编号：3301646
【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-seq的实验流程
图 2 MSTN 基因和蛋白质的结构图（引自张利媛等，2006)[32]Fig.2 Structure diagram of MSTN genic and protein3.3 MSTN 基因的表达Mostatin 基因在表达时，先合成前体蛋白（52kD），该前体蛋白一般包括信号肽、N-末端前肽区（26kD）和 C-末端成熟肽结构域（12.5kD）三部分组成，前体蛋白经过两次蛋白酶水解后，生成 C-末端成熟区和 N - 端前肽，生成的 26 ku 的成熟糖蛋白被分泌至胞外，而 N - 端前肽在在 RSRR 区被切除掉大部分（266 个氨基酸），剩余的成熟区（109 个氨基酸）通过其中的 9 个半胱氨酸形成二硫键形成的二聚体与 N-端前肽形成复合物，再与细胞膜上的受体发生相互作用引发磷酸化，触发 TGF-β 等一系列信号传导途径，通过 3 种 SMAD 蛋白的介导将信号传人细胞核，作用于靶基因的调控区。在哺乳动物中，MSTN 在骨骼肌中高度表达[31]后来的一系列研究发现，然而不同物种中的表达又有所差异。Sbarma 等[33]在研究牛
图3 . MSTN对成肌细胞的细胞周期进程调控Fig.3 Regulation of MSTN on cell cycle of myoblast3.4.2 MSTN 对 Smads 的调控目前，对于MSTN的信号传导途径，一致认为的是MSTN - ActRⅡ B 型受体（蛋白激酶受体） - Smad蛋白信号传导通路。其中Smads蛋白可以通过磷酸化和与蛋白质间的相互作用进行信号的传递，与转录因子结合进而调节靶基因的表达水平，目前鉴定出Smads蛋白是TGF-β信号通路中的唯一底物。在此信号传导途径中，具体的过程是MSTN先与成肌细胞膜上的A ctRⅡ B型受体结合后形成复合物，活化Ⅱ型受体蛋白激酶后，Ⅱ型受体将Ⅰ型受体的GS区域磷酸化，从而激活Ⅰ型受体蛋白激酶，获得活性的Ⅰ型受体蛋白激酶再将Smad3蛋白磷酸化，上述两此磷酸化是介导TGF- β家族信号传递非常关键，最后再通过胞质内一系列受体的活化过程，
【参考文献】：
期刊论文
[1]中华鳖（Pelodiscus sinensis）摩氏摩根菌（Morganella morganii）的鉴定及致病性研究[J]. 孔蕾,朱凝瑜,贝亦江,丁雪燕,陈健舜. 海洋与湖沼. 2013(03)
[2]中华鳖的体重与形态特征的关联分析[J]. 马晓,王晓清,杜海波,熊钢,王璐明,夏建海. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2013(02)
[3]中华鳖表达序列标签资源中的微卫星信息分析[J]. 许晓军,张海琪,张超,何中央. 经济动物学报. 2013(01)
[4]De-novo characterization of the soft-shelled turtle Pelodiscus sinensis transcriptome using Illumina RNA-Seq technology[J]. Wei WANG 1,Cai-yan LI 1,Chu-tian GE 1,Lei LEI 2,You-ling GAO 1,Guo-ying QIAN 1(1 Zhejiang Provincial Top Key Discipline of Modern Microbiology and Application,College of Biological and Environmental Sciences,Zhejiang Wanli University,Ningbo 315100,China)(2 Henan Provincial Bureau of Animal Husbandry,Zhengzhou 450008,China). Journal of Zhejiang University-Science B（Biomedicine & Biotechnology）. 2013(01)
[5]不同鹅种肌肉生长抑制素基因表达差异研究[J]. 汤青萍,章双杰,宋迟,赵东伟,邹剑敏. 现代农业科技. 2012(23)
[6]红原鸡全基因组中微卫星分布规律研究[J]. 黄杰,杜联明,李玉芝,李午佼,张修月,岳碧松. 四川动物. 2012(03)
[7]牙鲆骨骼生长性状与微卫星标记的相关性分析[J]. 安泉泉,刘海金,王桂兴,刘永新,刘奕,司飞. 水产学报. 2012(05)
[8]中华鳖5个群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 刘阳,史燕,朱新平,赵建,周贵谭,洪孝友. 基因组学与应用生物学. 2012(02)
[9]镜鲤体长、体高、体厚性状QTL定位分析[J]. 郑先虎,匡友谊,鲁翠云,王宣朋,李文升,吕伟华,孙效文. 遗传. 2011(12)
[10]红鳍东方鲀两个群体的遗传结构及与经济性状的相关性分析[J]. 万玉美,王蕾,谭照君,赵海涛,李恒德,孙效文. 淡水渔业. 2011(05)
博士论文
[1]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012
[2]猪肌生成抑制素cDNA的克隆、表达及其组织器官表达谱的研究[D]. 李慎涛.中国人民解放军军需大学 2001
本文编号：3301646
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