缢蛏转录组文库构建及3个生长基因修复功能初步研究
发布时间：2021-07-28 05:08
缢蛏（Sinonovacula constricta Lamarck）是我国重要海产滩涂贝类之一，与牡蛎、泥蚶、文蛤一起被称为我国四大养殖贝类。对缢蛏生长基因的研究对缢蛏育种、养殖等有重要意义。本研究建立了缢蛏转录组文库，从中获得缢蛏肌肉生长抑制素基因（Myostatin）、表皮生长因子受体基因（EGFR）和成纤维细胞生长因子受体基因（FGFR）序列，分别对他们的分子特性进行分析，并利用实时荧光定量PCR技术分析这三个基因在不同组织和发育阶段以及水管受创后的表达情况及修复功能。1.缢蛏转录组特征分析，注释添加以及分子标记多态性分析采用新一代454GS FLX高通量测序技术，首次构建了缢蛏转录组文库，共拼接得到859313条reads，平均长度为486bp。经过筛选获得147669条非冗余EST，有14615条EST（9.9%）与已知基因显著匹配，其中重叠群（contig）与单一序列（singleton）分别占21.0%和79.0%。通过与蛋白质库比对，将基因语义注释匹配到对应的序列片段后，共获得4724条GO分类信息，主要分为三大类：分子功能、生物学过程及细胞组分。筛选获得了一系列与缢...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：96 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
缢蛏转录组EST文库中reads（A）与contigs（B）片段长度分布
73, 74]。在比对过程中，占51.5%的配对来自于无脊椎动物或非哺乳类脊椎动物（图2-2），如S.kowalevskii, S. purpuratus, A. gambiae, N. vectensis, O. niloticus, D. rerio, X. tropicalis,C. intestinalis, I. scapularis以及A. carolinensis，这个现象充分证明了上述的推断。通过分析发现，有总计1019条序列（6.9%）与27个双壳贝类的基因匹配；匹配数最高的5个物种分别是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（图2-3）。由于关于S.constricta遗传信息十分有限，因此只有8条注释序列与S. constricta匹配。通过与SWISS-Prot，TrEMBL数据库中已知蛋白比对，将基因语义注释（GeneOntology（GO） term）匹配到对应的序列。获得总计4724条GO分类信息，包含6663条序列。GO分类体系被分为三大类：分子功能（molecular function）
通过分析发现，有总计1019条序列（6.9%）与27个双壳贝类的基因匹配；匹配数最高的5个物种分别是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（图2-3）。由于关于S.constricta遗传信息十分有限，因此只有8条注释序列与S. constricta匹配。通过与SWISS-Prot，TrEMBL数据库中已知蛋白比对，将基因语义注释（GeneOntology（GO） term）匹配到对应的序列。获得总计4724条GO分类信息，包含6663条序列。GO分类体系被分为三大类：分子功能（molecular function），生物学过程（biological process）以及细胞组分（cellular component）[75]。在GO分类体系中，分子功能、生物学过程和细胞组分3个大的类别被划分为更详细的小类，图2-4是基因在这些小类别中分布的总体情况（图2-4）。这一分类显示基因表达谱的总体情况。在分子功能大类中
【参考文献】：
期刊论文
[1]锌指核酸酶技术制备肌肉生长抑制素基因敲除的五指山小型猪成纤维细胞[J]. 曹随忠,岳成鹤,李西睿,冯冲,龙川,潘登科. 遗传. 2013(06)
[2]Molecular basis and genetic improvement of economically important traits in aquaculture animals[J]. GUI JianFang* & ZHU ZuoYan State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Chinese Science Bulletin. 2012(15)
[3]僧帽牡蛎EGFR基因的原核表达及其在幼体附着变态过程中的表达特性[J]. 韩国栋,杨丙晔,秦骥,柯才焕. 厦门大学学报(自然科学版). 2012(02)
[4]生长激素与胰岛素样生长因子-Ⅰ对马氏珠母贝壳生长形成相关基因表达的影响[J]. 张立娟,何毛贤. 热带海洋学报. 2012(02)
[5]缢蛏种群遗传多样性的周年变异分析[J]. 牛东红,刘达博,陈慧,冯冰冰,林国文,李家乐. 生物技术通报. 2012(01)
[6]乐清湾养殖缢蛏群体遗传结构的微卫星标记分析[J]. 刘博,邵艳卿,滕爽爽,柴雪良,肖国强. 中国农学通报. 2012(02)
[7]缢蛏ScHsc70 cDNA的分子特性和表达分析[J]. 冯冰冰,牛东红,钟玉民,陈慧,林国文,李家乐. 中国水产科学. 2012(01)
[8]SSR分子标记技术在生物遗传学领域的应用[J]. 杨文柱,焦燕. 安徽农业科学. 2012(02)
[9]表皮生长因子受体基因（EGFR）多态性及其与山羊产羔数的相关分析[J]. 宋文静,王凭青,张宝云,储明星,孔祥军,谭颖,樊奇,刘重旭. 农业生物技术学报. 2011(06)
[10]DNA分子标记及其在水产动物研究中的应用[J]. 姚一彬,刘巧林,周伟,刘敏,黎玉元. 湖南饲料. 2011(06)
本文编号：3307282
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：96 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
缢蛏转录组EST文库中reads（A）与contigs（B）片段长度分布
73, 74]。在比对过程中，占51.5%的配对来自于无脊椎动物或非哺乳类脊椎动物（图2-2），如S.kowalevskii, S. purpuratus, A. gambiae, N. vectensis, O. niloticus, D. rerio, X. tropicalis,C. intestinalis, I. scapularis以及A. carolinensis，这个现象充分证明了上述的推断。通过分析发现，有总计1019条序列（6.9%）与27个双壳贝类的基因匹配；匹配数最高的5个物种分别是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（图2-3）。由于关于S.constricta遗传信息十分有限，因此只有8条注释序列与S. constricta匹配。通过与SWISS-Prot，TrEMBL数据库中已知蛋白比对，将基因语义注释（GeneOntology（GO） term）匹配到对应的序列。获得总计4724条GO分类信息，包含6663条序列。GO分类体系被分为三大类：分子功能（molecular function）
通过分析发现，有总计1019条序列（6.9%）与27个双壳贝类的基因匹配；匹配数最高的5个物种分别是C. gigas （17.6%）, M. galloprovincialis （8.4%）, H. discus（6.5%）, C. farreri （6.5%）和R. philippinarum （5.1%）（图2-3）。由于关于S.constricta遗传信息十分有限，因此只有8条注释序列与S. constricta匹配。通过与SWISS-Prot，TrEMBL数据库中已知蛋白比对，将基因语义注释（GeneOntology（GO） term）匹配到对应的序列。获得总计4724条GO分类信息，包含6663条序列。GO分类体系被分为三大类：分子功能（molecular function），生物学过程（biological process）以及细胞组分（cellular component）[75]。在GO分类体系中，分子功能、生物学过程和细胞组分3个大的类别被划分为更详细的小类，图2-4是基因在这些小类别中分布的总体情况（图2-4）。这一分类显示基因表达谱的总体情况。在分子功能大类中
【参考文献】：
期刊论文
[1]锌指核酸酶技术制备肌肉生长抑制素基因敲除的五指山小型猪成纤维细胞[J]. 曹随忠,岳成鹤,李西睿,冯冲,龙川,潘登科. 遗传. 2013(06)
[2]Molecular basis and genetic improvement of economically important traits in aquaculture animals[J]. GUI JianFang* & ZHU ZuoYan State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Chinese Science Bulletin. 2012(15)
[3]僧帽牡蛎EGFR基因的原核表达及其在幼体附着变态过程中的表达特性[J]. 韩国栋,杨丙晔,秦骥,柯才焕. 厦门大学学报(自然科学版). 2012(02)
[4]生长激素与胰岛素样生长因子-Ⅰ对马氏珠母贝壳生长形成相关基因表达的影响[J]. 张立娟,何毛贤. 热带海洋学报. 2012(02)
[5]缢蛏种群遗传多样性的周年变异分析[J]. 牛东红,刘达博,陈慧,冯冰冰,林国文,李家乐. 生物技术通报. 2012(01)
[6]乐清湾养殖缢蛏群体遗传结构的微卫星标记分析[J]. 刘博,邵艳卿,滕爽爽,柴雪良,肖国强. 中国农学通报. 2012(02)
[7]缢蛏ScHsc70 cDNA的分子特性和表达分析[J]. 冯冰冰,牛东红,钟玉民,陈慧,林国文,李家乐. 中国水产科学. 2012(01)
[8]SSR分子标记技术在生物遗传学领域的应用[J]. 杨文柱,焦燕. 安徽农业科学. 2012(02)
[9]表皮生长因子受体基因（EGFR）多态性及其与山羊产羔数的相关分析[J]. 宋文静,王凭青,张宝云,储明星,孔祥军,谭颖,樊奇,刘重旭. 农业生物技术学报. 2011(06)
[10]DNA分子标记及其在水产动物研究中的应用[J]. 姚一彬,刘巧林,周伟,刘敏,黎玉元. 湖南饲料. 2011(06)
本文编号：3307282
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