低盐、高亚硝酸盐胁迫日本囊对虾转录组分析及MjTPS基因克隆和功能研究
发布时间：2021-08-14 16:01
日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）是中国沿海地区最具有经济价值的虾类之一。低盐和高亚硝酸盐氮是环境胁迫的两个重要因子,与虾类的生长、存活和免疫调节密切相关。研究低盐和高亚硝酸盐氮胁迫日本囊对虾的分子机制,为日本囊对虾的健康养殖提供重要理论依据。本研究对低盐和高亚硝酸盐氮胁迫下的日本囊对虾进行转录组分析,并筛选出一个与抗逆性密切相关的海藻糖6-磷酸合成酶（TPS）基因进行克隆,用RNA干扰技术对其抗逆和免疫功能进行初步的研究。主要研究结果如下:（1）低盐胁迫日本囊对虾转录组分析:在盐度为8的低盐胁迫下,分别于6、12、24、48和96h取日本囊对虾的肝胰腺以及对照组的肝胰腺进行转录组测序。我们获得88890960–105130044个Clean Reads,数据量为6.68G-7.88G,G30为93.34-94.53%,利用Trinity组装后获得48807条unigenes,N50为1746bp。与对照组相比,分别得到811、589、1095、745和875个差异基因（DEGs）。我们对DEGs进行注释,得到与渗透调节、代谢和免疫相关的通路和基因。并通过q P...
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：102 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
拼接得到的转录本unigenes长度分布
广东海洋大学硕士学位论文13图2-1拼接得到的转录本unigenes长度分布Fig.2-1Unigeneslengthdistributionofsplicedtranscripts图2-2拼接转录本BUSCO评估结果图（不同的颜色分别代表不同的拼接转录本类型）Figure2-2BUSCOevaluationresultsofsplicingtranscript（differentcolorsrepresentdifferentsplicingtranscripttypes）2.2.2基因的功能注释将拼接得到的48807条unigenes通过NR，NT，KO，Swiss-prot，PFAM，GO和KOG七大数据库进行基因功能注释，注释到的基因数量（比例）分别为27635（56.62%）、23384（47.91%）、3536（7.24%）、24267（49.72%）、26763（54.83%）、26763（54.83%）和9919（20.32%）条。在7个数据库中至少注释到一个数据库的unigenes数量为36707条，占总数的75.20%，而在7个数据库都注释到的unigenes
广东海洋大学硕士学位论文15图2-3NR库比对上的物种分布图Figure2-3SpeciesdistributiononNRpoolratiopair图2-4GO注释分类统计图Figure2-4GOannotationclassificationstatistics图2-5KOG注释分类统计图Figure2-5ClassificationstatisticsofKOGnotes
【参考文献】：
期刊论文
[1]凡纳滨对虾6-磷酸海藻糖合成酶在抗高温胁迫中的表达特征[J]. 胡利杰,李旭鹏,孟宪红,栾生,罗坤,隋娟,陈宝龙,曹宝祥,曹家旺,孔杰. 渔业科学进展. 2020(02)
[2]白背飞虱海藻糖合成酶基因调控几丁质合成的功能[J]. 张道伟,余亚娅,潘碧莹,康奎,曾伯平,陈静,唐斌. 中国农业科学. 2019(19)
[3]亚硝酸盐氮对日本囊对虾幼虾的急性毒性研究[J]. 陈亭君,刘建勇,申玉春,栗志民. 渔业现代化. 2019(03)
[4]pH对日本囊对虾的急性毒性初步研究[J]. 梁彩凤,刘建勇. 渔业现代化. 2019(01)
[5]盐度对日本囊对虾生长性能影响[J]. 蒋湘,谢妙,刘永奎,曾凤仙,郑静静,刘建勇. 水产养殖. 2017(07)
[6]RNAi作用机制及应用研究进展[J]. 冯小艳,张树珍. 生物技术通报. 2017(05)
[7]RNAi在甲壳动物中的研究进展[J]. 李法君,付春鹏,李明爽,李群峰,傅洪拓. 水生生物学报. 2017(02)
[8]德国小蠊两个海藻糖合成酶基因的克隆、组织分布及温度诱导表达分析[J]. 陈静,张道伟. 昆虫学报. 2015(10)
[9]日本囊对虾耐热性状及其与凡纳滨对虾、脊尾白虾的比较[J]. 李丽君,宋晓红,林瑶琼,钟声平,乔莹,毛勇,苏永全,王军. 中国水产科学. 2015(03)
[10]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇. 水产学报. 2015(04)
博士论文
[1]日本沼虾免疫应答相关基因的筛选与鉴定[D]. 于杰伦.山东农业大学 2019
[2]环境胁迫对罗氏沼虾和凡纳滨对虾行为、生长及生理活动的影响[D]. 于赫男.暨南大学 2007
[3]环境因子对甲壳动物渗透调节与免疫力的影响[D]. 潘鲁青.中国海洋大学 2004
硕士论文
[1]日本囊对虾生长、存活及抗逆性状遗传参数的估计[D]. 郑静静.广东海洋大学 2017
[2]中华绒螯蟹蜕皮激素调节蛋白表达、纯化及鉴定[D]. 陈潘海.辽宁师范大学 2013
[3]亚硝酸盐和氨氮对红螯光壳螯虾生理生化的影响[D]. 吕晓燕.华东师范大学 2011
[4]高位精养模式日本囊对虾生长及浮游生物演替规律[D]. 李婷.广东海洋大学 2011
[5]环境胁迫对鱼类生理机能影响的初步研究[D]. 洪磊.中国海洋大学 2004
本文编号：3342762
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：102 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
拼接得到的转录本unigenes长度分布
广东海洋大学硕士学位论文13图2-1拼接得到的转录本unigenes长度分布Fig.2-1Unigeneslengthdistributionofsplicedtranscripts图2-2拼接转录本BUSCO评估结果图（不同的颜色分别代表不同的拼接转录本类型）Figure2-2BUSCOevaluationresultsofsplicingtranscript（differentcolorsrepresentdifferentsplicingtranscripttypes）2.2.2基因的功能注释将拼接得到的48807条unigenes通过NR，NT，KO，Swiss-prot，PFAM，GO和KOG七大数据库进行基因功能注释，注释到的基因数量（比例）分别为27635（56.62%）、23384（47.91%）、3536（7.24%）、24267（49.72%）、26763（54.83%）、26763（54.83%）和9919（20.32%）条。在7个数据库中至少注释到一个数据库的unigenes数量为36707条，占总数的75.20%，而在7个数据库都注释到的unigenes
广东海洋大学硕士学位论文15图2-3NR库比对上的物种分布图Figure2-3SpeciesdistributiononNRpoolratiopair图2-4GO注释分类统计图Figure2-4GOannotationclassificationstatistics图2-5KOG注释分类统计图Figure2-5ClassificationstatisticsofKOGnotes
【参考文献】：
期刊论文
[1]凡纳滨对虾6-磷酸海藻糖合成酶在抗高温胁迫中的表达特征[J]. 胡利杰,李旭鹏,孟宪红,栾生,罗坤,隋娟,陈宝龙,曹宝祥,曹家旺,孔杰. 渔业科学进展. 2020(02)
[2]白背飞虱海藻糖合成酶基因调控几丁质合成的功能[J]. 张道伟,余亚娅,潘碧莹,康奎,曾伯平,陈静,唐斌. 中国农业科学. 2019(19)
[3]亚硝酸盐氮对日本囊对虾幼虾的急性毒性研究[J]. 陈亭君,刘建勇,申玉春,栗志民. 渔业现代化. 2019(03)
[4]pH对日本囊对虾的急性毒性初步研究[J]. 梁彩凤,刘建勇. 渔业现代化. 2019(01)
[5]盐度对日本囊对虾生长性能影响[J]. 蒋湘,谢妙,刘永奎,曾凤仙,郑静静,刘建勇. 水产养殖. 2017(07)
[6]RNAi作用机制及应用研究进展[J]. 冯小艳,张树珍. 生物技术通报. 2017(05)
[7]RNAi在甲壳动物中的研究进展[J]. 李法君,付春鹏,李明爽,李群峰,傅洪拓. 水生生物学报. 2017(02)
[8]德国小蠊两个海藻糖合成酶基因的克隆、组织分布及温度诱导表达分析[J]. 陈静,张道伟. 昆虫学报. 2015(10)
[9]日本囊对虾耐热性状及其与凡纳滨对虾、脊尾白虾的比较[J]. 李丽君,宋晓红,林瑶琼,钟声平,乔莹,毛勇,苏永全,王军. 中国水产科学. 2015(03)
[10]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇. 水产学报. 2015(04)
博士论文
[1]日本沼虾免疫应答相关基因的筛选与鉴定[D]. 于杰伦.山东农业大学 2019
[2]环境胁迫对罗氏沼虾和凡纳滨对虾行为、生长及生理活动的影响[D]. 于赫男.暨南大学 2007
[3]环境因子对甲壳动物渗透调节与免疫力的影响[D]. 潘鲁青.中国海洋大学 2004
硕士论文
[1]日本囊对虾生长、存活及抗逆性状遗传参数的估计[D]. 郑静静.广东海洋大学 2017
[2]中华绒螯蟹蜕皮激素调节蛋白表达、纯化及鉴定[D]. 陈潘海.辽宁师范大学 2013
[3]亚硝酸盐和氨氮对红螯光壳螯虾生理生化的影响[D]. 吕晓燕.华东师范大学 2011
[4]高位精养模式日本囊对虾生长及浮游生物演替规律[D]. 李婷.广东海洋大学 2011
[5]环境胁迫对鱼类生理机能影响的初步研究[D]. 洪磊.中国海洋大学 2004
本文编号：3342762
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