翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘
发布时间：2021-08-21 11:37
翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）是我国重要的淡水经济鱼类,主要分布于中国、越南、韩国等东亚国家,长久以来,一直被作为这些地区的名贵食用鱼类。翘嘴鳜在我国已有二十多年的规模养殖历史,近年来随着养殖规模的不断扩大,其种质退化比较严重,表现为生长速度减慢、抗病力低、性早熟等生物学特点,尤其该鱼传染性脾肾坏死病（ISKNV,infectious spleen and kidney necrosis virus）的流行,加大了鳜鱼养殖业的养殖风险,给养殖业带来了巨大的经济损失。本实验通过SLAF-seq（Specific-Locus Amplied Fragments Sequencing）技术批量开发 SLAF标记,并以此为基础构建了翘嘴鳜高密度遗传连锁图;进行了生长、抗ISKNV和性别决定等经济性状的QTL（quantitative trait locus）定位;开展了对相关性状SNP（Single nucleotide polymorphism）分子标记的筛选、鉴定以及将遗传图谱QTL区间与全长转录组DEG文库进行比对。本实验结果将为翘嘴鳜的分子选育工作提供一定的理论指导。1....
【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１翘嘴鳜作图母本测序质量值分布图??Ｆｉｇｕｒｅ．?１－１?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｍａｔｅｒｎａｌ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｑｕａｌｉｔｙ?ｓｃｏｒｅ?ｏｆ?Ｓ．?ｃｈｕａｔｓｉ．??
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翘嘴嫌髙密度遗传图谱的构建、经济性状ＱＴＬ定位及其相关分子标记的挖掘?试验一??个Ｍａｒｋｅｒ的平均测序深度为１７３．４６Ｘ，而在母本中其Ｍａｒｋｅｒ的平均测序深度为??２０５．３Ｘ；?２，２６６个Ｍａｒｋｅｒ在子代中的测序深度为３４．９４Ｘ。２，３４４个Ｍａｒｋｅｒ两两??计算ＭＬＯＤ值并经过ＨｉｇｈＭａｐ［１（）７］软件计算遗传距离，被分为２４个连锁群??（ＬＧ）且依次排列（图１－４），其中，最大的ＬＧ是ＬＧ２２，其包含１８４个标记，??图距长２２６．２３ｃＭ；最小的ＬＧ是ＬＧ１４，仅包含４０个标记，图距长３９．１２ｃＭ。??２４个ＬＧ中相邻标记间的距离￡５?ｃＭ的比例为７４．０７％－９７．７４％（平均８９．６８％），在??ＬＧ１中发现了一个最大的标记间隙为１９．６７ｃＭ。连锁图谱中共上图的ＳＮＰ标记??２，９７７个，不同０３中８灿标记的数量从３９个（１＾｝１８）到３５２个（１＾９）不等（表１－３）。??除中性图图谱以外，还分别构建了雄性图图谱以及雌性图图谱。雄性图图谱包含??１５００个ＳＬＡＦｓ，总图距为３１９６．４９ｃＭ，每个ＬＧ的图距范围为３０．９２?ｃＭ??（ＬＧ２０）－４６５．０８?ｃＭ（ＬＧ２２），平均图距为１３３．１８?ｃＭ。每个ＬＧ中的标记间间隙公ｃＭ??的比例为３３．３３％－９８．３７％。对应的雌性图图谱包含１２６９个ＳＬＡＦｓ，总图距为??２９０９．５５?ｃＭ，每个ＬＧ的图距范围为０?ｃＭ（ＬＧ６）－２６４．８１?ｃＭ（ＬＧ１０），平均图距为??１２１．２３ｃＭ。每个连锁群的标记间间隙公ｃＭ的比例为０％－９８．７％。雌雄性图谱与??中性图图谱的Ｃｉｒｃｏｓ图见图１－５，其中图１－５?（Ａ）和图１－５
【参考文献】：
期刊论文
[1]江苏省6个翘嘴鳜群体的遗传多样性分析[J]. 颜元杰,曹哲明,丁炜东,邴旭文. 海洋渔业. 2019(01)
[2]翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）EST-SSR标记与生长性状相关性及4个选育群体遗传结构研究[J]. 袁文成,叶金明,黄鹤忠,肖攀,路瑶,李泽,朱传坤. 海洋与湖沼. 2018(01)
[3]翘嘴鳜3个不同群体的遗传多样性分析[J]. 曾庆凯,孙成飞,董浚键,田园园,师红亚,焦真真,叶星. 基因组学与应用生物学. 2017(08)
[4]尼罗罗非鱼生长激素促分泌素受体基因（GHSR）生长相关单核苷酸多态性（SNPs）位点的筛选[J]. 王春晓,卢迈新,高风英,刘志刚,曹建萌,朱华平,可小丽,王淼,叶星,叶卫. 农业生物技术学报. 2015(06)
[5]牙鲆GH基因的SNPs与生长性状关系的初步研究[J]. 王桂兴,刘永新,王玉芬,姜秀凤,刘海金. 中国水产科学. 2015(02)
[6]鳜鱼传染性脾肾坏死病流行病学调查与综合防治技术[J]. 孙青,丁文岭,陈俊豪,张伟. 科学养鱼. 2014(11)
[7]2个鳜鱼选育群体遗传多样性分析[J]. 张进,梁旭方,杨敏,陈敦学,刘灿洪,巫绍明,李永锋. 水产科学. 2014(07)
[8]凡纳滨对虾CTSL基因与生长相关的SNP位点的特征[J]. 朱景花,李义军,王平,施泓,阮灵伟. 应用海洋学学报. 2014(01)
[9]大黄鱼快长相关微卫星标记的筛选与验证[J]. 刘贤德,隋班良,王志勇,蔡明夷. 水生生物学报. 2013(06)
[10]翘嘴鳜连续4代选育群体遗传多样性及遗传结构分析[J]. 郑荷子,易提林,梁旭方,杨敏,田昌绪,张进,赵程. 淡水渔业. 2013(06)
博士论文
[1]黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位[D]. 葛学亮.东北林业大学 2010
硕士论文
[1]黄姑鱼高密度遗传连锁图谱的构建及其应用[D]. 邱昌亮.集美大学 2018
[2]草鱼SNP标记开发及与生长性状关联分析[D]. 张猛.上海海洋大学 2016
[3]基于转录组测序的翘嘴鳜微卫星标记的开发及MCH class Ⅰ基因的克隆表达[D]. 袁文成.苏州大学 2015
[4]传染性脾肾坏死病毒（ISKNV）的侵染途径[D]. 吴燕燕.中山大学 2010
[5]黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）SRAP遗传图谱的构建[D]. 辛文婷.东北林业大学 2009
本文编号：3355523
【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１翘嘴鳜作图母本测序质量值分布图??Ｆｉｇｕｒｅ．?１－１?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｍａｔｅｒｎａｌ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｑｕａｌｉｔｙ?ｓｃｏｒｅ?ｏｆ?Ｓ．?ｃｈｕａｔｓｉ．??
翅嘴簫髙密度遗传图谱的构建、经济性状ＱＴＬ定位及其相关分子标记的挖掘?试验一??标，不同的碱基类型用不同颜色指代，测序过程中识别不出的碱基Ｎ以灰色表??示）。??Ｑｕａｌｉｔｙ?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?Ｒｅａｄｓ??４〇?－?丨??〇?ＩＩ?－??３０??ｏ??〇??ｆ２〇??１０??０?＾（１（???０?５０?１００?１５０?２００??Ｒｅａｄｓ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ，ｂｐ??图１－１翘嘴鳜作图母本测序质量值分布图??Ｆｉｇｕｒｅ．?１－１?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｍａｔｅｒｎａｌ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｑｕａｌｉｔｙ?ｓｃｏｒｅ?ｏｆ?Ｓ．?ｃｈｕａｔｓｉ．??Ｂａｓｅ?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ａｌｏｎｇ?Ｒｅａｄｓ??１００??１—???Ａ???４５?ｒ?Ｎ??Ｔ……??Ｉ３。＿??１５?Ｌ?ｌ?…?１??０??０?５０?１００?１５０?２００??Ｒｅａｄｓ?Ｐｏｓｉｔｉｏｎ，ｂｐ??图１－２翘嘴鳜作图母本碱基含量分布图??Ｆｉｇｕｒｅ．?１－２?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｍａｔｅｒｎａｌ?ｃｏｄｏｎ?ｃｏｎｔｅｎｔ?ｏｆ?Ｓ．?ｃｈｕａｔｓｉ??２１??
翘嘴嫌髙密度遗传图谱的构建、经济性状ＱＴＬ定位及其相关分子标记的挖掘?试验一??个Ｍａｒｋｅｒ的平均测序深度为１７３．４６Ｘ，而在母本中其Ｍａｒｋｅｒ的平均测序深度为??２０５．３Ｘ；?２，２６６个Ｍａｒｋｅｒ在子代中的测序深度为３４．９４Ｘ。２，３４４个Ｍａｒｋｅｒ两两??计算ＭＬＯＤ值并经过ＨｉｇｈＭａｐ［１（）７］软件计算遗传距离，被分为２４个连锁群??（ＬＧ）且依次排列（图１－４），其中，最大的ＬＧ是ＬＧ２２，其包含１８４个标记，??图距长２２６．２３ｃＭ；最小的ＬＧ是ＬＧ１４，仅包含４０个标记，图距长３９．１２ｃＭ。??２４个ＬＧ中相邻标记间的距离￡５?ｃＭ的比例为７４．０７％－９７．７４％（平均８９．６８％），在??ＬＧ１中发现了一个最大的标记间隙为１９．６７ｃＭ。连锁图谱中共上图的ＳＮＰ标记??２，９７７个，不同０３中８灿标记的数量从３９个（１＾｝１８）到３５２个（１＾９）不等（表１－３）。??除中性图图谱以外，还分别构建了雄性图图谱以及雌性图图谱。雄性图图谱包含??１５００个ＳＬＡＦｓ，总图距为３１９６．４９ｃＭ，每个ＬＧ的图距范围为３０．９２?ｃＭ??（ＬＧ２０）－４６５．０８?ｃＭ（ＬＧ２２），平均图距为１３３．１８?ｃＭ。每个ＬＧ中的标记间间隙公ｃＭ??的比例为３３．３３％－９８．３７％。对应的雌性图图谱包含１２６９个ＳＬＡＦｓ，总图距为??２９０９．５５?ｃＭ，每个ＬＧ的图距范围为０?ｃＭ（ＬＧ６）－２６４．８１?ｃＭ（ＬＧ１０），平均图距为??１２１．２３ｃＭ。每个连锁群的标记间间隙公ｃＭ的比例为０％－９８．７％。雌雄性图谱与??中性图图谱的Ｃｉｒｃｏｓ图见图１－５，其中图１－５?（Ａ）和图１－５
【参考文献】：
期刊论文
[1]江苏省6个翘嘴鳜群体的遗传多样性分析[J]. 颜元杰,曹哲明,丁炜东,邴旭文. 海洋渔业. 2019(01)
[2]翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）EST-SSR标记与生长性状相关性及4个选育群体遗传结构研究[J]. 袁文成,叶金明,黄鹤忠,肖攀,路瑶,李泽,朱传坤. 海洋与湖沼. 2018(01)
[3]翘嘴鳜3个不同群体的遗传多样性分析[J]. 曾庆凯,孙成飞,董浚键,田园园,师红亚,焦真真,叶星. 基因组学与应用生物学. 2017(08)
[4]尼罗罗非鱼生长激素促分泌素受体基因（GHSR）生长相关单核苷酸多态性（SNPs）位点的筛选[J]. 王春晓,卢迈新,高风英,刘志刚,曹建萌,朱华平,可小丽,王淼,叶星,叶卫. 农业生物技术学报. 2015(06)
[5]牙鲆GH基因的SNPs与生长性状关系的初步研究[J]. 王桂兴,刘永新,王玉芬,姜秀凤,刘海金. 中国水产科学. 2015(02)
[6]鳜鱼传染性脾肾坏死病流行病学调查与综合防治技术[J]. 孙青,丁文岭,陈俊豪,张伟. 科学养鱼. 2014(11)
[7]2个鳜鱼选育群体遗传多样性分析[J]. 张进,梁旭方,杨敏,陈敦学,刘灿洪,巫绍明,李永锋. 水产科学. 2014(07)
[8]凡纳滨对虾CTSL基因与生长相关的SNP位点的特征[J]. 朱景花,李义军,王平,施泓,阮灵伟. 应用海洋学学报. 2014(01)
[9]大黄鱼快长相关微卫星标记的筛选与验证[J]. 刘贤德,隋班良,王志勇,蔡明夷. 水生生物学报. 2013(06)
[10]翘嘴鳜连续4代选育群体遗传多样性及遗传结构分析[J]. 郑荷子,易提林,梁旭方,杨敏,田昌绪,张进,赵程. 淡水渔业. 2013(06)
博士论文
[1]黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位[D]. 葛学亮.东北林业大学 2010
硕士论文
[1]黄姑鱼高密度遗传连锁图谱的构建及其应用[D]. 邱昌亮.集美大学 2018
[2]草鱼SNP标记开发及与生长性状关联分析[D]. 张猛.上海海洋大学 2016
[3]基于转录组测序的翘嘴鳜微卫星标记的开发及MCH class Ⅰ基因的克隆表达[D]. 袁文成.苏州大学 2015
[4]传染性脾肾坏死病毒（ISKNV）的侵染途径[D]. 吴燕燕.中山大学 2010
[5]黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）SRAP遗传图谱的构建[D]. 辛文婷.东北林业大学 2009
本文编号：3355523
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