日本鳗鲡小肠共生微生物多样性及其功能分析
发布时间：2021-10-29 18:03
日本鳗鲡经济价值高,是我国鳗鲡养殖业的重要品种。但是在实际养殖过程中,鳗鲡养殖密度大、产量高,容易造成营养不良、水质恶化、环境污染等问题,从而导致鳗鲡受病害威胁的程度远大于其他养殖水产种类,经常发生肠炎等疾病,直接影响鳗业产值,造成巨大的经济损失。日本鳗鲡肠道中生活着大量的细菌,对鱼类的生长发育、营养健康、免疫抗病等具有重要的作用。深入了解其物种和群落组成,是探索宿主内肠道微生物作用机理以及研究宿主与肠道菌群相互关系的基础和前提。主要研究结果如下：本研究采用传统微生物分离纯培养方法,从日本鳗鲡小肠中分离出33株形状、颜色、大小不一的细菌,经鉴定,共分离到16株不同的细菌（GenBank Accession Number:KP716690, KP716697, KP716703, KP716701, KP716691, KP716698, KP716692, KP716699, KP716694, KP716702, KP716695, KP716700, KP716704, KP716689, KP716696, KP716693）,其中变形菌门Proteobacteria所占比例为7...
【文章来源】：福建师范大学福建省
【文章页数】：107 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－２测序样品稀释曲线??Ｆｉｇ．３－２?民?ａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ａｙ?口幻?ｓｍａｌＭｎｔｅｓｔｉｎｅ?ｂａｃｔｅｒｉａ?ｓｙｍｂｉｏｎｔｓ??
ＡＪ２的ＯＴＵｓ数量为５０２，两个重复样品之间ＡＪ２的ＯＴＵｓ的数量较丰富，可能是由??于样品选取、ＤＮＡ提取及ＰＣ民扩增过程中存在的误差或者是由于自身的生理状况??不一所导致的结果。两个样品中ＯＴＵ的丰度统计分析如图３－３，从图中分析可知，??两个重复样品中大多数的Ｔａｇ数量为１％，有６条ＯＴＵｓ的丰度大于１％，２９３条的??ＯＴＵｓ丰度大于０．０５％。选取最大丰度排名前２１的ＯＴＵｓ进行统计分析，具体信息??见表３－４。??２＇、１?ＨＡＪｉ??ｇ?２０?－?Ｉ?＂ＡＪ２??？?１５?Ｉ??ｈ｜??客?０?Ｐｉ＂ｉ?■，??１２３４５６７８９?１６?３４??Ａｂｕｎｄａｎｃｅ?ｏｆ?化ｅ?ＯＴＵｓ（％）??图３－３样品ＯＴＵｓ的丰度分布??Ｆｉｇ．３－３?Ａｂｕｎｄａｎｃｅ?ｏｆ?化?ｅ?ＯＴＵｓ?ｏｆ?ｂａｃ?化?ｒｉａ?ｉｎ?化?ｅ?ｓｍａｌｌ?ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ?ｏｆ?Ａ?口??３５??
３．２．２日本媛觸小肠细菌分类等级往释??基于?ＲＤＰ?ｃｌａｓ細ｅｒ［ｉ巧和?ＧｒｅｅｎＧｅｎｅ?数据库（ｈｔｔｐ：／／ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ．ｌｂｌ．ｇｏｖ）?［１巧財??Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ?Ｔａｇｓ进行物种注释分析。统计各分类水平上的Ｔａｇ序列数（图３－４），结果??表明两个重复样品中５０％ｔＵ上的Ｔａｇｓ序列能够注释到＂纲＂的水平，而往释到＂目＂的??级别的Ｔａｇｓ序列比例接近５０％。??２５０００?－Ｉ??■?Ｄｏｍａｉｎ??■Ｐｈｖｈｉｎｉ??奇２００００?圍?口。。巧??Ｍ?Ｐ?口?Ｏｒｄｅｒ??考?１５０００?－?■?Ｆａｍｉｌｙ??一?■?□?Ｇ＾ｉｉｕｓ??ｉ?１００００?－?？ｎ?！■－＞．?＂Ｓｐｅｃｋ＊??之－美ｉｌｌ??ＡＪｌ?ＡＪ２??Ｓａｍｐｌｅ??图３－４两个重复样品中各分类水平中Ｔａｇｓ数统计??Ｆｉｇ．３－４?Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏ打?ｏｆ?ａｓｓｉｇｎｅｄ?Ｖ４?ｔａｇ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ??３．２．３日本錢麵小肠菌群多样性??３．２．３．１基于口分类水平上（ｐｈｙｌｕｍ?ｌｅｖｅｌ）的日本錢麵小肠细菌多样性分析??高通量测序分析表明日本媛麵小肠中细菌的覆盖度在９９．９９％ｔＵ上。本文选取丰??度前１４的Ｔａｇ序列进行分化结果表明其主要由变形菌口?Ｐｒｃｒｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、厚壁菌口??Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、放线茜口?Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、酸杆茜口?Ａｃｉｄｏｂａｃ１：ｅｒｉａ、拟杆菌口?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、??柔膜茜口?Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、疵微菌
【参考文献】：
期刊论文
[1]Bacterial diversity in the intestine of young farmed puffer fish Takifugu rubripes[J]. 李艳宇,张涛,张丛尧,朱莹,丁鉴锋,马悦欣. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2015(04)
[2]福建省水产品质量安全管理现状与对策[J]. 康建平. 福建水产. 2014(04)
[3]益生菌在水产养殖中的研究进展[J]. 高权新,施兆鸿,彭士明. 海洋渔业. 2013(03)
[4]4种常见淡水鱼肠道菌群的分析[J]. 周玉法,李代军,刘东燕,刘敬博,姚淑红,蔡玉梅. 中国畜牧兽医. 2012(08)
[5]鳗鲡细菌性疾病的研究概况[J]. 郭松林. 科学养鱼. 2011(07)
[6]日本鳗鲡人工繁殖研究现状及存在问题[J]. 张森,谢仰杰,黄良敏. 水产科学. 2011(06)
[7]复方中草药对奥尼罗非鱼血液非特异性免疫功能的影响[J]. 张照红,林旋,张伟妮,王全溪,李辉选,姚华阳,王寿昆. 水产科学. 2011(01)
[8]水产饲用益生菌的作用机理及功效[J]. 刘淑集,吴成业. 天津农业科学. 2010(05)
[9]黄颡鱼肠道及养殖水体中菌群的分析[J]. 周金敏,吴志新,曾令兵,王树云,毕鹏,陈孝煊. 华中农业大学学报. 2010(05)
[10]益生菌制剂在养殖业的应用[J]. 吕嘉枥,李瑛. 饲料研究. 2010(04)
硕士论文
[1]养殖鱼肠道菌群分子生态的研究[D]. 黄光祥.华中农业大学 2008
[2]草鱼肠道菌群的变化和免疫机能的关系[D]. 李莉.华中农业大学 2003
本文编号：3465135
【文章来源】：福建师范大学福建省
【文章页数】：107 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－２测序样品稀释曲线??Ｆｉｇ．３－２?民?ａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?Ａｙ?口幻?ｓｍａｌＭｎｔｅｓｔｉｎｅ?ｂａｃｔｅｒｉａ?ｓｙｍｂｉｏｎｔｓ??
ＡＪ２的ＯＴＵｓ数量为５０２，两个重复样品之间ＡＪ２的ＯＴＵｓ的数量较丰富，可能是由??于样品选取、ＤＮＡ提取及ＰＣ民扩增过程中存在的误差或者是由于自身的生理状况??不一所导致的结果。两个样品中ＯＴＵ的丰度统计分析如图３－３，从图中分析可知，??两个重复样品中大多数的Ｔａｇ数量为１％，有６条ＯＴＵｓ的丰度大于１％，２９３条的??ＯＴＵｓ丰度大于０．０５％。选取最大丰度排名前２１的ＯＴＵｓ进行统计分析，具体信息??见表３－４。??２＇、１?ＨＡＪｉ??ｇ?２０?－?Ｉ?＂ＡＪ２??？?１５?Ｉ??ｈ｜??客?０?Ｐｉ＂ｉ?■，??１２３４５６７８９?１６?３４??Ａｂｕｎｄａｎｃｅ?ｏｆ?化ｅ?ＯＴＵｓ（％）??图３－３样品ＯＴＵｓ的丰度分布??Ｆｉｇ．３－３?Ａｂｕｎｄａｎｃｅ?ｏｆ?化?ｅ?ＯＴＵｓ?ｏｆ?ｂａｃ?化?ｒｉａ?ｉｎ?化?ｅ?ｓｍａｌｌ?ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ?ｏｆ?Ａ?口??３５??
３．２．２日本媛觸小肠细菌分类等级往释??基于?ＲＤＰ?ｃｌａｓ細ｅｒ［ｉ巧和?ＧｒｅｅｎＧｅｎｅ?数据库（ｈｔｔｐ：／／ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ．ｌｂｌ．ｇｏｖ）?［１巧財??Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ?Ｔａｇｓ进行物种注释分析。统计各分类水平上的Ｔａｇ序列数（图３－４），结果??表明两个重复样品中５０％ｔＵ上的Ｔａｇｓ序列能够注释到＂纲＂的水平，而往释到＂目＂的??级别的Ｔａｇｓ序列比例接近５０％。??２５０００?－Ｉ??■?Ｄｏｍａｉｎ??■Ｐｈｖｈｉｎｉ??奇２００００?圍?口。。巧??Ｍ?Ｐ?口?Ｏｒｄｅｒ??考?１５０００?－?■?Ｆａｍｉｌｙ??一?■?□?Ｇ＾ｉｉｕｓ??ｉ?１００００?－?？ｎ?！■－＞．?＂Ｓｐｅｃｋ＊??之－美ｉｌｌ??ＡＪｌ?ＡＪ２??Ｓａｍｐｌｅ??图３－４两个重复样品中各分类水平中Ｔａｇｓ数统计??Ｆｉｇ．３－４?Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏ打?ｏｆ?ａｓｓｉｇｎｅｄ?Ｖ４?ｔａｇ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ??３．２．３日本錢麵小肠菌群多样性??３．２．３．１基于口分类水平上（ｐｈｙｌｕｍ?ｌｅｖｅｌ）的日本錢麵小肠细菌多样性分析??高通量测序分析表明日本媛麵小肠中细菌的覆盖度在９９．９９％ｔＵ上。本文选取丰??度前１４的Ｔａｇ序列进行分化结果表明其主要由变形菌口?Ｐｒｃｒｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、厚壁菌口??Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、放线茜口?Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、酸杆茜口?Ａｃｉｄｏｂａｃ１：ｅｒｉａ、拟杆菌口?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、??柔膜茜口?Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、疵微菌
【参考文献】：
期刊论文
[1]Bacterial diversity in the intestine of young farmed puffer fish Takifugu rubripes[J]. 李艳宇,张涛,张丛尧,朱莹,丁鉴锋,马悦欣. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2015(04)
[2]福建省水产品质量安全管理现状与对策[J]. 康建平. 福建水产. 2014(04)
[3]益生菌在水产养殖中的研究进展[J]. 高权新,施兆鸿,彭士明. 海洋渔业. 2013(03)
[4]4种常见淡水鱼肠道菌群的分析[J]. 周玉法,李代军,刘东燕,刘敬博,姚淑红,蔡玉梅. 中国畜牧兽医. 2012(08)
[5]鳗鲡细菌性疾病的研究概况[J]. 郭松林. 科学养鱼. 2011(07)
[6]日本鳗鲡人工繁殖研究现状及存在问题[J]. 张森,谢仰杰,黄良敏. 水产科学. 2011(06)
[7]复方中草药对奥尼罗非鱼血液非特异性免疫功能的影响[J]. 张照红,林旋,张伟妮,王全溪,李辉选,姚华阳,王寿昆. 水产科学. 2011(01)
[8]水产饲用益生菌的作用机理及功效[J]. 刘淑集,吴成业. 天津农业科学. 2010(05)
[9]黄颡鱼肠道及养殖水体中菌群的分析[J]. 周金敏,吴志新,曾令兵,王树云,毕鹏,陈孝煊. 华中农业大学学报. 2010(05)
[10]益生菌制剂在养殖业的应用[J]. 吕嘉枥,李瑛. 饲料研究. 2010(04)
硕士论文
[1]养殖鱼肠道菌群分子生态的研究[D]. 黄光祥.华中农业大学 2008
[2]草鱼肠道菌群的变化和免疫机能的关系[D]. 李莉.华中农业大学 2003
本文编号：3465135
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