基于线粒体基因组和超保守元件团块角孔珊瑚系统演化研究
发布时间:2021-11-18 21:39
石珊瑚目动物是珊瑚礁生态群落的主要建群种,因此研究石珊瑚系统演化对珊瑚礁资源保护具有重要意义。本研究利用第二代测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)得到团块角孔珊瑚线粒体基因组数据并基于此构建石珊瑚目系统进化关系。同时根据石珊瑚目与类珊瑚目基因组数据鉴定了石珊瑚目超保守元件和设计了石珊瑚目超保守元件探针,并且使用超保守元件数据进行系统演化研究。其中主要研究结果如下:1、组装团块角孔珊瑚基因组数据集(覆盖度约为10%)总长62,270,395bp,其中包含团块角孔珊瑚线粒体全基因组大小为18,770bp,GC含量为37.01%,碱基A、C、G、T占总碱基的比例为25.72%、13.59%、23.42%、37.27%。线粒体基因组成为13个编码蛋白基因,3个t RNA基因和2个核糖体RNA基因。基于石珊瑚目线粒体基因组构建系统进化树,团块角孔珊瑚与二异角孔珊瑚和柱状角孔珊瑚进化距离约为0.0101,角孔珊瑚属大约在1.17亿年前从滨珊瑚科中分支出来,团块角孔珊瑚从角孔珊瑚属祖先分歧时间大于2千万年。2、以多孔鹿角珊瑚基因组为参考基因组,基于PHYLUCE流...
【文章来源】:广东海洋大学广东省
【文章页数】:102 页
【学位级别】:硕士
【部分图文】:
*PHYLUCE保守元件鉴定与探针设计流程图
基于线粒体基因组和超保守元件团块角孔珊瑚系统演化研究 3 研究结果与分析 3.1 数据检验 3.1.1 团块角孔珊瑚基因组 DNA 提取结果 团块角孔珊瑚 DNA 提取产物电泳结果如图 3-1,其中 M 为标准分子量蛋白marker,1 为样品 8.5R1,2 为样品 8.7R9,3 为 R28.8,4 为 R38.8。检测 DNA 含量结果 R28.8 样品质量较高,Picogreen 荧光检测荧光浓度为 18.47ng/μl,总量1.551μg。
广东海洋大学硕士学位论文19象,通常这种现象由建库或测序引入,并影响后续的生物信息分析结果,图3-2结果显示,建库和测序表现出较好的均一度,可以进行后续信息分析。GCcontent分布图(图3-4)主要用来检测测序数据的GC分布是否正常,曲线形状的偏差往往提示存在不均一的序列组分,这通常是由于文库的内源或外源污染,通过不同的峰值,大致能够判断污染性质和来源。Sequencebasequality分布图(图3-5)主要用来检测测序数据的平均质量分布情况。峰尖代表测序质量,峰宽表示测序整体质量分布,较大峰宽或者前拖尾峰表示测序数据的部分数据质量偏低,峰尖对应的值较低表明整体测序结果较差。本次测序的峰值在Q36左右,表示测序质量较高。图3-2单碱基质量分布图Figure3-2distributionofsinglebasequality横坐标是reads中碱基位置(5’->3’),纵坐标是该位点碱基Q值统计。红线代表中位数,蓝线代表平均数,黄色区域代表25%-75%区间(按照四分位数划分),触须表示10%-90%区间。Theabscissaisthebaseposition(5’->3’)inthereads,andtheordinateisthebaseQvaluestatisticsofthesite.Theredlinerepresentsthemedian,thebluelinerepresentstheaverage,theyellowarearepresentsthe25%-75%interval(dividedbyquartiles),andthewhiskersrepresentthe10%-90%interval.
【参考文献】:
期刊论文
[1]广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区珊瑚种类及覆盖率分析[J]. 李锋,沈城,张艳苹,周洁,彭慧湃,刘丽. 江苏农业科学. 2019(24)
[2]全球珊瑚礁生态保护的困境与应对[J]. 张宁. 生态经济. 2019(11)
硕士论文
[1]鹿角珊瑚科(Acroporidae)七种珊瑚线粒体基因组结构与系统发育研究[D]. 于双恩.自然资源部第三海洋研究所 2019
[2]中国珊瑚礁及其生态系统综合分析与研究[D]. 安晓华.中国海洋大学 2003
本文编号:3503659
【文章来源】:广东海洋大学广东省
【文章页数】:102 页
【学位级别】:硕士
【部分图文】:
*PHYLUCE保守元件鉴定与探针设计流程图
基于线粒体基因组和超保守元件团块角孔珊瑚系统演化研究 3 研究结果与分析 3.1 数据检验 3.1.1 团块角孔珊瑚基因组 DNA 提取结果 团块角孔珊瑚 DNA 提取产物电泳结果如图 3-1,其中 M 为标准分子量蛋白marker,1 为样品 8.5R1,2 为样品 8.7R9,3 为 R28.8,4 为 R38.8。检测 DNA 含量结果 R28.8 样品质量较高,Picogreen 荧光检测荧光浓度为 18.47ng/μl,总量1.551μg。
广东海洋大学硕士学位论文19象,通常这种现象由建库或测序引入,并影响后续的生物信息分析结果,图3-2结果显示,建库和测序表现出较好的均一度,可以进行后续信息分析。GCcontent分布图(图3-4)主要用来检测测序数据的GC分布是否正常,曲线形状的偏差往往提示存在不均一的序列组分,这通常是由于文库的内源或外源污染,通过不同的峰值,大致能够判断污染性质和来源。Sequencebasequality分布图(图3-5)主要用来检测测序数据的平均质量分布情况。峰尖代表测序质量,峰宽表示测序整体质量分布,较大峰宽或者前拖尾峰表示测序数据的部分数据质量偏低,峰尖对应的值较低表明整体测序结果较差。本次测序的峰值在Q36左右,表示测序质量较高。图3-2单碱基质量分布图Figure3-2distributionofsinglebasequality横坐标是reads中碱基位置(5’->3’),纵坐标是该位点碱基Q值统计。红线代表中位数,蓝线代表平均数,黄色区域代表25%-75%区间(按照四分位数划分),触须表示10%-90%区间。Theabscissaisthebaseposition(5’->3’)inthereads,andtheordinateisthebaseQvaluestatisticsofthesite.Theredlinerepresentsthemedian,thebluelinerepresentstheaverage,theyellowarearepresentsthe25%-75%interval(dividedbyquartiles),andthewhiskersrepresentthe10%-90%interval.
【参考文献】:
期刊论文
[1]广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区珊瑚种类及覆盖率分析[J]. 李锋,沈城,张艳苹,周洁,彭慧湃,刘丽. 江苏农业科学. 2019(24)
[2]全球珊瑚礁生态保护的困境与应对[J]. 张宁. 生态经济. 2019(11)
硕士论文
[1]鹿角珊瑚科(Acroporidae)七种珊瑚线粒体基因组结构与系统发育研究[D]. 于双恩.自然资源部第三海洋研究所 2019
[2]中国珊瑚礁及其生态系统综合分析与研究[D]. 安晓华.中国海洋大学 2003
本文编号:3503659
本文链接:https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3503659.html