大黄鱼选育群体SSR遗传多样性分析、耐低温分子标记筛选和耐低温基因CIRP表达
发布时间：2021-11-20 17:08
大黄鱼（Pseudosciaena crocea）隶属鲈形目、石首鱼科、黄鱼属，是我国重要的海水网箱养殖鱼类。因浙江养殖海区冬季水温较低，每年有大黄鱼被冻死，养殖户每年或多或少有经济损失。为此，项目组成员通过人工选育获得了耐低温能力强的大黄鱼“东海1号”。本研究针对该大黄鱼选育群体进行遗传多样性分析和耐低温相关分子标记筛选，以及克隆耐低温基因CIRP并分析其在低温胁迫下的组织表达情况。遗传多样性分析表明，选育群体的平均观测杂合度、平均期望杂合度和多态信息含量分别为0.681、0.657和0.596，表明其遗传多样性较高，具备进一步遗传育种的潜力，但应给与保护，避免遗传多样性进一步丢失。选育群体中两个不同低温耐受群体的平均等位基因数为4.4544.546，平均观测杂合度为0.6770.685，平均期望杂合度为0.6530.661，多态信息含量为0.5910.601，两个群体间的遗传多样性水平相当，表明耐低温性状差异可能不会导致群体间的遗传分化。微卫星分析结果显示，标记KPC43在选育群体的2组大黄鱼样...
【文章来源】：宁波大学浙江省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
部分大黄鱼基因组DNA电泳检测图
图 3.1 微卫星引物 KPC43 扩增的两群体间差异显著的部分条带Fig.3.1 Significantly diffienent band amplified by microsatellite primer KPC43注：1-10 为 DM；11-30 为 DN；M：PUC19 DNA ladder表 3.1 KPC43 位点差异显著的两个等位基因在各组中出现次数统计Tab.3.1 The statistic of two differential alleles of microsatellite loci KPC43等位基因片段大小（bp）占 M 组总数（百分比 %）占 N 组总数（百分比 %）150 23/30（76.67%） 10/30（30.0 %）170 7/30（23.33 %） 24/30（80.0%）注：M 为“东海 1 号”低温敏感组；N 为“东海 1 号”低温耐受组。表 3.2 微卫星位点 KPC43 两个差异等位基因与大黄鱼耐低温性的相关性分析Tab.3.2 The correlative analysis of two differential alleles microsatellite loci KPC43 and thecold tolerance of Pseudosciaena crocea微卫星位点 KPC43 KPC43差异等位基因大小170 150
图 3.2 KPC 位点 2 个差异等位基因片段序列的比对结果（各等位基因相同序列以阴影部分标注）序列比对结果表明，微卫星位点 KPC43 两个差异等位基因片段序列的差别仅在于（TG）重复单位的重复次数不同，KPC43170bp比 KPC43150bp在（TG）重复单位上多重复了 10 次。3 讨论本研究中二核苷酸微卫星 KPC43 的 PAGE 扩增电泳图中出现了滞后于主带的影子带（stutter bands），影子带比主带小2 bp。出现影子带的原因与 PCR 反应条件、变性及电泳条件的控制不当有关。关于影子带形成机理，Muray等[95]（1993）在研究 CA 二核苷酸重复序列的 PCR 扩增时认为，CA 重复序列区中 20 bp 的随机缺失所导致的影子带可能是 DNA 链在复制过程中发生滑动错配所致。由于主带是特异性条带，浓度高而亮度大；而影子带为非特异性条带，浓度小而亮度低，并且影子带一般比主带跑的慢，因此并不影响我们对等位基因的判读。迄今，关于鱼类抗寒相关分子标记的研究，我国已有相关报道。如梁利群等[39]（2003）首次从荷包红鲤抗寒品系中筛选到了 6 个与鲤耐低温相关的 RAPD 标记，随
【参考文献】：
期刊论文
[1]草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析[J]. 傅建军,李家乐,沈玉帮,王荣泉,宣云峰,徐晓雁,陈勇. 遗传. 2013(02)
[2]急性温度应激对吉富品系尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）幼鱼生化指标和肝脏HSP70 mRNA表达的影响[J]. 强俊,杨弘,王辉,徐跑,何杰. 海洋与湖沼. 2012(05)
[3]鲤耐低温候选基因CcSCD全长cDNA的克隆及功能预测[J]. 常玉梅,徐丽华,李世国,唐然,梁利群. 水产学杂志. 2012(03)
[4]褐牙鲆耐热相关分子标记筛选及遗传多样性分析[J]. 李三磊,徐冬冬,楼宝,辛俭,耿智,程国宝. 上海海洋大学学报. 2012(04)
[5]不同强度冷刺激对大鼠心脏、大脑、睾丸和肺脏中CIRP表达的影响[J]. 赵雅楠,李玉恒,李昌盛,林增,李俭,杨焕民,李士泽. 应用与环境生物学报. 2012(01)
[6]低温应激对吉富罗非鱼血清生化指标及肝脏HSP70基因表达的影响[J]. 刘波,王美垚,谢骏,徐跑,戈贤平,何义进,缪凌鸿,潘良坤. 生态学报. 2011(17)
[7]闽粤群和岱衢群养殖大黄鱼（Pseudosciaena crocea）及其杂交子代遗传差异的SSR分析[J]. 黄振远,苏永全,张建设,吴常文. 海洋与湖沼. 2011(04)
[8]鲤脑组织低温差异表达候选基因的筛选[J]. 徐丽华,常玉梅,刘春雷,梁利群,刘金亮,池炳杰. 遗传. 2011(03)
[9]鲤EST标记与耐低温性状的相关性分析及定位[J]. 常玉梅,高国强,徐丽华,刘金亮,刘春雷,梁利群. 动物学研究. 2010(06)
[10]低温胁迫下大黄鱼肝脏蛋白质组双向电泳分析[J]. 李明云,冀德伟,吴海庆,陈炯,史雨红,徐镇,徐万土. 农业生物技术学报. 2010(02)
本文编号：3507773
【文章来源】：宁波大学浙江省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
部分大黄鱼基因组DNA电泳检测图
图 3.1 微卫星引物 KPC43 扩增的两群体间差异显著的部分条带Fig.3.1 Significantly diffienent band amplified by microsatellite primer KPC43注：1-10 为 DM；11-30 为 DN；M：PUC19 DNA ladder表 3.1 KPC43 位点差异显著的两个等位基因在各组中出现次数统计Tab.3.1 The statistic of two differential alleles of microsatellite loci KPC43等位基因片段大小（bp）占 M 组总数（百分比 %）占 N 组总数（百分比 %）150 23/30（76.67%） 10/30（30.0 %）170 7/30（23.33 %） 24/30（80.0%）注：M 为“东海 1 号”低温敏感组；N 为“东海 1 号”低温耐受组。表 3.2 微卫星位点 KPC43 两个差异等位基因与大黄鱼耐低温性的相关性分析Tab.3.2 The correlative analysis of two differential alleles microsatellite loci KPC43 and thecold tolerance of Pseudosciaena crocea微卫星位点 KPC43 KPC43差异等位基因大小170 150
图 3.2 KPC 位点 2 个差异等位基因片段序列的比对结果（各等位基因相同序列以阴影部分标注）序列比对结果表明，微卫星位点 KPC43 两个差异等位基因片段序列的差别仅在于（TG）重复单位的重复次数不同，KPC43170bp比 KPC43150bp在（TG）重复单位上多重复了 10 次。3 讨论本研究中二核苷酸微卫星 KPC43 的 PAGE 扩增电泳图中出现了滞后于主带的影子带（stutter bands），影子带比主带小2 bp。出现影子带的原因与 PCR 反应条件、变性及电泳条件的控制不当有关。关于影子带形成机理，Muray等[95]（1993）在研究 CA 二核苷酸重复序列的 PCR 扩增时认为，CA 重复序列区中 20 bp 的随机缺失所导致的影子带可能是 DNA 链在复制过程中发生滑动错配所致。由于主带是特异性条带，浓度高而亮度大；而影子带为非特异性条带，浓度小而亮度低，并且影子带一般比主带跑的慢，因此并不影响我们对等位基因的判读。迄今，关于鱼类抗寒相关分子标记的研究，我国已有相关报道。如梁利群等[39]（2003）首次从荷包红鲤抗寒品系中筛选到了 6 个与鲤耐低温相关的 RAPD 标记，随
【参考文献】：
期刊论文
[1]草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析[J]. 傅建军,李家乐,沈玉帮,王荣泉,宣云峰,徐晓雁,陈勇. 遗传. 2013(02)
[2]急性温度应激对吉富品系尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）幼鱼生化指标和肝脏HSP70 mRNA表达的影响[J]. 强俊,杨弘,王辉,徐跑,何杰. 海洋与湖沼. 2012(05)
[3]鲤耐低温候选基因CcSCD全长cDNA的克隆及功能预测[J]. 常玉梅,徐丽华,李世国,唐然,梁利群. 水产学杂志. 2012(03)
[4]褐牙鲆耐热相关分子标记筛选及遗传多样性分析[J]. 李三磊,徐冬冬,楼宝,辛俭,耿智,程国宝. 上海海洋大学学报. 2012(04)
[5]不同强度冷刺激对大鼠心脏、大脑、睾丸和肺脏中CIRP表达的影响[J]. 赵雅楠,李玉恒,李昌盛,林增,李俭,杨焕民,李士泽. 应用与环境生物学报. 2012(01)
[6]低温应激对吉富罗非鱼血清生化指标及肝脏HSP70基因表达的影响[J]. 刘波,王美垚,谢骏,徐跑,戈贤平,何义进,缪凌鸿,潘良坤. 生态学报. 2011(17)
[7]闽粤群和岱衢群养殖大黄鱼（Pseudosciaena crocea）及其杂交子代遗传差异的SSR分析[J]. 黄振远,苏永全,张建设,吴常文. 海洋与湖沼. 2011(04)
[8]鲤脑组织低温差异表达候选基因的筛选[J]. 徐丽华,常玉梅,刘春雷,梁利群,刘金亮,池炳杰. 遗传. 2011(03)
[9]鲤EST标记与耐低温性状的相关性分析及定位[J]. 常玉梅,高国强,徐丽华,刘金亮,刘春雷,梁利群. 动物学研究. 2010(06)
[10]低温胁迫下大黄鱼肝脏蛋白质组双向电泳分析[J]. 李明云,冀德伟,吴海庆,陈炯,史雨红,徐镇,徐万土. 农业生物技术学报. 2010(02)
本文编号：3507773
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