盐度变化对岩扇贝相关酶活性及基因表达的影响
发布时间：2021-11-22 07:24
岩扇贝（Crassadoma gigantean）隶属于软体动物门（Mollusca）、瓣鳃纲（Lamellibranchia）、珍珠贝目（Pterioida）、扇贝科（Pectinidae）、岩扇贝（Crassadoma）属,原产于北美洲的太平洋海岸,岩扇贝营底栖生活,适应温度范围很广,属于广温种,岩扇贝有较大的闭壳肌,肉鲜美,风味独特,在市场上是很受欢迎的,供不应求;此外因为它生长快速,对环境适应性强,因此,岩扇贝可以作为贝类育种的优良候选品种加以引入。2012年,为有效缓解我国扇贝育种品种短缺、病害频发、产量低、死亡率高等问题,岩扇贝作为优良品种被引入我国。岩扇贝作为我国引进的一个新品种。为了弥补中国国内盐度对岩扇贝的影响研究的空白,利用从加拿大引进的幼年岩扇贝,进行了本次实验,实验包括盐度变化对岩扇贝SOD、Na+/K+-ATP和谷胱甘肽还原酶三种酶活性影响的测定和转录组测序分析两部分。在第一部分盐度变化对岩扇贝SOD、Na+/K+-ATP和谷胱甘肽还原酶三种酶活性影响的测定实验中又分为盐度...
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
岩扇贝外部特征
图 3-1.测序分析流程图Fig. 3-1. sequencing analysis flow chart3.4.2 测序数据质控和过滤通过基址调用分析，将高通量测序（hiseq 等排序平台）得到的原始图像数据文件转换成原始的未过滤序列（reads）。我们称它们为原始数据或原始读取。测序质量的评定一般包含碱基测序错误率检测及 A/T/G/C 含量分布的检查，原始排序数据将包括连接器、信息、低质量的基、未检测到的基（以 N 表示），对后续的信息分析造成很大干扰，为了保证信息分析的质量，我们需要过滤，1)过滤掉包含联合序列的 reads；2) 当单端测序 read 中含有的 N 的含量超过该条read 长度比例的 10% 时，过滤掉该 read 以及跟该 read 构成 paired-end 对的 read；3) 当单端测序 read 中含有的低质量（<=5）碱基数超过该条 read 长度比例的 50%时，过滤掉该 read 以及跟该 read 构成 paired-end 对的 read，过滤以后的数据我们称为 clean reads，是之后一系列分析的基础。
图 3-2 表达水平饱和度分布曲线示意Fig 3-2 shows the horizontal saturation distribution curve3.5.6 差异表达分析通过进行差异分析，最终得到差异表达的基因总量为 1089 个。其中上调和下调基因分别有 349 条和 740 条。图 3-3 即为具体的基因表达情况，图中的红色点和蓝色点分别表示上调和下调的显著差异基因，而黑色点则代表无显著差异基因。此外，横纵坐标分别代表不同盐度时的表达差异倍数以及基因表达量变化差异的统计学显著性。
【参考文献】：
期刊论文
[1]岩扇贝幼贝滤食率的基础研究[J]. 曹善茂,梁伟锋,汪健,刘钢,李晓雨. 大连海洋大学学报. 2016(06)
[2]岩扇贝闭壳肌营养成分的分析及与中国3种扇贝的比较[J]. 曹善茂,王昊,陈炜,梁伟锋,汪健,邹建威. 大连海洋大学学报. 2016(05)
[3]三疣梭子蟹Na+/H+-exchanger基因克隆鉴定及在盐度胁迫下的表达分析[J]. 马金武,吕建建,刘萍,高保全,李健. 水生生物学报. 2016(05)
[4]温度和盐度对华贵栉孔扇贝抗氧化酶活性的联合效应研究[J]. 钱佳慧,栗志民,申玉春,刘志刚,张武财. 南方水产科学. 2015(06)
[5]温度和盐度对华贵栉孔扇贝幼贝淀粉酶和Na+/K+-ATP酶活性的联合效应[J]. 钱佳慧,栗志民,陈树河. 水产科学. 2015(05)
[6]拟穴青蟹ANT2基因在不同温度和盐度条件下的应激表达[J]. 于坤,叶海辉,黄陈翠,巩杰,黄辉洋. 中国水产科学. 2014(06)
[7]三疣梭子蟹水通道蛋白1 cDNA及其盐度胁迫下的表达分析[J]. 王渝,吕建建,刘萍,高保全,李健,陈萍. 中国水产科学. 2014(05)
[8]盐度胁迫对红耳龟Na+/K+-ATP酶及消化酶活性的影响[J]. 张珂,洪美玲,史海涛,崔雪芹,江萌萌,林多丽. 水产科学. 2014(08)
[9]盐度对仿刺参存活和Na+-K+-ATP酶活性的影响[J]. 王茂林,李岑,杨敏,杨文钰,姜玉声,包鹏云. 渔业现代化. 2014(01)
[10]温度和盐度对褐牙鲆幼鱼渗透生理及抗氧化水平的影响[J]. 郭勤单,王有基,吕为群. 水生生物学报. 2014(01)
博士论文
[1]基因分类及基因表达数据分析方法的研究[D]. 蔡立军.湖南大学 2007
[2]复杂网络理论和细胞自动机在生物信息学中的应用研究[D]. 刁元波.四川大学 2007
硕士论文
[1]山羊胚胎附植阶段子宫转录组测序及附植相关基因的筛选[D]. 靳方圆.东北农业大学 2016
[2]不同因子对岩扇贝摄食率、耗氧率和排氨率的影响[D]. 梁伟锋.大连海洋大学 2016
[3]岩扇贝与深海扇贝营养成分分析及与三种养殖扇贝的比较[D]. 王昊.大连海洋大学 2016
[4]环境因子对贝类几种免疫因子影响的研究[D]. 时少坤.上海海洋大学 2013
[5]生物序列比较算法的研究[D]. 郭晓冬.杭州电子科技大学 2012
[6]紫石房蛤壳性状、摄食与消化系统及核DNA的研究[D]. 黎筠.中国海洋大学 2008
本文编号：3511213
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
岩扇贝外部特征
图 3-1.测序分析流程图Fig. 3-1. sequencing analysis flow chart3.4.2 测序数据质控和过滤通过基址调用分析，将高通量测序（hiseq 等排序平台）得到的原始图像数据文件转换成原始的未过滤序列（reads）。我们称它们为原始数据或原始读取。测序质量的评定一般包含碱基测序错误率检测及 A/T/G/C 含量分布的检查，原始排序数据将包括连接器、信息、低质量的基、未检测到的基（以 N 表示），对后续的信息分析造成很大干扰，为了保证信息分析的质量，我们需要过滤，1)过滤掉包含联合序列的 reads；2) 当单端测序 read 中含有的 N 的含量超过该条read 长度比例的 10% 时，过滤掉该 read 以及跟该 read 构成 paired-end 对的 read；3) 当单端测序 read 中含有的低质量（<=5）碱基数超过该条 read 长度比例的 50%时，过滤掉该 read 以及跟该 read 构成 paired-end 对的 read，过滤以后的数据我们称为 clean reads，是之后一系列分析的基础。
图 3-2 表达水平饱和度分布曲线示意Fig 3-2 shows the horizontal saturation distribution curve3.5.6 差异表达分析通过进行差异分析，最终得到差异表达的基因总量为 1089 个。其中上调和下调基因分别有 349 条和 740 条。图 3-3 即为具体的基因表达情况，图中的红色点和蓝色点分别表示上调和下调的显著差异基因，而黑色点则代表无显著差异基因。此外，横纵坐标分别代表不同盐度时的表达差异倍数以及基因表达量变化差异的统计学显著性。
【参考文献】：
期刊论文
[1]岩扇贝幼贝滤食率的基础研究[J]. 曹善茂,梁伟锋,汪健,刘钢,李晓雨. 大连海洋大学学报. 2016(06)
[2]岩扇贝闭壳肌营养成分的分析及与中国3种扇贝的比较[J]. 曹善茂,王昊,陈炜,梁伟锋,汪健,邹建威. 大连海洋大学学报. 2016(05)
[3]三疣梭子蟹Na+/H+-exchanger基因克隆鉴定及在盐度胁迫下的表达分析[J]. 马金武,吕建建,刘萍,高保全,李健. 水生生物学报. 2016(05)
[4]温度和盐度对华贵栉孔扇贝抗氧化酶活性的联合效应研究[J]. 钱佳慧,栗志民,申玉春,刘志刚,张武财. 南方水产科学. 2015(06)
[5]温度和盐度对华贵栉孔扇贝幼贝淀粉酶和Na+/K+-ATP酶活性的联合效应[J]. 钱佳慧,栗志民,陈树河. 水产科学. 2015(05)
[6]拟穴青蟹ANT2基因在不同温度和盐度条件下的应激表达[J]. 于坤,叶海辉,黄陈翠,巩杰,黄辉洋. 中国水产科学. 2014(06)
[7]三疣梭子蟹水通道蛋白1 cDNA及其盐度胁迫下的表达分析[J]. 王渝,吕建建,刘萍,高保全,李健,陈萍. 中国水产科学. 2014(05)
[8]盐度胁迫对红耳龟Na+/K+-ATP酶及消化酶活性的影响[J]. 张珂,洪美玲,史海涛,崔雪芹,江萌萌,林多丽. 水产科学. 2014(08)
[9]盐度对仿刺参存活和Na+-K+-ATP酶活性的影响[J]. 王茂林,李岑,杨敏,杨文钰,姜玉声,包鹏云. 渔业现代化. 2014(01)
[10]温度和盐度对褐牙鲆幼鱼渗透生理及抗氧化水平的影响[J]. 郭勤单,王有基,吕为群. 水生生物学报. 2014(01)
博士论文
[1]基因分类及基因表达数据分析方法的研究[D]. 蔡立军.湖南大学 2007
[2]复杂网络理论和细胞自动机在生物信息学中的应用研究[D]. 刁元波.四川大学 2007
硕士论文
[1]山羊胚胎附植阶段子宫转录组测序及附植相关基因的筛选[D]. 靳方圆.东北农业大学 2016
[2]不同因子对岩扇贝摄食率、耗氧率和排氨率的影响[D]. 梁伟锋.大连海洋大学 2016
[3]岩扇贝与深海扇贝营养成分分析及与三种养殖扇贝的比较[D]. 王昊.大连海洋大学 2016
[4]环境因子对贝类几种免疫因子影响的研究[D]. 时少坤.上海海洋大学 2013
[5]生物序列比较算法的研究[D]. 郭晓冬.杭州电子科技大学 2012
[6]紫石房蛤壳性状、摄食与消化系统及核DNA的研究[D]. 黎筠.中国海洋大学 2008
本文编号：3511213
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