中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）高通量转录组解析及免疫通路关键基因筛选

发布时间：2021-11-24 00:35

　　中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis），又称河蟹、大闸蟹，是我国重要的水产养殖经济蟹类，年产量达到30万吨，年产值已经超过200亿元。随着水产养殖的发展及养殖集约化程度不断扩大，中华绒螯蟹病害发生日益频繁，苗种种质严重退化，在带来巨大经济损失的同时，也制约了其产业的可持续发展。运用新一代高通量测序技术，以转录组为平台，在全基因组范围内规模化筛查与抗病相关的SNP位点及主要免疫通路的关键基因，不仅能达到理论的深入化、系统化，对其健康养殖、病害防治也具有很重要的实践意义。中华绒螯蟹基因组大而复杂（约1.68G），目前已知的基因组信息还很匮乏。相比之下，转录组数据较易获得，可通过高通量测序快速完成。基于转录组水平，能够分析全基因组范围的基因表达和调控。为全面激活相应免疫通路，获得丰富、高表达的免疫相关基因，本研究采用革兰氏阴性菌溶藻弧菌、革兰氏阳性菌藤黄微球菌和真菌酵母菌三种菌的混合菌液联合刺激中华绒螯蟹，以刺激后的中华绒螯蟹成体主要免疫组织肝胰腺和蚤状幼体全个体为材料，通过Illumina HiSeq2000双端测序获得转录组数据。经Trinity软件从头拼接组装获得转录本序列... 

【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)山东省

【文章页数】：117 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

几种转录组测序平台分析流程

Roche/454测序基本流程

Illumina/Solexa测序基本流程

【参考文献】：
期刊论文
[1]EST-derived SNP discovery and selective pressure analysis in Pacific white shrimp（Litopenaeus vannamei）[J]. 柳承璋,王霞,相建海,李富花.  Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2012(05)
[2]转录组平台技术及其在代谢工程中的应用[J]. 史硕博,陈涛,赵学明.  生物工程学报. 2010(09)
[3]注射病原菌对凡纳滨对虾血蓝蛋白合成、酚氧化酶活力的影响[J]. 潘鲁青,李彦飞.  中国海洋大学学报(自然科学版). 2009(05)
[4]SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法测定中华绒螯蟹基因组大小[J]. 朱泽远,杨杰,施用晖,乐国伟.  江苏农业科学. 2007(05)
[5]基因表达系列分析技术及其应用[J]. 党冬梅,魏晓萍,惠起源,符兆英.  延安大学学报(医学科学版). 2005(01)
[6]大规模平行测序技术（MPSS）研究进展[J]. 陈杰.  生物化学与生物物理进展. 2004(08)
[7]中华绒螯蟹染色体的研究[J]. 堵南山,赖伟,薛鲁征.  动物学研究. 1986(03)

博士论文
[1]斑马鱼三个母源因子的表达及功能研究[D]. 许燕.武汉大学 2010
[2]凡纳滨对虾和中华绒螯蟹免疫相关因子功能及应用的初步研究[D]. 张莹.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010

硕士论文
[1]三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）抗菌肽crustin的基因克隆和表达分析[D]. 宋呈文.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2013
[2]中华稻蝗若虫和成虫转录组的比较研究及线粒体转录组作图[D]. 吕红娟.陕西师范大学 2012



本文编号：3514936