中国刺参与俄罗斯刺参杂交优势的分子机理研究
发布时间：2021-12-22 03:37
杂种优势对刺参的育种具有重要意义,但其分子机理仍未得到充分研究。在本研究中,利用俄罗斯（R）和中国（C）刺参的亲本,构建了纯种（CC和RR）和杂交家系F1代（CR和RC）。并通过第二代测序技术进行了F1纯种和正反交群体的刺参转录组和miRNA测序,获得了不同发育时期的纯种和杂交群体的转录谱。本次实验获得了60.27Gb的数据量,并鉴定了176,649个unigene,其中有50,312个unigene基因被成功注释,以及202个miRNA,包括7个已知的miRNA、195个未被鉴定的miRNA和175个miRNA被鉴定为差异表达的miRNA（diffmRNA）。此外,对于不同家系的刺参基因的表达,构建了不同的差异分组,在刺参受精的45天、75天以及9月的杂交群体和纯种家系中发现了1,097-8,218个DEGs。为了获得生长性状的差异,对刺参45日龄和75日龄的不同家系构建了生长相关基因表达趋势图谱。根据GO和nr注释,共发现了31个生长相关的差异基因,这些生长相关的基因在杂种刺参中出现了上调表达,如gfs、igfs、megfs和hgfs等。此外,我们将这些差异基因进行了KEGG调控网...
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
刺参体壁结构图
可以间接推测未知 miRNA 的功能，为人们更好地从分子生物学的角度了参的生长发育及培育新品种提供了有效的理论基础。1.6.1 研究内容（1）原始数据的质控和统计（2）转录组数据的数据组装（3）基因和小 RNA 的注释（4）基因和 miRNA 表达量分析（5）基因功能注释（6）基因结构和靶基因预测分析（7）差异基因功能富集分析1.6.2 技术路线本研究的技术路线如图 1.2 所示：
2.3.2.2 cDNA 文库的构建待样品检测合格后，进行 cDNA 文库的构建，主要流程如下：(1)用带有 Oligo（dT）的磁珠富集刺参转录本 mRNA；(2) 加入片段化缓冲液将 mRNA 进行随机打断；(3) 以 mRNA为模板，用 6 碱基随机引物合成 cDNA 第一条链，然后加入缓冲液、核糖核酸酶、脱氧核苷三磷酸和 DNA 聚合酶合成第二条 cDNA 链，利用 AMPure XP 磁珠纯化 cDNA；(4) 纯化的双链 cDNA 再进行末端修复、加 poly A 尾并连接测序接头，然后用核酸纯化试剂盒进行片段大小选择；(5) 最后通过 PCR 反应富集得到 cDNA 文库。2.3.2.3 小 RNA 文库的构建样品检测合格后，取 1.5ug 检测后的 RNA 样本加水补充体积至 6ul，使用 small RNASample Pre Kit 试剂盒进行文库构建。利用 T4 RNA 连接酶 1 与小 RNA 的 5'端的磷酸基团接合，利用 3'端的羟基与 T4 RNA 连接酶 2 连接上接头，之后将 miRNA 反转录合成 cDNA，进行 PCR 扩增，利用胶分离技术筛选目的片段，切胶回收得到的片段即为小 RNA 文库，具体步骤如图 2.1 A 所示。AB
【参考文献】：
期刊论文
[1]4个不同地理群体刺参杂交的杂种优势及配合力分析[J]. 郑言鑫,赵春暖,于涛,蔡忠强,林建国,秦搏. 上海海洋大学学报. 2017(01)
[2]刺参补体AjC3活性相关miRNA的筛选与初步研究[J]. 翟钰,曹雁惠,张峰,常亚青. 大连海洋大学学报. 2015(06)
[3]中间球海胆(♀)与光棘球海胆(♂)种间杂交及自繁后代生长与表型特征比较[J]. 亓守冰,张伟杰,常亚青,田晓飞,王海峰,赵帅,经晨晨. 大连海洋大学学报. 2015(05)
[4]影响仿刺参生长的主要因子研究进展[J]. 李乐,王宇辰,高磊,李云峰,高祥刚,苏浩,鲍相渤,刘卫东,赫崇波. 水产科学. 2015(01)
[5]中间球海胆、光棘球海胆自繁和杂交后代幼体发育及对高温的反应[J]. 田晓飞,常亚青,张伟杰,经晨晨,亓守冰. 大连海洋大学学报. 2014(05)
[6]夏眠期间仿刺参生长、肠体比以及RNA/DNA比值变化的研究[J]. 王青林,于姗姗,董云伟. 厦门大学学报(自然科学版). 2014(04)
[7]固体胶原蛋白加热变性过程中的太赫兹介电谱研究[J]. 李向军,付秀华,刘建军,杜勇,洪治. 生物物理学报. 2013(03)
[8]俄罗斯仿刺参与中国仿刺参杂交F1幼参的早期生长比较[J]. 张黎黎,曹学彬,李君华,刘佳亮,侯明华,周文江,常亚青. 水产科学. 2013(02)
[9]刺参（Apostichopus japonicus）高温胁迫应答基因应激表达特性的分析[J]. 孙国华,吉成龙,杨建敏,王卫军,任利华. 海洋与湖沼. 2013(01)
[10]福建海区网箱养殖刺参“腐皮综合症”病原分析与鉴定[J]. 葛辉,何丽斌,林琪,方旅平,周宸. 福建水产. 2012(02)
硕士论文
[1]中韩刺参（Apostichopus japonicus）杂交与自交子一代抗逆性比较及其甲基化分析[D]. 范超晶.上海海洋大学 2015
本文编号：3545685
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
刺参体壁结构图
可以间接推测未知 miRNA 的功能，为人们更好地从分子生物学的角度了参的生长发育及培育新品种提供了有效的理论基础。1.6.1 研究内容（1）原始数据的质控和统计（2）转录组数据的数据组装（3）基因和小 RNA 的注释（4）基因和 miRNA 表达量分析（5）基因功能注释（6）基因结构和靶基因预测分析（7）差异基因功能富集分析1.6.2 技术路线本研究的技术路线如图 1.2 所示：
2.3.2.2 cDNA 文库的构建待样品检测合格后，进行 cDNA 文库的构建，主要流程如下：(1)用带有 Oligo（dT）的磁珠富集刺参转录本 mRNA；(2) 加入片段化缓冲液将 mRNA 进行随机打断；(3) 以 mRNA为模板，用 6 碱基随机引物合成 cDNA 第一条链，然后加入缓冲液、核糖核酸酶、脱氧核苷三磷酸和 DNA 聚合酶合成第二条 cDNA 链，利用 AMPure XP 磁珠纯化 cDNA；(4) 纯化的双链 cDNA 再进行末端修复、加 poly A 尾并连接测序接头，然后用核酸纯化试剂盒进行片段大小选择；(5) 最后通过 PCR 反应富集得到 cDNA 文库。2.3.2.3 小 RNA 文库的构建样品检测合格后，取 1.5ug 检测后的 RNA 样本加水补充体积至 6ul，使用 small RNASample Pre Kit 试剂盒进行文库构建。利用 T4 RNA 连接酶 1 与小 RNA 的 5'端的磷酸基团接合，利用 3'端的羟基与 T4 RNA 连接酶 2 连接上接头，之后将 miRNA 反转录合成 cDNA，进行 PCR 扩增，利用胶分离技术筛选目的片段，切胶回收得到的片段即为小 RNA 文库，具体步骤如图 2.1 A 所示。AB
【参考文献】：
期刊论文
[1]4个不同地理群体刺参杂交的杂种优势及配合力分析[J]. 郑言鑫,赵春暖,于涛,蔡忠强,林建国,秦搏. 上海海洋大学学报. 2017(01)
[2]刺参补体AjC3活性相关miRNA的筛选与初步研究[J]. 翟钰,曹雁惠,张峰,常亚青. 大连海洋大学学报. 2015(06)
[3]中间球海胆(♀)与光棘球海胆(♂)种间杂交及自繁后代生长与表型特征比较[J]. 亓守冰,张伟杰,常亚青,田晓飞,王海峰,赵帅,经晨晨. 大连海洋大学学报. 2015(05)
[4]影响仿刺参生长的主要因子研究进展[J]. 李乐,王宇辰,高磊,李云峰,高祥刚,苏浩,鲍相渤,刘卫东,赫崇波. 水产科学. 2015(01)
[5]中间球海胆、光棘球海胆自繁和杂交后代幼体发育及对高温的反应[J]. 田晓飞,常亚青,张伟杰,经晨晨,亓守冰. 大连海洋大学学报. 2014(05)
[6]夏眠期间仿刺参生长、肠体比以及RNA/DNA比值变化的研究[J]. 王青林,于姗姗,董云伟. 厦门大学学报(自然科学版). 2014(04)
[7]固体胶原蛋白加热变性过程中的太赫兹介电谱研究[J]. 李向军,付秀华,刘建军,杜勇,洪治. 生物物理学报. 2013(03)
[8]俄罗斯仿刺参与中国仿刺参杂交F1幼参的早期生长比较[J]. 张黎黎,曹学彬,李君华,刘佳亮,侯明华,周文江,常亚青. 水产科学. 2013(02)
[9]刺参（Apostichopus japonicus）高温胁迫应答基因应激表达特性的分析[J]. 孙国华,吉成龙,杨建敏,王卫军,任利华. 海洋与湖沼. 2013(01)
[10]福建海区网箱养殖刺参“腐皮综合症”病原分析与鉴定[J]. 葛辉,何丽斌,林琪,方旅平,周宸. 福建水产. 2012(02)
硕士论文
[1]中韩刺参（Apostichopus japonicus）杂交与自交子一代抗逆性比较及其甲基化分析[D]. 范超晶.上海海洋大学 2015
本文编号：3545685
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