红鳍东方鲀及杂交鲀的脑和肾脏转录组比较分析

发布时间：2021-12-23 02:41

　　为探究杂交鲀（红鳍东方鲀×菊黄东方鲀）与红鳍东方鲀差异的分子调节机制,利用Illumina高通量测序技术对红鳍东方鲀及杂交鲀的脑、肾脏样本组织进行转录组测序,筛选差异表达基因。结果表明:通过RNA-seq技术共筛选到2 207个DEGs （脑）和1 823个DEGs （肾脏）。其中在脑组织样本中有1 068个DEGs表达上调,1 139个DEGs表达下调,肾脏组织样本中有851个DEGs表达上调,972个DEGs表达下调;通过GO功能分类与KEGG富集分析,将脑组织的差异基因区分为60个功能类别及137个代谢途径,包括G蛋白偶联受体信号通路、跨膜转运、分子功能调节剂、钙离子结合等;肾脏组织的差异基因被区分为31个功能分类及142个代谢途径,包括氧化还原酶活性、肽酶活性、蛋白水解、细胞外区域等。该研究探讨了杂交鲀与红鳍东方鲀生长发育差异过程的相关分子调控机制,可为后续相关研究提供初步理论参考与依据。 

【文章来源】：安徽农业科学. 2020,48(08)

【文章页数】：5 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 供试材料
    1.2 总RNA提取 cDNA文库构建和测序
    1.3 差异表达基因GO与KEGG富集分析
2 结果与分析
    2.1 转录组数据质控分析
    2.2 差异基因的筛选
    2.3 差异基因GO分析
    2.4 KEGG代谢途径分析
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]芙蓉鲤鲫幼鱼饲料适宜淀粉含量[J]. 陈林,朱晓鸣,韩冬,杨云霞,金俊琰,刘昊昆,解绶启.  水生生物学报. 2016(04)
[2]鼠伤寒沙门菌ATCC13311诱导耐药株的转录组测序和分析[J]. 李琳,冯帅,汪莹,代兴杨,杨艳菲,曾明华.  中国兽医学报. 2015(07)
[3]生长激素/催乳素家族配体和受体成员在斑马鱼早期胚胎中的表达比较和交叉活性分析[J]. 于力群,王厚鹏,朱作言,孙永华.  水生生物学报. 2014(05)
[4]高通量细菌鉴定方法研究进展[J]. 刘伟,王腾蛟,唐海琳,谢红卫.  微生物学通报. 2014(12)
[5]菊黄东方鲀（♀）×红鳍东方鲀（♂）F1代及其亲本肌肉营养成分的比较分析[J]. 赵海涛,万玉美,张福崇,吴新民.  大连海洋大学学报. 2013(01)
[6]红鳍东方鲀、菊黄东方鲀及其杂交F1幼鱼耗氧率与窒息点研究[J]. 万玉美,赵海涛,张福崇.  水产科学. 2013(01)
[7]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民.  生物技术通报. 2012(12)
[8]盐度对杂交东方鲀存活和摄食的影响[J]. 张福崇,万玉美,方笑,赵海涛.  河北渔业. 2012(12)
[9]杂交河魨F1代苗种生产与养殖技术研究[J]. 张福崇,赵海涛,万玉美.  河北渔业. 2011(10)
[10]菊黄东方鲀♀×红鳍东方鲀♂杂交后代早期形态特征及生长速度的比较[J]. 范文涛,刘海金,赵文江,张福崇.  水产学报. 2011(07)



本文编号：3547612