我国主要石首鱼科鱼类分子系统发育及大黄鱼群体遗传结构的DNA标记研究
发布时间：2022-01-06 14:53
石首鱼科（Sciaenidae）隶属鲈形目,在全世界范围内共有70个属300余种,是鲈形目中属种最多的科之一。我国沿海石首鱼类种属众多,共有17个属30多种。石首鱼科的绝大多数种类肉味鲜美、经济价值高,是海洋渔业和海水养殖的重要对象。石首科鱼类是我国海洋经济鱼类中产量最大的类群之一,其中大黄鱼（Larimichthys crocea）曾占据着中国“四大海产”的“半壁江山”,是中国重要的海洋经济鱼类。本研究以我国常见石首鱼的系统发育关系为切入点,分析大黄鱼SSR在亲缘物种中的通用性,进而利用EPIC标记、线粒体COI基因中的DNA序列多态性和SNP深入分析大黄鱼种群遗传多样性,主要结果如下：（1）基于EPIC核基因DNA序列和线粒体COI基因序列多态性变异分析石首鱼的系统发育关系利用核基因序列内含子多态性（EPIC）及线粒体COI基因对常见9种石首鱼的系统发育关系进行了分析,两种不同的分析途径产生的结果略有不同,从所构建的两种进化树来看,最大的区别是皮氏叫姑鱼（Johnius belangerii）黄姑鱼（Nibea albiflora）及鮸鱼（Miichthys miiuy）的进化差异...
【文章来源】：厦门大学福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：125 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
1.1 海洋鱼类的种质资源、遗传育种及种群遗传学的DNA标记分析
1.1.1 海洋鱼类的种质资源
1.1.2 鱼类育种进展
1.1.3 线粒体基因标记(mtDNA)
1.1.4 内含子多态性(EPIC)
1.1.5 微卫星(SSR)标记
1.1.6 单核苷酸多态性(SNP)
1.2 石首鱼的种质资源及系统学研究进展
1.2.1 石首鱼科一般形态特征
1.2.2 石首鱼科物种分布情况与生活习性
1.2.3 石首鱼分子系统学研究概况
1.3 大黄鱼种群划分及群体遗传学研究进展
1.3.1 大黄鱼的形态特征
1.3.2 大黄鱼的地理种群划分
1.3.3 群体遗传多样性分析
1.4 本研究的目的和意义
第2章 基于EPIC核基因DNA序列变异分析石首鱼的系统发育关系
2.1 材料
2.1.1 实验材料
2.1.2 主要仪器
2.1.3 主要试剂
2.2 方法
2.2.1 形态鉴定
2.2.2 利用COI鉴定及检测
2.2.3 利用核基因DNA序列检测
2.3 结果
2.3.1 DNA提取
2.3.2 序列变异特点
2.3.3 碱基组成及遗传距离
2.3.4 系统发育树
2.4 讨论
第3章 大黄鱼微卫星标记在亲缘物种中的通用性研究
3.1 材料
3.1.1 实验材料
3.1.2 主要仪器
3.1.3 主要试剂
3.1.4 溶液配制
3.2 方法
3.2.1 DNA模板的制备
3.2.2 SSR扩增
3.2.3 引物筛选
3.2.4 SSR扩增产物检测
3.2.5 数据分析
3.3 结果
3.3.1 DNA提取
3.3.2 黄姑鱼多态微卫星标记的筛选
3.3.3 日本银姑鱼多态微卫星标记的筛选
3.3.4 皮氏叫姑鱼多态微卫星标记的筛选
3.4 讨论
第4章 应用核基因DNA序列和线粒体基因标记对大黄地理种群进行划分
4.1 材料
4.1.1 实验材料
4.1.2 主要仪器
4.1.3 主要试剂
4.2 方法
4.2.1 DNA模板的制备
4.2.2 PCR扩增和测序
4.2.3 数据分析
4.3 结果
4.3.1 序列遗传变异
4.3.2 群体遗传结构
4.3.3 遗传距离
4.4 讨论
第5章 大黄鱼基因组SNP标记的开发与检测
5.1 材料
5.1.1 实验材料
5.1.2 主要仪器
5.1.3 主要试剂
5.2 方法
5.2.1 DNA模板的制备
5.2.2 Sequenom实验操作步骤
5.2.3 数据分析
5.3 结果
5.3.1 SNP候选位点的获得
5.3.2 SNP位点的群体基因型分析
5.3.3 SNP位点的群体多态性分析
5.3.4 系统发育树
5.4 讨论
5.4.1 SNP分型的研究
5.4.2 SNP位点主要遗传学参数估计
5.4.3 大黄鱼SNP基因分型的群体遗传学分析
总结与展望
参考文献
在学期间主持、参与的科研项目及研究论文
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于De Bruijn图的De Novo序列组装软件性能分析[J]. 孟金涛,苑建蕊,魏彦杰,冯圣中. 科研信息化技术与应用. 2013(05)
[2]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[3]鲤饲料转化率性状的QTL定位及遗传效应分析[J]. 王宣朋,张晓峰,李文升,张天奇,李超,孙效文. 水生生物学报. 2012(02)
[4]镜鲤体质量和体长的QTL定位研究[J]. 郑先虎,曹顶臣,匡友谊,张晓峰,鲁翠云,李超,孙效文. 中国水产科学. 2012(02)
[5]东、黄海大黄鱼种群划分与地理隔离分析[J]. 陈佳杰,徐兆礼. 中国水产科学. 2012(02)
[6]两种杂交石斑鱼子一代杂种优势的微卫星标记分析[J]. 周翰林,张勇,齐鑫,张海发,张磊,王乐,蒙子宁,刘晓春,林浩然. 水产学报. 2012(02)
[7]动物遗传育种学科发展历史与研究前沿[J]. 李宁. 中国家禽. 2012(02)
[8]大菱鲆（Scophthalmus maximus）家系选育F2早期选择反应和现实遗传力估计[J]. 马爱军,王新安,黄智慧,杨志,曲江波,李猛,郭建丽. 海洋与湖沼. 2012(01)
[9]SNP在动植物遗传育种中的应用[J]. 曲娟娟,于敏,董蕾,王征. 东北农业大学学报. 2011(12)
[10]基因组选择及其应用[J]. 李恒德,包振民,孙效文. 遗传. 2011(12)
博士论文
[1]中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D]. 张建勇.中国海洋大学 2011
[2]牙鲆选育家系生长性状的遗传分析[D]. 刘永新.东北农业大学 2009
硕士论文
[1]栉孔扇贝（Chlamys farreri）单核苷酸多态性（SNP）标记的开发及应用[D]. 李玲.中国海洋大学 2012
[2]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）三倍体诱导和鲆鲽鱼类微卫星通用性研究[D]. 刘志鹏.中国海洋大学 2011
[3]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）基因组SNP标记的开发与检测[D]. 庄伟.中国海洋大学 2010
[4]棉花和松树内含子长度多态性的检测和应用[D]. 陈曦.浙江大学 2010
[5]中国石首鱼科鱼类分子系统学研究[D]. 陈泉梅.暨南大学 2007
本文编号：3572656
【文章来源】：厦门大学福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：125 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 绪论
1.1 海洋鱼类的种质资源、遗传育种及种群遗传学的DNA标记分析
1.1.1 海洋鱼类的种质资源
1.1.2 鱼类育种进展
1.1.3 线粒体基因标记(mtDNA)
1.1.4 内含子多态性(EPIC)
1.1.5 微卫星(SSR)标记
1.1.6 单核苷酸多态性(SNP)
1.2 石首鱼的种质资源及系统学研究进展
1.2.1 石首鱼科一般形态特征
1.2.2 石首鱼科物种分布情况与生活习性
1.2.3 石首鱼分子系统学研究概况
1.3 大黄鱼种群划分及群体遗传学研究进展
1.3.1 大黄鱼的形态特征
1.3.2 大黄鱼的地理种群划分
1.3.3 群体遗传多样性分析
1.4 本研究的目的和意义
第2章 基于EPIC核基因DNA序列变异分析石首鱼的系统发育关系
2.1 材料
2.1.1 实验材料
2.1.2 主要仪器
2.1.3 主要试剂
2.2 方法
2.2.1 形态鉴定
2.2.2 利用COI鉴定及检测
2.2.3 利用核基因DNA序列检测
2.3 结果
2.3.1 DNA提取
2.3.2 序列变异特点
2.3.3 碱基组成及遗传距离
2.3.4 系统发育树
2.4 讨论
第3章 大黄鱼微卫星标记在亲缘物种中的通用性研究
3.1 材料
3.1.1 实验材料
3.1.2 主要仪器
3.1.3 主要试剂
3.1.4 溶液配制
3.2 方法
3.2.1 DNA模板的制备
3.2.2 SSR扩增
3.2.3 引物筛选
3.2.4 SSR扩增产物检测
3.2.5 数据分析
3.3 结果
3.3.1 DNA提取
3.3.2 黄姑鱼多态微卫星标记的筛选
3.3.3 日本银姑鱼多态微卫星标记的筛选
3.3.4 皮氏叫姑鱼多态微卫星标记的筛选
3.4 讨论
第4章 应用核基因DNA序列和线粒体基因标记对大黄地理种群进行划分
4.1 材料
4.1.1 实验材料
4.1.2 主要仪器
4.1.3 主要试剂
4.2 方法
4.2.1 DNA模板的制备
4.2.2 PCR扩增和测序
4.2.3 数据分析
4.3 结果
4.3.1 序列遗传变异
4.3.2 群体遗传结构
4.3.3 遗传距离
4.4 讨论
第5章 大黄鱼基因组SNP标记的开发与检测
5.1 材料
5.1.1 实验材料
5.1.2 主要仪器
5.1.3 主要试剂
5.2 方法
5.2.1 DNA模板的制备
5.2.2 Sequenom实验操作步骤
5.2.3 数据分析
5.3 结果
5.3.1 SNP候选位点的获得
5.3.2 SNP位点的群体基因型分析
5.3.3 SNP位点的群体多态性分析
5.3.4 系统发育树
5.4 讨论
5.4.1 SNP分型的研究
5.4.2 SNP位点主要遗传学参数估计
5.4.3 大黄鱼SNP基因分型的群体遗传学分析
总结与展望
参考文献
在学期间主持、参与的科研项目及研究论文
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于De Bruijn图的De Novo序列组装软件性能分析[J]. 孟金涛,苑建蕊,魏彦杰,冯圣中. 科研信息化技术与应用. 2013(05)
[2]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[3]鲤饲料转化率性状的QTL定位及遗传效应分析[J]. 王宣朋,张晓峰,李文升,张天奇,李超,孙效文. 水生生物学报. 2012(02)
[4]镜鲤体质量和体长的QTL定位研究[J]. 郑先虎,曹顶臣,匡友谊,张晓峰,鲁翠云,李超,孙效文. 中国水产科学. 2012(02)
[5]东、黄海大黄鱼种群划分与地理隔离分析[J]. 陈佳杰,徐兆礼. 中国水产科学. 2012(02)
[6]两种杂交石斑鱼子一代杂种优势的微卫星标记分析[J]. 周翰林,张勇,齐鑫,张海发,张磊,王乐,蒙子宁,刘晓春,林浩然. 水产学报. 2012(02)
[7]动物遗传育种学科发展历史与研究前沿[J]. 李宁. 中国家禽. 2012(02)
[8]大菱鲆（Scophthalmus maximus）家系选育F2早期选择反应和现实遗传力估计[J]. 马爱军,王新安,黄智慧,杨志,曲江波,李猛,郭建丽. 海洋与湖沼. 2012(01)
[9]SNP在动植物遗传育种中的应用[J]. 曲娟娟,于敏,董蕾,王征. 东北农业大学学报. 2011(12)
[10]基因组选择及其应用[J]. 李恒德,包振民,孙效文. 遗传. 2011(12)
博士论文
[1]中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）基因组SNP标记的开发与应用[D]. 张建勇.中国海洋大学 2011
[2]牙鲆选育家系生长性状的遗传分析[D]. 刘永新.东北农业大学 2009
硕士论文
[1]栉孔扇贝（Chlamys farreri）单核苷酸多态性（SNP）标记的开发及应用[D]. 李玲.中国海洋大学 2012
[2]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）三倍体诱导和鲆鲽鱼类微卫星通用性研究[D]. 刘志鹏.中国海洋大学 2011
[3]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）基因组SNP标记的开发与检测[D]. 庄伟.中国海洋大学 2010
[4]棉花和松树内含子长度多态性的检测和应用[D]. 陈曦.浙江大学 2010
[5]中国石首鱼科鱼类分子系统学研究[D]. 陈泉梅.暨南大学 2007
本文编号：3572656
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