基于第二代测序的大鳞副泥鳅微卫星分子标记的开发与应用

发布时间：2022-01-06 15:29

　　大鳞副泥鳅是鳅科经济鱼类，也是我国出口韩国的重要淡水鱼类之一。本研究采用第二代高通量测序平台对大鳞副泥鳅进行转录组测序分析，批量开发并验证了大鳞副泥鳅微卫星分子标记；分析了中国四大湖泊野生大鳞副泥鳅群体的遗传结构，并利用建成的大鳞副泥鳅全同胞家系进行生长性状与微卫星分子标记的相关分析，以期为大鳞副泥鳅种质资源保护和良种选育提供一定的参考和理论基础。1、基于第二代测序的大鳞副泥鳅转录组数据分析及微卫星分子标记的开发通过Illumina（2×100HiSeq2000）高通量测序平台对大鳞副泥鳅进行转录组测序，序列组装后得到71,887条非冗余转录组序列，平均长度1464.58bp。基因注释发现与Nr和Sting数据库有同源性的序列分别有38,733和17,434；对所有序列进行GO （gene ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes andGenomes Pathway database）功能注释，其中22,102（31.14%）条序列成功注释到302条代谢通路上。为进一步评价转录组测序深度，将本数据库序列与斑马鱼cDNA数据库做序列同源性比对... 

【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校

【文章页数】：79 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

组装后的序列长度分布

不同长度可变剪接体与Nr数据库有同源性的比例Figure1-2Comparisonofisogenelengthwithhits.(Longercontigsweremorelikelyto

大鳞副泥鳅可变剪接体的GO功能分类Figure1-3GeneontologyclassificationofParamisgurnusdabryanusisogenes

【参考文献】：
期刊论文
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[2]Transcriptome Sequencing and de novo Analysis for Oviductus Ranae of Rana chensinensis Using Illumina RNA-Seq Technology[J]. Mei Zhang,Yuntong Li,Baojin Yao,Minying Sun,Zhiwu Wang,Yu Zhao.  遗传学报. 2013(03)
[3]马氏珠母贝生长性状与EST-SSR标记的关联分析[J]. 邓岳文,高远镇,王学颖,杜晓东.  农业生物技术学报. 2013(01)
[4]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨.  中国科学:生命科学. 2012(02)
[5]大鳞副泥鳅7个群体遗传变异的微卫星分析[J]. 游翠红,童金苟,俞小牧.  水生态学杂志. 2012(01)
[6]电子标记辅助虹鳟家系建立及快速生长家系筛选[J]. 户国,谷伟,王鹏,白庆利,王炳谦.  中国水产科学. 2012(01)
[7]苏州地区泥鳅与大鳞副泥鳅肌肉微量元素含量比较[J]. 吴焱,时月,凌去非,汪务诚,乔宗礼.  水产养殖. 2011(10)
[8]单细胞凝胶电泳检测百草枯对大鳞副泥鳅血细胞DNA的损伤[J]. 党炳俊,王君,杜启艳,常重杰.  水生态学杂志. 2011(05)
[9]草鱼Ⅰ型微卫星标记的发掘及其多态性检测[J]. 李偲,刘航,黄容,李华英,石米娟,廖兰杰,朱作言,汪亚平.  水生生物学报. 2011(04)
[10]油烟机清洁剂对大鳞副泥鳅胚胎和仔鱼的毒性研究[J]. 常重杰,吴小华,杨栋,杜启艳.  湖北农业科学. 2011(05)

硕士论文
[1]日粮中不同硒水平对大鳞副泥鳅生理生化指标及肌肉品质的影响[D]. 郝小凤.苏州大学 2013
[2]家蚕RAPD-SSR-AFLP三种分子标记综合连锁图谱的构建及图谱整合[D]. 姜振.苏州大学 2010



本文编号：3572709