基于高通量测序的克氏原螯虾肠道及其养殖环境菌群结构分析
发布时间：2022-01-20 21:29
本研究旨在为克氏原螯虾（Procambarus clarkii）微生态制剂研制和病害防治提供试验依据,利用基于Ion S5TM XL技术测序平台对克氏原螯虾肠道、养殖水体、池塘底泥及饲料进行基因序列测序,分析肠道与外界养殖环境之间的相关性。试验结果表明:克氏原螯虾肠道菌群多样性在较大程度上受到外界环境细菌的影响,特别是底泥中的细菌,这可能与克氏原螯虾有掘洞的生活习性有关。但同时,试验检测表明克氏原螯虾肠道中有31.42%的未分类优势细菌,在水体、底泥及饲料中所占比例都较小,这说明克氏原螯虾肠道菌群尽管受到养殖环境的影响,但同时也有一定的保守性,这可能是受肠道原著细菌影响。
【文章来源】：青岛农业大学学报(自然科学版). 2020,37(02)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
测序结果的稀释性曲线
根据OTUs聚类分析结果，构建韦恩图（图2）。克氏原螯虾肠道菌群中分别有77.9%、45.6%、49.6%的OTUs在底泥、饵料、水体中出现，只有7.1%的肠道菌群与环境中的菌群无关。据此分析，克氏原螯虾肠道菌群多样性在较大程度上受到外界环境细菌的影响，特别是底泥中的细菌，因此，可以从克氏原螯虾养殖环境中筛选具备抑制致病菌群体感应等功能的菌株，作为潜在益生菌株。2.4 基于门分类水平上的物种注释及分析
在门分类水平上，克氏原螯虾肠道主要细菌为厚壁菌门（Firmicutes）、无壁菌门（Tenericutes）、变形菌门（Proteobacteria），以上三门微生物占菌群总量的56.71%；水体中主要细菌为拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria），占菌群总量的88.12%；底泥中主要细菌与养殖水体中相似，主要为拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes），占到菌群总量的72.35%；而饲料中主要细菌为生氧光细菌门（Oxyphotobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria），占到96.48%。厚壁菌门细菌是肠道样品中最大优势种类，同时也是底泥和饲料样品中第三、第二的优势种类；肠道中的丰度第四的变形菌门细菌，同时也是水体及底泥中丰度排第二的优势种类。说明克氏原螯虾肠道菌群结构与养殖环境有密切联系。但另一方面，检测到肠道中有31.42%的未分类细菌，在水体、底泥及饲料中所占比例都较小，这说明克氏原螯虾肠道菌群尽管受到养殖环境的影响，但同时也有一定的保守性，说明其肠道结构受原著细菌影响。据此分析，可以针对这些原著细菌，从健康的克氏原螯虾肠道中分离筛选潜在益生菌株。2.5 样本菌群组成分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同饲料饲育的家蚕幼虫肠道细菌的多样性分析[J]. 郝长富,李刚,孙熙,唐健,钱荷英,赵国栋,邓祥元,徐安英. 昆虫学报. 2019(01)
[2]用稳定性同位素技术分析稻——虾系统中不同“碳/氮”投喂方式对克氏原螯虾食性的影响[J]. 李聪,成永旭,管勤壮,奚业文,李嘉尧. 水产学报. 2018(11)
[3]应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构[J]. 王贤丰,赵艳飞,宋志飞,钟声平,黄国强,童潼,聂振平,苏琼,杨家林. 中国水产科学. 2017(06)
[4]南美白对虾养殖环境及其肠道细菌多样性分析[J]. 孙振丽,宣引明,张皓,蒋明,潘云生,张益明,龚叶平,陆小平,余德山,薛仁宇,胡小龙,曹广力,贡成良. 中国水产科学. 2016(03)
[5]应用高通量测序技术分析北方刺参养殖池塘环境菌群结构[J]. 窦妍,赵晓伟,丁君,何鹏. 海洋与湖沼. 2016(01)
[6]池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析[J]. 李存玉,徐永江,柳学周,杨洪军,史宝,史学营,朱学武. 水产学报. 2015(02)
[7]基于高通量测序的池塘养殖半滑舌鳎消化道菌群的结构特征分析[J]. 张正,李彬,王印庚,廖梅杰,王岚,荣小军. 水生生物学报. 2015(01)
[8]我国克氏原螯虾病害及防治技术研究进展[J]. 刘训猛,赵宜清,陈静. 中国水产. 2013(10)
[9]用于水产养殖的微生态制剂的研究和应用进展[J]. 陈谦,张新雄,赵海,官家发. 应用与环境生物学报. 2012(03)
[10]白斑综合征病毒江苏分离株变异区和缺失区基因的序列比较[J]. 薛晖,王晓丰,丁正峰,唐建清. 中国水产科学. 2011(05)
博士论文
[1]西瓜连作障碍缓解技术及其机理研究[D]. 杨瑞平.西北农林科技大学 2016
本文编号：3599548
【文章来源】：青岛农业大学学报(自然科学版). 2020,37(02)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
测序结果的稀释性曲线
根据OTUs聚类分析结果，构建韦恩图（图2）。克氏原螯虾肠道菌群中分别有77.9%、45.6%、49.6%的OTUs在底泥、饵料、水体中出现，只有7.1%的肠道菌群与环境中的菌群无关。据此分析，克氏原螯虾肠道菌群多样性在较大程度上受到外界环境细菌的影响，特别是底泥中的细菌，因此，可以从克氏原螯虾养殖环境中筛选具备抑制致病菌群体感应等功能的菌株，作为潜在益生菌株。2.4 基于门分类水平上的物种注释及分析
在门分类水平上，克氏原螯虾肠道主要细菌为厚壁菌门（Firmicutes）、无壁菌门（Tenericutes）、变形菌门（Proteobacteria），以上三门微生物占菌群总量的56.71%；水体中主要细菌为拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria），占菌群总量的88.12%；底泥中主要细菌与养殖水体中相似，主要为拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes），占到菌群总量的72.35%；而饲料中主要细菌为生氧光细菌门（Oxyphotobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria），占到96.48%。厚壁菌门细菌是肠道样品中最大优势种类，同时也是底泥和饲料样品中第三、第二的优势种类；肠道中的丰度第四的变形菌门细菌，同时也是水体及底泥中丰度排第二的优势种类。说明克氏原螯虾肠道菌群结构与养殖环境有密切联系。但另一方面，检测到肠道中有31.42%的未分类细菌，在水体、底泥及饲料中所占比例都较小，这说明克氏原螯虾肠道菌群尽管受到养殖环境的影响，但同时也有一定的保守性，说明其肠道结构受原著细菌影响。据此分析，可以针对这些原著细菌，从健康的克氏原螯虾肠道中分离筛选潜在益生菌株。2.5 样本菌群组成分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同饲料饲育的家蚕幼虫肠道细菌的多样性分析[J]. 郝长富,李刚,孙熙,唐健,钱荷英,赵国栋,邓祥元,徐安英. 昆虫学报. 2019(01)
[2]用稳定性同位素技术分析稻——虾系统中不同“碳/氮”投喂方式对克氏原螯虾食性的影响[J]. 李聪,成永旭,管勤壮,奚业文,李嘉尧. 水产学报. 2018(11)
[3]应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构[J]. 王贤丰,赵艳飞,宋志飞,钟声平,黄国强,童潼,聂振平,苏琼,杨家林. 中国水产科学. 2017(06)
[4]南美白对虾养殖环境及其肠道细菌多样性分析[J]. 孙振丽,宣引明,张皓,蒋明,潘云生,张益明,龚叶平,陆小平,余德山,薛仁宇,胡小龙,曹广力,贡成良. 中国水产科学. 2016(03)
[5]应用高通量测序技术分析北方刺参养殖池塘环境菌群结构[J]. 窦妍,赵晓伟,丁君,何鹏. 海洋与湖沼. 2016(01)
[6]池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析[J]. 李存玉,徐永江,柳学周,杨洪军,史宝,史学营,朱学武. 水产学报. 2015(02)
[7]基于高通量测序的池塘养殖半滑舌鳎消化道菌群的结构特征分析[J]. 张正,李彬,王印庚,廖梅杰,王岚,荣小军. 水生生物学报. 2015(01)
[8]我国克氏原螯虾病害及防治技术研究进展[J]. 刘训猛,赵宜清,陈静. 中国水产. 2013(10)
[9]用于水产养殖的微生态制剂的研究和应用进展[J]. 陈谦,张新雄,赵海,官家发. 应用与环境生物学报. 2012(03)
[10]白斑综合征病毒江苏分离株变异区和缺失区基因的序列比较[J]. 薛晖,王晓丰,丁正峰,唐建清. 中国水产科学. 2011(05)
博士论文
[1]西瓜连作障碍缓解技术及其机理研究[D]. 杨瑞平.西北农林科技大学 2016
本文编号：3599548
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