草鱼SNP标记开发及与生长性状关联分析
发布时间：2022-02-14 21:26
草鱼为我国特有的草食性淡水养殖鱼类,在我国淡水养殖鱼类中占据重要地位。利用分子标记不但能更好地了解草鱼种质资源,更能辅助草鱼进行选育,缩短草鱼优良品系选育周期。本研究分别利用转录组、直接测序等方法进行草鱼SNP开发,并分别利用SNaPshot、差异片段长度AS-PCR等方法进行验证,以期寻找出快速有效的SNP开发及检测途径,具体研究如下:1.基于草鱼转录组的SNP开发及其特征分析通过NextSeq500技术获得的草鱼转录组数据中含有108452个SNP变异位点,共分布在37661个contigs中,其中转换颠换比为3.12,转换位点占总变异位点的65.67%。挑选其中60个位点,成功设计引物39组,利用SNaPshot技术进行SNP分型。结果显示:共成功分型30个SNP位点,30个位点的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为1.66、0.3346、0.3758和0.2922;其中,7个位点表现为低度多态性,23个位点表现为中度多态性,未发现高度多态性位点;另外,对30个位点进行哈温平衡分析,发现10个位点显著偏离（P<0.05）哈温平衡。表明利用转录组数据...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
a.高盐法提取的基因组DNAFig2-1a.DNAextractedbyhigh-saltmethod
19图 2-1b. 传统酚氯仿法提取的基因组 DNAFig 2-1b.DNA extracted by traditional method鱼转录组中 SNP 分析课题组利用 NextSeq500 技术得到 264839673bp 的草鱼转录组，转录组中452 个 SNP 突变位点，突变率仅 0.0406%，这些突变位点共分布在 3766 中，平均每条 contig 中有 2.88 个。其中点突变位点 100309 个，占所有突 92.49%；转换（71218 个）与颠换（22793 个）比为 3.12，转换位点占总的 65.67%。预筛选用于本实验的 60 个 SNP 位点及成功分型的 30 个 SN转换颠换比分别为 3.28 和 5。
图 3-1 草鱼 MSTN-1 基因 3 个 SNPs 位点峰图Fig. 3-1 The peak chart of three SNPs of MSTN-1 gene in grass carp注：图中 Locus 1 和 2 处箭头代表突变位置，Locus 3 两箭头之间为缺失片段的始末位置Notes：The arrows in Locus 1 and 2 represent the mutation positions; the arrows in Locus 3 representthe starting and ending positions of the deletion fragment2.2 草鱼 MSTN-1 基因多态性分析使用其余 177 尾草鱼基因组 DNA 对筛选出的 SNPs 位点进行验证，剔除测序失败的个体，共统计出 162 个有效个体在以上 3 个位点的碱基组成。软件分析发现，在草鱼 MSTN-1 基因 3 个 SNPs 位点中，均存在杂合型突变，无纯合型突变；且 3 个位点的突变等位基因频率均很低（表 3-2）。表 3-2 草鱼 MSTN-1 基因 SNPs 位点基因型及基因频率Tab. 3-2 Genotype and gene frequency of SNPs sites in grass carp MSTN-1 gene
【参考文献】：
期刊论文
[1]长江草鱼不同群体EST-SSR多态性标记的筛选及其遗传结构分析[J]. 郑国栋,陈杰,蒋霞云,邹曙明. 水生生物学报. 2015(05)
[2]半滑舌鳎IGF1基因编码区的多态性与生长性状及表达的相关性分析[J]. 黄政举,何峰,温海深,李吉方,司玉凤,赵君丽,任源远,邢德,徐捷凯. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2015(08)
[3]遗传标记在石榴种质资源研究中的应用[J]. 赵丽娜,侯乐峰,郝兆祥,罗华,毕润霞,刘霞,王庆军. 中国农学通报. 2015(04)
[4]基于转录组数据的大菱鲆（Scophthalmus maximus）SNP标记开发及多态性分析[J]. 王婷,黄智慧,马爱军,马得友,王新安,夏丹丹,马本贺. 海洋与湖沼. 2014(06)
[5]SNaPshot技术检测茶树SNP研究[J]. 张成才,谭礼强,王丽鸳,韦康,成浩. 茶叶科学. 2014(02)
[6]草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析[J]. 樊佳佳,刘小献,白俊杰,于凌云. 华中农业大学学报. 2014(03)
[7]草鱼的微卫星亲权鉴定[J]. 任昆,白俊杰,樊佳佳,全迎春,于凌云. 南方农业学报. 2013(08)
[8]单核苷酸多态性检测方法研究进展[J]. 唐一通,肖娜,李智山,范晓航,余燕敏,姚劲松. 现代生物医学进展. 2013(27)
[9]野生与养殖草鱼肌肉营养成分比较分析[J]. 程汉良,蒋飞,彭永兴,许星鸿,董志国,许祥,过正乾,孙加赋,王假真,吴光圣. 食品科学. 2013(13)
[10]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
硕士论文
[1]草鱼生长性状和抗病力遗传参数及QTL初步定位分析[D]. 孙俊龙.上海海洋大学 2015
[2]草鱼微卫星标记开发及9个养殖群体遗传多样性分析[D]. 李达.上海海洋大学 2014
[3]大鳞副泥鳅转录组分析、SNP开发及生长相关分子标记的筛选[D]. 葛辰.苏州大学 2014
[4]草鱼RIG-I基因核苷酸多态性与草鱼呼肠孤病毒感染的关联研究[D]. 万全元.西北农林科技大学 2014
[5]基于刺参转录组测序的SSR标记和防御机制相关SNP标记开发[D]. 高琳琳.大连海洋大学 2013
[6]IGF1在绵羊成肌细胞增殖与分化中的作用[D]. 安静.新疆农业大学 2013
[7]草鱼Mx2和MDA5基因多态性与草鱼出血病抗性的关联研究[D]. 王兰.西北农林科技大学 2012
[8]草鱼形态性状对体质量影响效果分析及生长相关SNP位点筛选[D]. 李玺洋.华中农业大学 2012
[9]草鱼肌肉生长抑制素2的克隆、功能分析以及Tgf2转座子介导的鱼类插入诱变研究[D]. 孙成飞.上海海洋大学 2012
[10]应用高分辨率熔解曲线开发大菱鲆SNP标记研究[D]. 刘庆明.上海海洋大学 2012
本文编号：3625298
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
a.高盐法提取的基因组DNAFig2-1a.DNAextractedbyhigh-saltmethod
19图 2-1b. 传统酚氯仿法提取的基因组 DNAFig 2-1b.DNA extracted by traditional method鱼转录组中 SNP 分析课题组利用 NextSeq500 技术得到 264839673bp 的草鱼转录组，转录组中452 个 SNP 突变位点，突变率仅 0.0406%，这些突变位点共分布在 3766 中，平均每条 contig 中有 2.88 个。其中点突变位点 100309 个，占所有突 92.49%；转换（71218 个）与颠换（22793 个）比为 3.12，转换位点占总的 65.67%。预筛选用于本实验的 60 个 SNP 位点及成功分型的 30 个 SN转换颠换比分别为 3.28 和 5。
图 3-1 草鱼 MSTN-1 基因 3 个 SNPs 位点峰图Fig. 3-1 The peak chart of three SNPs of MSTN-1 gene in grass carp注：图中 Locus 1 和 2 处箭头代表突变位置，Locus 3 两箭头之间为缺失片段的始末位置Notes：The arrows in Locus 1 and 2 represent the mutation positions; the arrows in Locus 3 representthe starting and ending positions of the deletion fragment2.2 草鱼 MSTN-1 基因多态性分析使用其余 177 尾草鱼基因组 DNA 对筛选出的 SNPs 位点进行验证，剔除测序失败的个体，共统计出 162 个有效个体在以上 3 个位点的碱基组成。软件分析发现，在草鱼 MSTN-1 基因 3 个 SNPs 位点中，均存在杂合型突变，无纯合型突变；且 3 个位点的突变等位基因频率均很低（表 3-2）。表 3-2 草鱼 MSTN-1 基因 SNPs 位点基因型及基因频率Tab. 3-2 Genotype and gene frequency of SNPs sites in grass carp MSTN-1 gene
【参考文献】：
期刊论文
[1]长江草鱼不同群体EST-SSR多态性标记的筛选及其遗传结构分析[J]. 郑国栋,陈杰,蒋霞云,邹曙明. 水生生物学报. 2015(05)
[2]半滑舌鳎IGF1基因编码区的多态性与生长性状及表达的相关性分析[J]. 黄政举,何峰,温海深,李吉方,司玉凤,赵君丽,任源远,邢德,徐捷凯. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2015(08)
[3]遗传标记在石榴种质资源研究中的应用[J]. 赵丽娜,侯乐峰,郝兆祥,罗华,毕润霞,刘霞,王庆军. 中国农学通报. 2015(04)
[4]基于转录组数据的大菱鲆（Scophthalmus maximus）SNP标记开发及多态性分析[J]. 王婷,黄智慧,马爱军,马得友,王新安,夏丹丹,马本贺. 海洋与湖沼. 2014(06)
[5]SNaPshot技术检测茶树SNP研究[J]. 张成才,谭礼强,王丽鸳,韦康,成浩. 茶叶科学. 2014(02)
[6]草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析[J]. 樊佳佳,刘小献,白俊杰,于凌云. 华中农业大学学报. 2014(03)
[7]草鱼的微卫星亲权鉴定[J]. 任昆,白俊杰,樊佳佳,全迎春,于凌云. 南方农业学报. 2013(08)
[8]单核苷酸多态性检测方法研究进展[J]. 唐一通,肖娜,李智山,范晓航,余燕敏,姚劲松. 现代生物医学进展. 2013(27)
[9]野生与养殖草鱼肌肉营养成分比较分析[J]. 程汉良,蒋飞,彭永兴,许星鸿,董志国,许祥,过正乾,孙加赋,王假真,吴光圣. 食品科学. 2013(13)
[10]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
硕士论文
[1]草鱼生长性状和抗病力遗传参数及QTL初步定位分析[D]. 孙俊龙.上海海洋大学 2015
[2]草鱼微卫星标记开发及9个养殖群体遗传多样性分析[D]. 李达.上海海洋大学 2014
[3]大鳞副泥鳅转录组分析、SNP开发及生长相关分子标记的筛选[D]. 葛辰.苏州大学 2014
[4]草鱼RIG-I基因核苷酸多态性与草鱼呼肠孤病毒感染的关联研究[D]. 万全元.西北农林科技大学 2014
[5]基于刺参转录组测序的SSR标记和防御机制相关SNP标记开发[D]. 高琳琳.大连海洋大学 2013
[6]IGF1在绵羊成肌细胞增殖与分化中的作用[D]. 安静.新疆农业大学 2013
[7]草鱼Mx2和MDA5基因多态性与草鱼出血病抗性的关联研究[D]. 王兰.西北农林科技大学 2012
[8]草鱼形态性状对体质量影响效果分析及生长相关SNP位点筛选[D]. 李玺洋.华中农业大学 2012
[9]草鱼肌肉生长抑制素2的克隆、功能分析以及Tgf2转座子介导的鱼类插入诱变研究[D]. 孙成飞.上海海洋大学 2012
[10]应用高分辨率熔解曲线开发大菱鲆SNP标记研究[D]. 刘庆明.上海海洋大学 2012
本文编号：3625298
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