不同DNA提取方法引起鲤鱼肠道菌群多样性分析结果的偏差

发布时间：2022-02-22 03:58

　　为了评价两种不同DNA提取方法引起的鲤鱼肠道菌群结构分析偏差。本研究分别以氧化锆珠破壁法（ZBC）和使用QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒法（QIA） 3次重复提取鲤鱼肠道总DNA,检测DNA含量、纯度,进一步采用Illumina Hi Seq测序平台,利用高通量测序技术处理,来比较分析QIA组和ZBC组的菌群种类和结构偏差。结果表明,从QIA和ZBC样品分别获得（67 045±10 777.22）条和（79 041±8 168.68）条有效序列,QIA组样品OTU （Operational taxonomic unit）数量和Shannon多样性指数均显著高于ZBC组,且QIA组样品间OTU重复性优于ZBC组样品间。鲤鱼肠道菌群在门水平上排名前十的有:变形菌门（Proteobacteria）,梭杆菌门（Fusobacteria）,拟杆菌门（Bacteroidetes）,厚壁菌门（Firmicutes）,放线菌门（Actinobacteria）,芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）,绿弯菌门（Chloroflexi）,浮霉菌门（Planctom... 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(08)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 两种方法提取鲤鱼肠道菌群基因组DNA比较
    1.2 Hi Seq测序概况及α多样性分析
    1.3 鲤鱼肠道菌群结构组成分析
    1.4 β多样性分析
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 实验材料
    3.2 鲤鱼肠道微生物总DNA提取
    3.3 16S r DNA基因的Illumina Hi Seq高通量测序
    3.4 测序数据分析
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
[1]转基因鲤鱼与对照鲤肠道微生物群落差异研究[J]. 饶刘瑜,李学梅,李星浩,朱文根,余育和,颜庆云.  水生生物学报. 2018(02)
[2]烤烟不同套作模式对土壤理化性质和真菌群落结构的影响[J]. 韦俊,杨焕文,徐照丽,邓小鹏,林云红,熊茜,王戈,白羽祥,吕世保,谭小兵.  土壤通报. 2017(03)
[3]低聚果糖靶向调节肠道菌群缓解力竭运动导致的脂质代谢紊乱[J]. 张娜,李晶,宋佳,毛相朝,王玉明,王静凤,唐庆娟.  现代食品科技. 2017(05)
[4]高通量测序分析DNA提取引起的对虾肠道菌群结构偏差[J]. 温崇庆,何瑶瑶,薛明,梁华芳,董俊德.  微生物学报. 2016(01)
[5]基于高通量测序技术分析肠道菌群及其影响因素的研究进展[J]. 郑艺,张家超,郭壮,张和平.  中国食品学报. 2014(11)
[6]两种提取肠道微生物总DNA方法的比较[J]. 梁金花,杨景云,张虎,朱金玲,杨春佳,崔刚.  中国微生态学杂志. 2010(05)
[7]鸡肠道菌群总DNA三种提取方法的比较[J]. 卢龙娣,江胜滔,林跃鑫.  中国微生态学杂志. 2009(07)



本文编号：3638651