基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析

发布时间：2022-02-26 11:11

　　为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记。结果显示,拼接组装获得了71 009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10 875个SSR位点,含有位点序列的数量为8 315条,占总序列的11.71%。奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序。其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多（5 779个）,占总位点数的53.14%;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高（3 954个,占36.36%）。此外,SSR位点以6次重复次数为主（3 048个）,占总位点数的27.77%;SSR位点序列长度分布于12～254 bp,其中具有高度多态性位点3 480个（占比29.14%）,中等多态性位点8 462个（占比70.86%）。 

【文章来源】：河南农业科学. 2020,49(11)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

奥利亚罗非鱼转录组中SSR主要重复单元的类型及出现频率

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3644507