合浦珠母贝选育群体的遗传多样性评价
发布时间：2022-04-28 19:23
合浦珠母贝（Pinctada fucata）是养殖海水珍珠的主要贝类之一。近年来，合浦珠母贝频频出现大量死亡、个体小型化等现象。因此，近年来相继开展了合浦珠母贝的遗传改良计划。为了保障遗传改良的可持续性，必须充分了解选育种群或家系的遗传结构与遗传多样性。微卫星标记是种群遗传分析的重要手段，为此，本论文开展了微卫星标记筛选与合浦珠母贝选育种群的遗传分析，以期为合浦珠母贝的良种选育提供理论指导。主要结果如下：1.合浦珠母贝微卫星标记筛选。基于合浦珠母贝转录组部分测序结果设计引物，用合浦珠母贝野生群体筛选了微卫星分子标记，结果获得20对有多态位点的微卫星标记。每个位点等位基因数目为2-6个，观测杂合度为0.0263-1.0000，期望杂合度为0.0506-0.7424，有10个微卫星位点极显著地偏离了哈迪-温伯格平衡（P<0.01）。基于合浦珠母贝基因草图结果设计微卫星引物，用合浦珠母贝野生群体筛选微卫星分子标记，结果获得15对有多态位点的微卫星标记。每个位点等位基因数目为3-8个，观测杂合度为0.1154-0.6216，期望杂合度为0.490-0.8491，有14个微卫星位点极显著的...
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
上海海洋大学 硕士学位论文答辩委员会成员名单
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1. 合浦珠母贝简介及研究进展
1.1. 合浦珠母贝简介
1.2. 合浦珠母贝微卫星标记研究进展
2. 微卫星分子标记技术及其在贝类研究中的应用
2.1 微卫星分子标记简介
2.2 微卫星标记在贝类动物中的应用
2.2.1 种群遗传多样性分析
2.2.2 种群遗传结构分析
2.2.3 杂种优势分析
2.2.4 亲缘关系鉴定
2.2.5 遗传图谱的构建
3 遗传多样性研究与应用
3.1 遗传多样性的定义及研究意义
3.2 遗传多样性的检测指标
3.2.1 等位基因数
3.2.2 杂合度
3.2.3 多态信息含量
3.3 贝类遗传多样性研究与应用
4 本研究的目的和意义
第二章 合浦珠母贝微卫星引物的筛选
第一节 合浦珠母贝转录组测序结果中的微卫星标记筛选
1. 材料
1.1 样本材料
1.2 序列来源
2. 方法
2.1 样本 DNA 的提取
2.2 引物筛选、设计与 PCR 扩增
2.3 数据统计分析
3. 结果
4. 讨论
第二节 合浦珠母贝基因组测序结果中的微卫星标记筛选
1. 材料
1.1 样本材料
1.2 序列来源
2. 方法
2.1 样本 DNA 的提取
2.2 引物筛选、设计与 PCR 扩增
2.3 数据统计分析
3. 结果
4. 讨论
第三章 合浦珠母贝微卫星标记与生长相关性的初步分析
1. 材料
1.1 实验材料
1.2 微卫星引物
2. 方法
2.1 表型性状测量
2.2 DNA 样本的采集和基因组 DNA 的提取
2.3 PCR 反应及电泳
2.4 性状相关微卫星位点的筛选
2.5 数据分析
3. 结果
3.1 生长性状分布结果
3.2 与合浦珠母贝生长性状相关位点的初步筛选
3.3 与合浦珠母贝体重、壳长、壳高、壳宽、闭壳肌重的关联分析
4. 讨论
第四章 合浦珠母贝选育群体的遗传多样性分析
1. 实验材料
1.1 亲贝来源
1.2 样品制备
2. 实验方法
2.1 样本 DNA 的提取
2.2 引物筛选与 PCR 扩增
2.3 扩增产物电泳分析
2.4 数据分析
3. 结果
3.1 群体遗传多样性分析
4. 讨论
第五章 合浦珠母贝选育群体遗传结构与性状表现的相关性研究
1. 材料与方法
1.1 试验材料
1.2 性状表现值的测定
1.3 遗传多样性参数与性状表现相关性分析
2. 结果
2.1 群体杂合度结果
2.2 个体杂合度结果
3. 讨论
第六章 结论
参考文献
附录1 缩略词表
附录2 硕士期间发表的论文和参加的会议
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]水产动物重要经济性状相关功能基因的研究进展[J]. 刘月星,马洪雨,马春艳,蒋伟,李淑娟,马凌波. 生物技术通报. 2014(02)
[2]马氏珠母贝家系遗传结构的微卫星分析[J]. 汤健,管云雁,刘文广,何毛贤. 海洋科学. 2013(08)
[3]合浦珠母贝家系遗传多样性与性状相关性[J]. 许成帅,范嗣刚,黄桂菊,郭奕慧,刘宝锁,薛桂英,李璐,龙敏明,喻达辉. 广东农业科学. 2013(12)
[4]皱纹盘鲍微卫星多重PCR体系构建及其在家系鉴定中的应用[J]. 聂鸿涛,李琪,孔令锋. 水产学报. 2013(02)
[5]马氏珠母贝生长性状与EST-SSR标记的关联分析[J]. 邓岳文,高远镇,王学颖,杜晓东. 农业生物技术学报. 2013(01)
[6]海湾扇贝杂交、近交和自交家系的微卫星标记偏分离分析[J]. 王宇,李莉,张守都,郑怀平,张国范. 海洋科学. 2012(08)
[7]三疣梭子蟹微卫星标记与生长相关性状的相关性分析[J]. 刘磊,李健,刘萍,赵法箴,高保全,杜盈,马春艳. 水产学报. 2012(07)
[8]合浦珠母贝微卫星标记的家系筛选[J]. 油九菊,黄桂菊,范嗣刚,陈飞飞,郝博飞,曲妮妮,喻达辉. 广东农业科学. 2012(13)
[9]合浦珠母贝三亚养殖群体生长性状的相关与通径分析[J]. 陈飞飞,黄桂菊,陈明强,油九菊,李有宁,吴开畅,邢孔武,喻达辉. 广东农业科学. 2012(09)
[10]利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析[J]. 朱东丽,董迎辉,林志华,姚韩韩. 水产学报. 2012(02)
博士论文
[1]合浦珠母贝贝壳珍珠层形成机理的研究[D]. 闫振广.清华大学 2008
硕士论文
[1]马氏珠母贝EST-SSR和SNP标记开发及其与生长及珍珠层性状的关联分析[D]. 邱樱.海南大学 2013
[2]合浦珠母贝选育群体与家系的遗传多样性及其与生长表现的相关性分析[D]. 许成帅.上海海洋大学 2013
本文编号：3649378
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
上海海洋大学 硕士学位论文答辩委员会成员名单
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1. 合浦珠母贝简介及研究进展
1.1. 合浦珠母贝简介
1.2. 合浦珠母贝微卫星标记研究进展
2. 微卫星分子标记技术及其在贝类研究中的应用
2.1 微卫星分子标记简介
2.2 微卫星标记在贝类动物中的应用
2.2.1 种群遗传多样性分析
2.2.2 种群遗传结构分析
2.2.3 杂种优势分析
2.2.4 亲缘关系鉴定
2.2.5 遗传图谱的构建
3 遗传多样性研究与应用
3.1 遗传多样性的定义及研究意义
3.2 遗传多样性的检测指标
3.2.1 等位基因数
3.2.2 杂合度
3.2.3 多态信息含量
3.3 贝类遗传多样性研究与应用
4 本研究的目的和意义
第二章 合浦珠母贝微卫星引物的筛选
第一节 合浦珠母贝转录组测序结果中的微卫星标记筛选
1. 材料
1.1 样本材料
1.2 序列来源
2. 方法
2.1 样本 DNA 的提取
2.2 引物筛选、设计与 PCR 扩增
2.3 数据统计分析
3. 结果
4. 讨论
第二节 合浦珠母贝基因组测序结果中的微卫星标记筛选
1. 材料
1.1 样本材料
1.2 序列来源
2. 方法
2.1 样本 DNA 的提取
2.2 引物筛选、设计与 PCR 扩增
2.3 数据统计分析
3. 结果
4. 讨论
第三章 合浦珠母贝微卫星标记与生长相关性的初步分析
1. 材料
1.1 实验材料
1.2 微卫星引物
2. 方法
2.1 表型性状测量
2.2 DNA 样本的采集和基因组 DNA 的提取
2.3 PCR 反应及电泳
2.4 性状相关微卫星位点的筛选
2.5 数据分析
3. 结果
3.1 生长性状分布结果
3.2 与合浦珠母贝生长性状相关位点的初步筛选
3.3 与合浦珠母贝体重、壳长、壳高、壳宽、闭壳肌重的关联分析
4. 讨论
第四章 合浦珠母贝选育群体的遗传多样性分析
1. 实验材料
1.1 亲贝来源
1.2 样品制备
2. 实验方法
2.1 样本 DNA 的提取
2.2 引物筛选与 PCR 扩增
2.3 扩增产物电泳分析
2.4 数据分析
3. 结果
3.1 群体遗传多样性分析
4. 讨论
第五章 合浦珠母贝选育群体遗传结构与性状表现的相关性研究
1. 材料与方法
1.1 试验材料
1.2 性状表现值的测定
1.3 遗传多样性参数与性状表现相关性分析
2. 结果
2.1 群体杂合度结果
2.2 个体杂合度结果
3. 讨论
第六章 结论
参考文献
附录1 缩略词表
附录2 硕士期间发表的论文和参加的会议
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]水产动物重要经济性状相关功能基因的研究进展[J]. 刘月星,马洪雨,马春艳,蒋伟,李淑娟,马凌波. 生物技术通报. 2014(02)
[2]马氏珠母贝家系遗传结构的微卫星分析[J]. 汤健,管云雁,刘文广,何毛贤. 海洋科学. 2013(08)
[3]合浦珠母贝家系遗传多样性与性状相关性[J]. 许成帅,范嗣刚,黄桂菊,郭奕慧,刘宝锁,薛桂英,李璐,龙敏明,喻达辉. 广东农业科学. 2013(12)
[4]皱纹盘鲍微卫星多重PCR体系构建及其在家系鉴定中的应用[J]. 聂鸿涛,李琪,孔令锋. 水产学报. 2013(02)
[5]马氏珠母贝生长性状与EST-SSR标记的关联分析[J]. 邓岳文,高远镇,王学颖,杜晓东. 农业生物技术学报. 2013(01)
[6]海湾扇贝杂交、近交和自交家系的微卫星标记偏分离分析[J]. 王宇,李莉,张守都,郑怀平,张国范. 海洋科学. 2012(08)
[7]三疣梭子蟹微卫星标记与生长相关性状的相关性分析[J]. 刘磊,李健,刘萍,赵法箴,高保全,杜盈,马春艳. 水产学报. 2012(07)
[8]合浦珠母贝微卫星标记的家系筛选[J]. 油九菊,黄桂菊,范嗣刚,陈飞飞,郝博飞,曲妮妮,喻达辉. 广东农业科学. 2012(13)
[9]合浦珠母贝三亚养殖群体生长性状的相关与通径分析[J]. 陈飞飞,黄桂菊,陈明强,油九菊,李有宁,吴开畅,邢孔武,喻达辉. 广东农业科学. 2012(09)
[10]利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析[J]. 朱东丽,董迎辉,林志华,姚韩韩. 水产学报. 2012(02)
博士论文
[1]合浦珠母贝贝壳珍珠层形成机理的研究[D]. 闫振广.清华大学 2008
硕士论文
[1]马氏珠母贝EST-SSR和SNP标记开发及其与生长及珍珠层性状的关联分析[D]. 邱樱.海南大学 2013
[2]合浦珠母贝选育群体与家系的遗传多样性及其与生长表现的相关性分析[D]. 许成帅.上海海洋大学 2013
本文编号：3649378
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