罗氏沼虾转录组密码子使用偏好性分析

发布时间：2022-12-11 15:14

　　以罗氏沼虾转录组数据为数据来源,通过研究罗氏沼虾转录组的密码子使用参数（如有效密码子的数量和相关密码子碱基的具体组成信息等）,并且采用Codon W 1.4.4深入开展了统计和计算。研究结果显示,同义密码子第三位核苷酸和表达基因密码子GC含量均值分别为0.40和0.45。从整体上看,ENC的平均值等于52.72,其中绝大部分的ENC值小于35。采用高频密码子的研究方法获得GAU、GAA、UUU、AAU、CCA等5个高频密码子。通过最优码子分析法确定16个最优密码子,编码10个氨基酸,最优密码子除UUG外均以A/T结尾。而且把它和大肠杆菌、酵母、果蝇以及人类等6种生物的密码子使用频率开展比较,结果表明,与大肠杆菌和果蝇存在较大差异,而与酵母最为接近。研究结果可为罗氏沼虾功能基因和分子育种等提供理论基础。 

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【部分图文】：

中性绘图分析

罗氏沼虾密码子的ENC-plot曲线

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]基于杨梅RNA-Seq的密码子偏好性与果实品质功能基因转录特性分析[D]. 冯超.浙江大学 2014

硕士论文
[1]壮体长春鳊线粒体基因组全长测定及团头鲂密码子偏好模型分析[D]. 段晓克.华中农业大学 2015



本文编号：3719013