清水江斑鳜种群遗传结构及其遗传多样性研究
发布时间：2023-04-05 01:53
为了解清水江斑鳜(Siniperca scherzeri)种质资源现状,本研究基于线粒体DNA D-loop区基因和Cytb基因标记技术并结合微卫星标记技术,对清水江的凯里、剑河、锦屏、远口、台盘、南哨、三江镇和大同等8个站点的斑鳜种群(185尾)遗传结构及其遗传多样性进行研究,得到如下结果:1.基于线粒体DNA D-loop区基因遗传分析结果:清水江斑鳜种群碱基A、T、C、G的平均含量分别为33.9%、29.9%、20.3%和15.8%;终止序列区是D-loop区3个区段中位点突变最活跃区域,变异位点数多达31个(占70.45%);185条基因序列共定义了35个单倍型,检测出44个碱基替换位点,无碱基插入/缺失,转换/颠换比为4.5。单倍型分布上,干流种群的单倍型数比支流多,中游比上游和下游的多;Hap 1、Hap 7和Hap 16代表83个个体(占总个体数的44.9%),是清水江斑鳜单倍型分布最广的优势种群,虽也有少数个体已分化成独特的单倍型类型,但整个流域斑鳜种群无严格的单倍型地理分布格局。遗传距离、遗传分化系数和核苷酸多样性指数结果显示,上游凯里种群拥有最高的遗传变异和遗传多样...
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 清水江及其鱼类资源
1.1 清水江
1.2 清水江鱼类资源
2 斑鳜的研究概况
2.1 分类地位及地理分布
2.2 形态特征
2.3 食性
2.4 繁殖与生长
2.5 斑鳜人工养殖现状
2.6 遗传学研究
3 遗传多样性和遗传结构研究方法
3.1 线粒体DNA控制区基因多态技术
3.2 线粒体DNA细胞色素b基因多态技术
3.3 微卫星标记技术
4 目的意义
第二章 基于线粒体DNAD-loop区基因的清水江斑鳜种群的遗传结构的研究
1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 主要实验仪器及设备
1.3 主要实验试剂、药品
1.4 实验方法
1.4.1 DNA提取及检测
1.4.2 PCR扩增及测序
1.5 数据处理
2 结果与分析
2.1 D-Loop区序列碱基组成和单倍型分布
2.1.1 D-loop区序列碱基组成
2.1.2 D-loop区序单倍型组成及分布
2.2 遗传结构
2.2.1 D-loop区结构及序列变异
2.2.2 遗传距离及其变异
2.2.3 斑鳜mtDNAD-loop区基因的系统发育关系
2.2.4 遗传多样性
2.3 遗传分化及种群历史动态
3 讨论
3.1 线粒体DNAD-loop区结构及遗传变异
3.2 遗传结构及种群动态
第三章 基于线粒体DNACytb基因的清水江斑鳜种群的遗传结构的研究
1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 主要实验仪器及设备
1.3 主要实验试剂、药品
1.4 实验方法
1.4.1 DNA提取及检测
1.4.2 PCR扩增及测序
1.5 数据处理
2 结果与分析
2.1 斑鳜mtDNAcytb基因碱基组成和单倍型分布
2.1.1 Cytb基因序列碱基组成
2.1.2 单倍型组成
2.2 遗传距离及遗传结构
2.2.1 遗传距离
2.2.2 序列变异
2.2.3 单倍型NJ系统树构建
2.2.4 遗传多样性
2.3 遗传分化及种群历史动态
3 讨论
3.1 序列变异
3.2 遗传结构及种群动态
第四章 基于SSR标记的清水江斑鳜种群的遗传多样性研究
1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 主要实验仪器及设备
1.3 主要实验试剂、药品
1.4 主要试剂的配置
1.5 实验方法
1.5.1 DNA提取及检测
1.5.2 SSR引物筛选
1.5.3 多态性SSR标记的检测
1.6 数据处理
2 结果与分析
2.1 微卫星位点检测结果
2.2 Hardy-Weinberg平衡检验
2.3 12对引物对斑鳜种群的多态性分析
2.3.1 多态信息含量(PIC)
2.3.2 杂合度和香农指数
2.3.3 观测等位基因与有效等位基因
3 讨论
3.1 样本量对微卫星位点遗传多样性指标的影响
3.2 遗传多样性分析
3.3 保护对策
全文结论
致谢
参考文献
附录 攻读研究生期间发表文章
附录
附表1
附表2
本文编号：3782490
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 清水江及其鱼类资源
1.1 清水江
1.2 清水江鱼类资源
2 斑鳜的研究概况
2.1 分类地位及地理分布
2.2 形态特征
2.3 食性
2.4 繁殖与生长
2.5 斑鳜人工养殖现状
2.6 遗传学研究
3 遗传多样性和遗传结构研究方法
3.1 线粒体DNA控制区基因多态技术
3.2 线粒体DNA细胞色素b基因多态技术
3.3 微卫星标记技术
4 目的意义
第二章 基于线粒体DNAD-loop区基因的清水江斑鳜种群的遗传结构的研究
1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 主要实验仪器及设备
1.3 主要实验试剂、药品
1.4 实验方法
1.4.1 DNA提取及检测
1.4.2 PCR扩增及测序
1.5 数据处理
2 结果与分析
2.1 D-Loop区序列碱基组成和单倍型分布
2.1.1 D-loop区序列碱基组成
2.1.2 D-loop区序单倍型组成及分布
2.2 遗传结构
2.2.1 D-loop区结构及序列变异
2.2.2 遗传距离及其变异
2.2.3 斑鳜mtDNAD-loop区基因的系统发育关系
2.2.4 遗传多样性
2.3 遗传分化及种群历史动态
3 讨论
3.1 线粒体DNAD-loop区结构及遗传变异
3.2 遗传结构及种群动态
第三章 基于线粒体DNACytb基因的清水江斑鳜种群的遗传结构的研究
1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 主要实验仪器及设备
1.3 主要实验试剂、药品
1.4 实验方法
1.4.1 DNA提取及检测
1.4.2 PCR扩增及测序
1.5 数据处理
2 结果与分析
2.1 斑鳜mtDNAcytb基因碱基组成和单倍型分布
2.1.1 Cytb基因序列碱基组成
2.1.2 单倍型组成
2.2 遗传距离及遗传结构
2.2.1 遗传距离
2.2.2 序列变异
2.2.3 单倍型NJ系统树构建
2.2.4 遗传多样性
2.3 遗传分化及种群历史动态
3 讨论
3.1 序列变异
3.2 遗传结构及种群动态
第四章 基于SSR标记的清水江斑鳜种群的遗传多样性研究
1 材料与方法
1.1 样品采集
1.2 主要实验仪器及设备
1.3 主要实验试剂、药品
1.4 主要试剂的配置
1.5 实验方法
1.5.1 DNA提取及检测
1.5.2 SSR引物筛选
1.5.3 多态性SSR标记的检测
1.6 数据处理
2 结果与分析
2.1 微卫星位点检测结果
2.2 Hardy-Weinberg平衡检验
2.3 12对引物对斑鳜种群的多态性分析
2.3.1 多态信息含量(PIC)
2.3.2 杂合度和香农指数
2.3.3 观测等位基因与有效等位基因
3 讨论
3.1 样本量对微卫星位点遗传多样性指标的影响
3.2 遗传多样性分析
3.3 保护对策
全文结论
致谢
参考文献
附录 攻读研究生期间发表文章
附录
附表1
附表2
本文编号：3782490
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