黄鳝黄鳝群体遗传结构的研究
发布时间：2023-04-19 21:53
黄鳝(Monopterus albus)是辐鳍鱼纲、合鳃鱼目、合鳃鱼科、黄鳝属的淡水鱼类。黄鳝无鳞,腮退化,冬天多处于冬眠状态,夏天天热时需要将头探出水面来获得更多的氧气。黄鳝能在浅水中活体运输,这加强了不同群体间的基因交流。然而,我国黄鳝的群体遗传结构至今仍不清楚。本研究对黄鳝雌、兼、雄三种性腺RNA-Seq数据进行De-novo组装,然后与参考基因组序列进行比对,开发出黄鳝编码区SNP和INDEL标记,并对它们的分布特点进行了初步描述。INDEL和SNP所在基因的表达分析,发现具有INDEL或SNP标记的基因表达量高,而没有INDEL或SNP标记的基因表达量较低。为了弄清楚黄鳝群体的多样性和遗传结构,首先对长江流域的达州、重庆、武汉、合肥和南京五个地区,以及海峡两岸的台湾和三明黄鳝mtDNA D-loop序列进行测序和多样性分析。结果显示:(1)武汉、台湾、南京和合肥单体型多样性较高而核苷酸多样性较低;(2)达州和重庆单体型多样性和核苷酸多样性都比较低;(3)三明黄鳝单体型多样性比较低,核苷酸多样性比较高。单体型遗传一致度聚类分析得出了相同的结论:(1)武汉、台湾、南京、合肥、达州...
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
本论文的创新点
中文摘要
Abstract
第一章 前言
1 黄鳝生物学特性对遗传结构的影响
1.1 黄鳝的迁徙能力及其与遗传结构的关系
1.2 黄鳝人为迁徙对遗传结构分析的干扰
1.3 黄鳝特殊的生殖方式
2 转录组测序、分析及应用
2.1 RNA分类
2.2 RNA研究方法发展历程
2.3 RNA-Seq的测序流程和策略
2.4 RNA-Seq测序结果分析
2.5 RNA-Seq技术的应用
3 线粒体基因组结构,遗传方式及在物种鉴定和演化研究中的应用
3.1 黄鳝mtDNA结构
3.2 mtDNA遗传方式
3.3 mtDNA在物种鉴定和演化研究中的优势
4 核基因组遗传标记的种类及其在物种鉴定和演化中的应用
4.1 核基因组分子标记的种类
4.2 人类基因组INDEL和SNP开发的流程
4.3 INDEL作为遗传标记在群体遗传学研究中的优势
4.4 SNP作为遗传标记在群体遗传学研究中的优势
5 本论文的目的和意义
第二章 mtDNA D-loop区域序列分析
1 引言
2 材料和方法
2.1 样品采集与分类
2.2 本研究所用试剂配制
2.3 基因组DNA提取
2.4 PCR反应体系和引物
2.5 DNA回收试剂盒
2.6 数据处理与分析步骤
3 结果与分析
3.1 D-loop单体型数据分析
3.2 D-loop单体型在黄鳝群体的分布
3.3 黄鳝群体遗传多样性
3.4 单体型网络图分布
3.5 群体之间的遗传分化系数(Pair-wise Fst)
3.6 单体型聚类结果
3.7 黄鳝的单体群分布
3.8 黄鳝单体群地理热图
4 讨论
4.1 黄鳝群体mtDNA D-loop单体型和核苷酸多样性分布
4.2 黄鳝群体D-loop系统发生关系
4.3 长江流域和海峡两岸黄鳝起源的问题探讨
第三章 核基因组编码区INDEL标记开发及数据分析
1 引言
2 材料和方法
2.1 INDEL标记开发方法
2.2 PCR引物和反应体系
2.3 DNA-PAGE凝胶电泳
2.4 数据处理和分析
3 结果与分析
3.1 编码区INDEL标记插入和缺失片段长度
3.2 编码区INDEL标记插入或缺失氨基酸类型
3.3 非编码区INDEL标记基因频率及临近基因的表达分析
3.4 编码区INDEL标记基因频率
3.5 黄鳝群体的Hardy-Weinberg平衡检验
3.6 黄鳝群体的观测纯和度
3.7 黄鳝群体的多态信息位点百分比(PIC)
3.8 黄鳝群体两两之间的遗传分化系数(Pair-wise Fst)
3.9 黄鳝群体主坐标轴分析(PCoA)
3.10 黄鳝群体的种群结构(Population Structure)
3.11 遗传一致度、平均观测杂合度、平均观测纯合度以及平均多态信息百分比的地理热图
4 讨论
4.1 编码区INDEL标记多态性
4.2 INDEL标记与基因表达的关系
4.3 黄鳝群体的遗传多态性
4.4 黄鳝繁殖方式探讨
4.5 长江流域和海峡两岸黄鳝起源的进一步探讨
第四章 核基因组编码区SNP标记开发及定位分析
1 引言
2 材料和方法
2.1 RNA-Seq测序结果De-novo组装
2.2 SNP筛选和注释
2.3 Circos作图方法
3 结果与分析
3.1 编码区SNP在各条染色体上的分布
3.2 编码区SNP转换和颠换比例分析
3.3 编码区SNP标记对氨基酸序列的影响
3.4 SNP与基因表达量的关系
3.5 SNP在染色体定位及其所在基因的表达量
4 讨论
4.1 黄鳝编码区SNP标记多样性
4.2 SNP与基因表达量的关系
研究总结
参考文献
中英文对照表
博士期间发表论文
附件
附表 Hardy-Weinberg平衡卡方检验结果
致谢
本文编号：3794278
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
本论文的创新点
中文摘要
Abstract
第一章 前言
1 黄鳝生物学特性对遗传结构的影响
1.1 黄鳝的迁徙能力及其与遗传结构的关系
1.2 黄鳝人为迁徙对遗传结构分析的干扰
1.3 黄鳝特殊的生殖方式
2 转录组测序、分析及应用
2.1 RNA分类
2.2 RNA研究方法发展历程
2.3 RNA-Seq的测序流程和策略
2.4 RNA-Seq测序结果分析
2.5 RNA-Seq技术的应用
3 线粒体基因组结构,遗传方式及在物种鉴定和演化研究中的应用
3.1 黄鳝mtDNA结构
3.2 mtDNA遗传方式
3.3 mtDNA在物种鉴定和演化研究中的优势
4 核基因组遗传标记的种类及其在物种鉴定和演化中的应用
4.1 核基因组分子标记的种类
4.2 人类基因组INDEL和SNP开发的流程
4.3 INDEL作为遗传标记在群体遗传学研究中的优势
4.4 SNP作为遗传标记在群体遗传学研究中的优势
5 本论文的目的和意义
第二章 mtDNA D-loop区域序列分析
1 引言
2 材料和方法
2.1 样品采集与分类
2.2 本研究所用试剂配制
2.3 基因组DNA提取
2.4 PCR反应体系和引物
2.5 DNA回收试剂盒
2.6 数据处理与分析步骤
3 结果与分析
3.1 D-loop单体型数据分析
3.2 D-loop单体型在黄鳝群体的分布
3.3 黄鳝群体遗传多样性
3.4 单体型网络图分布
3.5 群体之间的遗传分化系数(Pair-wise Fst)
3.6 单体型聚类结果
3.7 黄鳝的单体群分布
3.8 黄鳝单体群地理热图
4 讨论
4.1 黄鳝群体mtDNA D-loop单体型和核苷酸多样性分布
4.2 黄鳝群体D-loop系统发生关系
4.3 长江流域和海峡两岸黄鳝起源的问题探讨
第三章 核基因组编码区INDEL标记开发及数据分析
1 引言
2 材料和方法
2.1 INDEL标记开发方法
2.2 PCR引物和反应体系
2.3 DNA-PAGE凝胶电泳
2.4 数据处理和分析
3 结果与分析
3.1 编码区INDEL标记插入和缺失片段长度
3.2 编码区INDEL标记插入或缺失氨基酸类型
3.3 非编码区INDEL标记基因频率及临近基因的表达分析
3.4 编码区INDEL标记基因频率
3.5 黄鳝群体的Hardy-Weinberg平衡检验
3.6 黄鳝群体的观测纯和度
3.7 黄鳝群体的多态信息位点百分比(PIC)
3.8 黄鳝群体两两之间的遗传分化系数(Pair-wise Fst)
3.9 黄鳝群体主坐标轴分析(PCoA)
3.10 黄鳝群体的种群结构(Population Structure)
3.11 遗传一致度、平均观测杂合度、平均观测纯合度以及平均多态信息百分比的地理热图
4 讨论
4.1 编码区INDEL标记多态性
4.2 INDEL标记与基因表达的关系
4.3 黄鳝群体的遗传多态性
4.4 黄鳝繁殖方式探讨
4.5 长江流域和海峡两岸黄鳝起源的进一步探讨
第四章 核基因组编码区SNP标记开发及定位分析
1 引言
2 材料和方法
2.1 RNA-Seq测序结果De-novo组装
2.2 SNP筛选和注释
2.3 Circos作图方法
3 结果与分析
3.1 编码区SNP在各条染色体上的分布
3.2 编码区SNP转换和颠换比例分析
3.3 编码区SNP标记对氨基酸序列的影响
3.4 SNP与基因表达量的关系
3.5 SNP在染色体定位及其所在基因的表达量
4 讨论
4.1 黄鳝编码区SNP标记多样性
4.2 SNP与基因表达量的关系
研究总结
参考文献
中英文对照表
博士期间发表论文
附件
附表 Hardy-Weinberg平衡卡方检验结果
致谢
本文编号：3794278
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